[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-4wko: Crystal structure of Helicobacter pylori 5'-methylthioadenosine/S... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4wko | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of Helicobacter pylori 5'-methylthioadenosine/S-adenosyl homocysteine nucleosidase (MTAN) complexed with hydroxybutylthio-DADMe-Immucillin-A | |||||||||
![]() | Aminodeoxyfutalosine nucleosidase | |||||||||
![]() | hydrolase/hydrolase inhibitor / hydrolase / hydrolase-hydrolase inhibitor complex | |||||||||
Function / homology | ![]() aminodeoxyfutalosine nucleosidase / 6-amino-6-deoxyfutalosine hydrolase activity / adenosylhomocysteine nucleosidase / adenosylhomocysteine nucleosidase activity / methylthioadenosine nucleosidase activity / nucleoside catabolic process / L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / L-methionine salvage from methylthioadenosine / menaquinone biosynthetic process / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Cameron, S.A. / Wang, S. / Almo, S.C. / Schramm, V.L. | |||||||||
Funding support | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() Title: New Antibiotic Candidates against Helicobacter pylori. Authors: Wang, S. / Cameron, S.A. / Clinch, K. / Evans, G.B. / Wu, Z. / Schramm, V.L. / Tyler, P.C. #1: ![]() Title: A picomolar transition state analogue inhibitor of MTAN as a specific antibiotic for Helicobacter pylori. Authors: Wang, S. / Haapalainen, A.M. / Yan, F. / Du, Q. / Tyler, P.C. / Evans, G.B. / Rinaldo-Matthis, A. / Brown, R.L. / Norris, G.E. / Almo, S.C. / Schramm, V.L. | |||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 67.1 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 47.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 659.3 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 659.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 12.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 18.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4wknC ![]() 4wkpC ![]() 4ynbC ![]() 4yo8C ![]() 4ffsS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 26886.875 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q9ZMY2, adenosylhomocysteine nucleosidase |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-GMD / ( |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.01 Å3/Da / Density % sol: 59.18 % / Description: Cube |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: Protein (10 mg/mL); Reservoir (0.2 M di-sodium phosphate and 2.2 M ammonium sulfate); Cryoprotection (20% (v/v) glycerol) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 5, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Double silicon(111) crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.075 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 26379 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 43.9 % / Biso Wilson estimate: 16.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.114 / Χ2: 0.978 / Net I/av σ(I): 47.2 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 1157099 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4FFS Resolution: 1.9→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / WRfactor Rfree: 0.1661 / WRfactor Rwork: 0.1421 / FOM work R set: 0.8841 / SU B: 2.132 / SU ML: 0.064 / SU R Cruickshank DPI: 0.1055 / SU Rfree: 0.1046 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.105 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 51.77 Å2 / Biso mean: 19.999 Å2 / Biso min: 10.32 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.9→25 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
|