PDB-5u2g: 2.6 Angstrom Resolution Crystal Structure of Penicillin-Binding P...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5u2g

タイトル

2.6 Angstrom Resolution Crystal Structure of Penicillin-Binding Protein 1A from Haemophilus influenzae

要素

Penicillin-binding protein 1A

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Lipid-Binding Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / response to antibiotic / proteolysis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.61 Å

データ登録者

Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.6 Angstrom Resolution Crystal Structure of Penicillin-Binding Protein 1A from Haemophilus influenzae.
著者: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2016年11月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_keywords / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5u2g.cif.gz	554.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5u2g.ent.gz	451.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5u2g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/5u2g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/5u2g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2cv0-2 4gpv-d 3q8e-d 2ol7-d 2cv2-2 4h2a-d 4je0-d 3hvq-d 4zmj-d 4tof-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP07344

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Penicillin-binding protein 1A

B: Penicillin-binding protein 1A

ヘテロ分子

189 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Penicillin-binding protein 1A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
94.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Penicillin-binding protein 1A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
94.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.448, 111.928, 107.693
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.40, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Penicillin-binding protein 1A / PBP1a / Penicillin-binding protein A 分子量: 93405.062 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 32-853 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 株: ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd / 遺伝子: mrcA, ponA, HI_0440 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic 参照: UniProt: P31776, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素

#1: タンパク質

Penicillin-binding protein 1A / PBP1a / Penicillin-binding protein A

分子量: 93405.062 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 32-853 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
株: ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd / 遺伝子: mrcA, ponA, HI_0440 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic
参照: UniProt: P31776, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素

-
非ポリマー , 5種, 356分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.1 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Protein: 9.3 mg/ml, 0.5M Sodium chloride, 0.01M Tris HCl (pH 8.3), Screen: Classics II (G5), 0.2M Lithium sulfate, 0.1M Tris (pH 8.5), 25% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月27日 / 詳細: C(111)
放射	モノクロメーター: beryllium lenses / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 62896 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 69.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.083 / R_sym value: 0.083 / Net I/σ(I): 23.4
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.684 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / CC_1/2: 0.792 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.61→29.15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 20.949 / SU ML: 0.214 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.389 / ESU R Free: 0.253 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22277	3003	4.8 %	RANDOM
R_work	0.17857	-	-	-
obs	0.18074	59853	98.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 76.578 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.49 Å²	0 Å²	-0.22 Å²
2-	-	4.76 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.61→29.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10449	0	102	329	10880

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.02	10758
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	10092
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.376	1.979	14541
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.9	3	23405
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.48	5	1336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.227	24.055	476
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.657	15	1794
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.21	15	76
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	1598
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.023	0.021	11880
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.019	0.02	2188
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.458	5.28	5359
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.458	5.28	5358
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.942	7.91	6690
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.942	7.911	6691
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.814	5.654	5399
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.814	5.654	5399
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.43	8.341	7852
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.651	61.102	11669
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.573	61.064	11635
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.605→2.672 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.308	206	-
R_work	0.307	3965	-
obs	-	-	89.64 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.129	2.0898	-2.62	2.1686	-2.1719	5.3827	0.1544	-0.2775	0.0701	0.137	-0.3043	0.2075	-0.2446	0.2652	0.1498	0.1628	0.1071	0.0683	0.3912	-0.0129	0.2756	47.6567	15.4195	144.2829
2	2.2781	2.3029	-2.5062	3.534	-0.8118	5.3388	0.2917	0.6399	0.8496	0.0151	0.1334	1.2231	-0.7688	-1.2148	-0.4251	0.1471	0.1845	0.1009	0.7277	0.0824	0.6552	34.2511	17.148	146.7747
3	2.0739	-0.3427	0.7537	0.5814	-0.1943	1.3237	-0.0361	-0.2993	-0.0608	0.0642	0.1283	0.182	0.0684	-0.4118	-0.0921	0.0149	-0.0066	0.0159	0.3243	0.1141	0.1223	36.4431	22.9032	111.0217
4	1.0843	-0.1141	-0.4387	0.8979	0.0429	1.884	-0.0095	0.1706	0.0065	0.006	0.0389	-0.0567	0.1157	0.1773	-0.0294	0.008	0.0218	-0.0039	0.1811	0.0342	0.1607	64.572	19.7106	92.1196
5	1.9288	0.0645	-0.0221	1.3028	-0.1767	1.8696	0.1084	0.0121	0.2049	-0.0061	-0.055	-0.0483	-0.033	0.0405	-0.0534	0.0094	0.0025	0.0033	0.1703	0.0739	0.0983	58.1489	28.2824	93.5013
6	1.8061	0.1783	0.0295	0.8569	-2.0473	6.1814	0.0026	0.0255	0.0495	0.0303	-0.0537	-0.1344	-0.413	0.3011	0.0511	0.1017	-0.0428	0.0739	0.2203	0.0912	0.2105	74.1149	36.5017	79.6738
7	2.1486	-2.1915	2.9144	2.5088	-2.2566	5.9022	0.1442	0.2387	-0.1422	-0.1518	-0.2381	0.2509	0.1101	0.221	0.094	0.1864	-0.1044	-0.042	0.4532	-0.0167	0.2754	4.4497	56.4478	17.4197
8	2.4191	-2.471	1.6438	4.1763	-0.9536	4.2974	0.2854	-0.7709	-0.9645	-0.1535	0.0568	1.1264	0.8694	-1.089	-0.3422	0.2251	-0.2171	-0.0955	0.7153	0.0885	0.6369	-8.7068	55.2402	14.6173
9	2.0173	0.301	-0.656	0.6733	-0.1957	1.3356	-0.0445	0.2482	0.0627	-0.0904	0.129	0.1822	-0.0446	-0.3694	-0.0845	0.0208	0.0022	-0.0076	0.2909	0.1099	0.1238	-7.1482	49.2101	50.3708
10	1.0897	0.2184	0.5727	0.7798	0.2123	2.1293	0.0287	-0.1758	-0.0135	-0.0411	0.0273	-0.0443	-0.1152	0.2134	-0.0559	0.0158	-0.0165	0.0265	0.1884	0.0377	0.1365	20.8423	52.406	69.3954
11	2.0366	0.3476	-0.0861	1.1601	-0.0161	1.7896	0.0874	-0.1485	-0.237	-0.0116	-0.0409	-0.0348	0.0218	0.0296	-0.0465	0.0122	0.0072	0.0104	0.1829	0.0807	0.0964	14.4767	43.7915	67.9492
12	1.7696	0.2345	0.0278	0.9298	-1.4909	6.2039	-0.053	0.036	-0.1763	0.1024	-0.0994	-0.3671	0.3104	0.2698	0.1524	0.0883	0.0332	-0.0749	0.2241	0.0999	0.2313	30.3915	35.5641	81.863

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	40 - 159
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	160 - 258
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	259 - 449
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	450 - 608
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	609 - 789
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	790 - 831
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	40 - 158
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	159 - 257
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	258 - 449
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	450 - 608
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	609 - 789
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	790 - 831

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

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非ポリマー , 5種, 356分子

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詳細

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実験情報

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実験

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)