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- PDB-4je0: Structures of SdrD from Staphylococcus aureus reveal the molecula... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4je0 | ||||||
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Title | Structures of SdrD from Staphylococcus aureus reveal the molecular mechanism of how the cell surface receptors recognize their ligands | ||||||
![]() | Ser-Asp rich fibrinogen/bone sialoprotein-binding protein SdrD | ||||||
![]() | CELL ADHESION / Receptor / Surface / MSCRAMM / Staphylococcus aureus | ||||||
Function / homology | Immunoglobulin-like - #1290 / Immunoglobulin-like - #1280 / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / : ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, X. / Ge, J. / Yang, M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structures of SdrD from Staphylococcus aureus reveal the molecular mechanism of how the cell surface receptors recognize their ligands Authors: Wang, X. / Ge, J. / Liu, B. / Hu, Y. / Yang, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 271.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 230.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 434.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 438.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 29.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 44.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 35118.836 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 235-545 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: TCH60 / Gene: HMPREF0772_12627, sdrD / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-CA / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.9 Å3/Da / Density % sol: 57.62 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 0.2M Calcium chloride dihydrate, 0.1M HEPES sodium(7.5) 20%(v/v) 2-Propanol , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MAR225 / Detector: CCD / Date: Jun 13, 2009 | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: LAUE / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: neutron | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→50 Å / Num. all: 85801 / Num. obs: 85801 / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 28.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 13.1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→31.44 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -6.2467 Å / Origin y: 21.0587 Å / Origin z: 73.3164 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |