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Yorodumi- PDB-6po4: 2.1 Angstrom Resolution Crystal Structure of 5'-methylthioadenosi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6po4 | ||||||
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Title | 2.1 Angstrom Resolution Crystal Structure of 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase (mtnN) from Haemophilus influenzae PittII. | ||||||
Components | 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase | ||||||
Function / homology | Function and homology information adenosylhomocysteine nucleosidase / adenosylhomocysteine nucleosidase activity / methylthioadenosine nucleosidase activity / L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / nucleoside catabolic process / L-methionine salvage from methylthioadenosine Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Haemophilus influenzae PittII (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Minasov, G. / Shuvalova, L. / Cardona-Correa, A. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: 2.1 Angstrom Resolution Crystal Structure of 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase (mtnN) from Haemophilus influenzae PittII. Authors: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Cardona-Correa, A. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6po4.cif.gz | 535.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6po4.ent.gz | 445.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6po4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6po4_validation.pdf.gz | 3.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6po4_full_validation.pdf.gz | 3.3 MB | Display | |
Data in XML | 6po4_validation.xml.gz | 57.1 KB | Display | |
Data in CIF | 6po4_validation.cif.gz | 81.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/6po4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/6po4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3o4vS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 24594.146 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Haemophilus influenzae PittII (bacteria) Gene: mtnN, CGSHiII_00894 / Plasmid: pMCSG53 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): Magic References: UniProt: A0A0E1SMD9, adenosylhomocysteine nucleosidase #2: Chemical | ChemComp-HCS / #3: Chemical | ChemComp-ADE / #4: Chemical | ChemComp-BO3 / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.35 Å3/Da / Density % sol: 63.26 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.3 Details: Protein: 14.5 mg/ml, 0.01M Tris pH 8.3; Screen: Classics II (B5), 1.26M Sodium phosphate, 0.14M Potassium phosphate; Cryo: 1:1, reservoir : 50% Sucrose. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 12, 2017 / Details: C(111) |
Radiation | Monochromator: Be / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→30 Å / Num. obs: 115902 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 38.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.089 / Rsym value: 0.081 / Χ2: 1.005 / Net I/σ(I): 19.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.14 Å / Redundancy: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 5754 / CC1/2: 0.807 / Rpim(I) all: 0.318 / Rrim(I) all: 0.806 / Rsym value: 0.74 / Χ2: 1.01 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3o4v Resolution: 2.1→29.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 7.112 / SU ML: 0.095 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.131 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 127.68 Å2 / Biso mean: 44.826 Å2 / Biso min: 17.67 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.1→29.87 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.154 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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