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- PDB-4v8o: Crystal structure of the hybrid state of ribosome in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v8o
タイトルCrystal structure of the hybrid state of ribosome in complex with the guanosine triphosphatase release factor 3
要素
  • (30S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 20
  • (50S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 31
  • 16S RRNA
  • 23S RIBOSOMAL RNA
  • 5S RIBOSOMAL RNA
  • MRNA 5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*UP*GP*UP)-3'
  • PE HYBRID STATE TRNA FMET
  • PEPTIDE CHAIN RELEASE FACTOR 3
キーワードRIBOSOME / HYBRID STATE / P/E TRNA / GUANOSINE TRIPHOSPHATASE / RELEASE FACTOR 3
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of translational termination / translation release factor activity, codon specific / translation release factor activity, codon nonspecific / guanosine tetraphosphate binding / large ribosomal subunit / regulation of translation / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit ...regulation of translational termination / translation release factor activity, codon specific / translation release factor activity, codon nonspecific / guanosine tetraphosphate binding / large ribosomal subunit / regulation of translation / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptide chain release factor 3, C-terminal / Peptide chain release factor 3, domain III superfamily / Peptide chain release factor 3, GTP-binding domain / Class II release factor RF3, C-terminal domain / Peptide chain release factor 3 / : / Elongation factor G domain 2 / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein ...Peptide chain release factor 3, C-terminal / Peptide chain release factor 3, domain III superfamily / Peptide chain release factor 3, GTP-binding domain / Class II release factor RF3, C-terminal domain / Peptide chain release factor 3 / : / Elongation factor G domain 2 / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L1, bacterial-type / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / EF-G domain III/V-like / Tr-type G domain, conserved site / : / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L31 type A / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / : / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Peptide chain release factor 3 ...PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Peptide chain release factor 3 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL29 / 30S ribosomal protein S17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / 30S ribosomal protein S14 type Z / 30S ribosomal protein S8 / 50S ribosomal protein L6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein bL17
類似検索 - 構成要素
生物種THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)
ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Jin, H. / Kelley, A.C. / Ramakrishnan, V.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of the Hybrid State of Ribosome in Complex with the Guanosine Triphosphatase Release Factor 3.
著者: Jin, H. / Kelley, A.C. / Ramakrishnan, V.
履歴
登録2011年7月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 3ZVO, 3ZVP
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22019年10月30日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: database_PDB_caveat / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
AA: 16S RRNA
AB: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2
AC: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3
AD: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4
AE: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5
AF: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6
AG: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7
AH: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8
AI: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9
AJ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10
AK: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11
AL: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12
AM: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13
AN: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14 TYPE Z
AO: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15
AP: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16
AQ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17
AR: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18
AS: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19
AT: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20
AU: 30S RIBOSOMAL PROTEIN THX
AV: PE HYBRID STATE TRNA FMET
AX: MRNA 5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*UP*GP*UP)-3'
AY: PEPTIDE CHAIN RELEASE FACTOR 3
B0: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L27
B1: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L28
B2: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L29
B3: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L30
B4: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L31
B5: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L32
B6: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L33
B7: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L34
B8: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L35
B9: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L36
BA: 23S RIBOSOMAL RNA
BB: 5S RIBOSOMAL RNA
BC: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L1
BD: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L2
BE: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L3
BF: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L4
BG: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L5
BH: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L6
BJ: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L10
BK: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L11
BN: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L13
BO: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L14
BP: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L15
BQ: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L16
BR: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L17
BS: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L18
BT: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L19
BU: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L20
BV: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L21
BW: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L22
BX: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L23
BY: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24
BZ: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,292,76158
ポリマ－2,292,24057
非ポリマー5211
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)204.700, 229.300, 307.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.17, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 AAAVAXBABB

#1: RNA鎖 16S RRNA


分子量: 493958.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: CHAIN A (16S RNA) HAS E.COLI NUMBERING, BASED ON A STRUCTURAL ALIGNMENT WITH THE CORRESPONDING E. COLI STRUCTURE IN 2AVY.
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: GenBank: 55979969
#22: RNA鎖 PE HYBRID STATE TRNA FMET


分子量: 24802.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12
#23: RNA鎖 MRNA 5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*UP*GP*UP)-3'


分子量: 2887.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#35: RNA鎖 23S RIBOSOMAL RNA


分子量: 947975.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: CHAIN A (23S RNA) HAS E.COLI RESIDUE NUMBERING, BASED ON A STRUCTURAL ALIGNMENT WITH THE CORRESPONDING E. COLI STRUCTURE IN 2AW4
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: GenBank: 55979969
#36: RNA鎖 5S RIBOSOMAL RNA


分子量: 39540.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: GenBank: 55979969

-
30S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 20種, 20分子 ABACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAPAQARASATAU

#2: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2


分子量: 29317.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80371
#3: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3


分子量: 26751.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80372
#4: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4


分子量: 24373.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80373
#5: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5


分子量: 17583.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ5
#6: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SLP8
#7: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7


分子量: 18050.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: P17291
#8: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ2, UniProt: A0A0M9AFS9*PLUS
#9: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9


分子量: 14429.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80374
#10: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10


分子量: 11954.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHN7
#11: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11


分子量: 13737.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80376
#12: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12


分子量: 14920.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHN3
#13: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13


分子量: 14338.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80377
#14: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14 TYPE Z


分子量: 7158.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ1, UniProt: A0A0N0BLP2*PLUS
#15: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15


分子量: 10578.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SJ76
#16: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16


