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- PDB-1an7: RIBOSOMAL PROTEIN S8 FROM THERMUS THERMOPHILUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1an7
タイトルRIBOSOMAL PROTEIN S8 FROM THERMUS THERMOPHILUS
要素RIBOSOMAL PROTEIN S8
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN / RRNA-PROTEIN BINDING / PROTEIN-PROTEIN BINDING / THERMUS THERMOPHILUS
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex
類似検索 - 分子機能
Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #30 / Dna Ligase; domain 1 - #10 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / : / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS8
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Nevskaya, N. / Nikonov, S. / Al-Karadaghi, S.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of ribosomal protein S8 from Thermus thermophilus reveals a high degree of structural conservation of a specific RNA binding site.
著者: Nevskaya, N. / Tishchenko, S. / Nikulin, A. / al-Karadaghi, S. / Liljas, A. / Ehresmann, B. / Ehresmann, C. / Garber, M. / Nikonov, S.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 1997
タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Analysis of Ribosomal Protein S8 from Thermus Thermophilus
著者: Tishchenko, S.V. / Vysotskaya, V.S. / Fomenkova, N.P. / Nikonov, S.V. / Ehresmann, B. / Garber, M.B.
履歴
登録1997年6月27日処理サイト: BNL
改定 1.01998年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBOSOMAL PROTEIN S8
B: RIBOSOMAL PROTEIN S8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2482
ポリマ－31,2482
非ポリマー00
水00
1
A: RIBOSOMAL PROTEIN S8
B: RIBOSOMAL PROTEIN S8

A: RIBOSOMAL PROTEIN S8
B: RIBOSOMAL PROTEIN S8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4974
ポリマ－62,4974
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)67.860, 67.860, 174.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.8928, 0.0842, -0.4425), (0.1368, -0.8852, -0.4446), (-0.4292, -0.4575, 0.7788)
ベクター: 84.1617, 74.8639, 39.3939)

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要素

#1: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN S8


分子量: 15624.214 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: VK1 / 細胞株: BL21 / 遺伝子: RPS8 / プラスミド: PET-TTHS8 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P24319

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化pH: 6 / 詳細: pH 6.0
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 24 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Tishchenko, S.V., (1997) Proteins: Struct.,Funct., Genet., 27, 309.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
125-30 mg/mlprotein1drop
240 mMpotassium phosphate1drop
31 mMdithiothreitol1drop
440 %satammonium sulfate1reservoir
57 %(v/v)MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年2月10日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→20 Å / Num. obs: 8932 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 33.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.019 / % possible all: 93.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.9→8 Å
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 871 10 %RANDOM
Rwork0.162 ---
obs0.162 8932 --
原子変位パラメータBiso mean: 37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2200 0 0 0 2200
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.477
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.29
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.432
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PROTOPH19X.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.291
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.432

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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