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- PDB-4ojt: Helicobacter pylori MTAN complexed with S-ribosylhomocysteine and... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ojt
タイトルHelicobacter pylori MTAN complexed with S-ribosylhomocysteine and adenine
要素MTA/SAH nucleosidase
キーワードHYDROLASE / Homodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


aminodeoxyfutalosine nucleosidase / 6-amino-6-deoxyfutalosine hydrolase activity / adenosylhomocysteine nucleosidase / adenosylhomocysteine nucleosidase activity / methylthioadenosine nucleosidase activity / L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / nucleoside catabolic process / L-methionine salvage from methylthioadenosine / menaquinone biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
MTA/SAH nucleosidase / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ribosylhomocysteine / ADENINE / Aminodeoxyfutalosine nucleosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Mishra, V. / Ronning, D.R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Crystal structures of the Helicobacter pylori MTAN enzyme reveal specific interactions between S-adenosylhomocysteine and the 5'-alkylthio binding subsite.
著者: Mishra, V. / Ronning, D.R.
履歴
登録2014年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MTA/SAH nucleosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5093
ポリマ－25,1071
非ポリマー4022
水3,963220
1
A: MTA/SAH nucleosidase
ヘテロ分子

A: MTA/SAH nucleosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0196
ポリマ－50,2142
非ポリマー8054
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+4/31
Buried area4200 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area16880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.241, 81.241, 67.456
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-405-

HOH

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要素

#1: タンパク質 MTA/SAH nucleosidase / 5'-methylthioadenosine nucleosidase / S-adenosylhomocysteine nucleosidase


分子量: 25106.951 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-230 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: J99 / ATCC 700824 / 遺伝子: jhp_0082, mtn, mtnN, pfs / プラスミド: pET32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ZMY2, adenosylhomocysteine nucleosidase
#2: 糖 ChemComp-2WP / S-ribosylhomocysteine / (2S)-2-amino-4-({[(2S,3S,4R,5S)-3,4,5-trihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl}sulfanyl)butanoic acid


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 267.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H17NO6S
#3: 化合物 ChemComp-ADE / ADENINE


分子量: 135.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.94 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.05 M magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES, 30 % (v/v) PEG-MME 550, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月29日
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 40628 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 46.389
反射 シェル解像度: 1.5→1.5402 Å / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
EPMR位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→34.798 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2052 1979 4.87 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.1831 40628 98.37 %-
all-40628 --
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.346 Å2 / ksol: 0.375 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.0537 Å2-0 Å2-0 Å2
2--3.0537 Å20 Å2
3----6.1073 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→34.798 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1763 0 27 220 2010
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061821
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9932452
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.929654
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069286
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004310
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.54020.26771340.24482626X-RAY DIFFRACTION95
1.5402-1.58180.26251390.22662700X-RAY DIFFRACTION98
1.5818-1.62840.25191340.21192723X-RAY DIFFRACTION98
1.6284-1.68090.2171400.19862727X-RAY DIFFRACTION98
1.6809-1.7410.21931370.18612720X-RAY DIFFRACTION98
1.741-1.81070.21361400.19282751X-RAY DIFFRACTION98
1.8107-1.89310.22171420.18582758X-RAY DIFFRACTION99
1.8931-1.99290.21891420.18842746X-RAY DIFFRACTION98
1.9929-2.11770.21451410.18072757X-RAY DIFFRACTION99
2.1177-2.28120.19911380.18162785X-RAY DIFFRACTION99
2.2812-2.51070.2081450.18782802X-RAY DIFFRACTION99
2.5107-2.87390.2331480.18352806X-RAY DIFFRACTION100
2.8739-3.62020.19851480.18322845X-RAY DIFFRACTION100
3.6202-34.80760.1721510.16232903X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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