分子量: 10409.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SJH3
#17: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17


分子量: 12325.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP7, UniProt: A0A0N0BLS5*PLUS
#18: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18


分子量: 10258.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SLQ0
#19: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19


分子量: 10605.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP2
#20: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20


分子量: 11736.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80380
#21: タンパク質・ペプチド 30S RIBOSOMAL PROTEIN THX


分子量: 3350.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SIH3

+
50S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 31種, 31分子 B0B1B2B3B4B5B6B7B8B9BCBDBEBFBGBHBJBKBNBOBPBQBRBSBTBUBVBWBXBYBZ

#25: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L27


分子量: 9529.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: P60493
#26: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L28


分子量: 11004.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: P60494
#27: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L29


分子量: 8670.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP6
#28: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L30


分子量: 6799.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ6
#29: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L31


分子量: 8300.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SJE1
#30: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L32


分子量: 6722.050 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80339
#31: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L33


分子量: 6632.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: P35871
#32: タンパク質・ペプチド 50S RIBOSOMAL PROTEIN L34


分子量: 6132.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80340
#33: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L35


分子量: 7506.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SKU1
#34: タンパク質・ペプチド 50S RIBOSOMAL PROTEIN L36 / RIBOSOMAL PROTEIN B


分子量: 4435.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHR2
#37: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L1


分子量: 24885.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SLP7
#38: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L2


分子量: 30532.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: P60405
#39: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L3


分子量: 22450.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHN8
#40: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L4


分子量: 23271.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHN9
#41: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L5


分子量: 21061.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ0
#42: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L6


分子量: 19568.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ3, UniProt: P0DOY8*PLUS
#43: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L10


分子量: 14769.202 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RESIDUES 4-133 ARE BUILT AS POLY-ALA / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8
#44: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L11


分子量: 12528.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: BUILT AS POLY-ALA / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8
#45: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L13


分子量: 15927.903 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: P60488
#46: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L14


分子量: 13323.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP8
#47: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L15


分子量: 16319.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ7
#48: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L16


分子量: 15993.909 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: P60489
#49: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L17


分子量: 13750.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q9Z9H5
#50: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L18 / TL24


分子量: 12639.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ4
#51: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L19


分子量: 17188.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: P60490
#52: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L20


分子量: 13779.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: P60491
#53: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L21


分子量: 11069.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: P60492
#54: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L22


分子量: 12808.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP3
#55: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L23 / L*23


分子量: 10759.808 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP0
#56: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24


分子量: 12085.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP9
#57: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L25 / TL5


分子量: 23238.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / Variant: MRC-MSAW1 / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHZ1

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 2分子 AY

#24: タンパク質 PEPTIDE CHAIN RELEASE FACTOR 3 / RELEASE FACTOR 3 / RF-3


分子量: 59651.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant: DH10B / 株: K-12 / 参照: UniProt: B1XFI4
#58: 化合物 ChemComp-GCP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / グアニリルメチレンジホスホン酸


分子量: 521.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O13P3
コメント: GMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細AUTHOR REQUESTED CHANGE IN RESIDUE NUMBERING FOR CHAIN V ON 23-SEP-2011 AFTER THE RELEASE DEADLINE. ...AUTHOR REQUESTED CHANGE IN RESIDUE NUMBERING FOR CHAIN V ON 23-SEP-2011 AFTER THE RELEASE DEADLINE. THIS CHANGE WAS MADE AS A PART OF A REVDAT ON 30-MAY-2012.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 9

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.87 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.7 / 詳細: 100 MM MES-KOH PH 6.7, 20 MM KCL, 7.4% (W/V) PEG20K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年3月27日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRROR
放射モノクロメーター: LN2 COOLED FIXED-EXIT SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→45 Å / Num. obs: 274830 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 1.3 / 冗長度: 7.44 % / Biso Wilson estimate: 40.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 6.42
反射 シェル解像度: 3.8→3.9 Å / 冗長度: 7.29 % / Rmerge(I) obs: 1.4 / Mean I/σ(I) obs: 1.06 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNSモデル構築
CNS1.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2J00

2j00
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.8→44.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 10000101 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THERE IS A LIGAND GDPCP IN THE COORDINATE IN THIS ENTRY. DUE TO THE RELATIVE WEAKER DENSITY OF THE RELEASE FACTOR 3 COMPARED TO THE RIBOSOME, THE CONFORMATION OF THE SIDE CHAINS OF RF3, AND ...詳細: THERE IS A LIGAND GDPCP IN THE COORDINATE IN THIS ENTRY. DUE TO THE RELATIVE WEAKER DENSITY OF THE RELEASE FACTOR 3 COMPARED TO THE RIBOSOME, THE CONFORMATION OF THE SIDE CHAINS OF RF3, AND OF THE PRECISE REGISTRY IN REGIONS THAT HAD MOVED RELATIVE TO THE ISOLATED CRYSTAL STRUCTURE (PDB CODE: 2H5E) CAN NOT BE CERTAIN. IONS SUCH AS MG2+ AND WATER MOLECULES WERE NOT FITTED INTO THE STRUCTURE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.351 5622 2 %RANDOM
Rwork0.293 ---
obs0.293 274819 98.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 7.66545 Å2 / ksol: 0.2 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 147 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--24.15 Å20 Å2-13.13 Å2
2--31.81 Å20 Å2
3----7.67 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.83 Å0.74 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.48 Å1.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→44.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23091 34161 32 0 57284
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d29.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.81
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.8→4.04 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.435 956 2.1 %
Rwork0.425 44893 -
obs--99.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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