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- PDB-3bji: Structural Basis of Promiscuous Guanine Nucleotide Exchange by th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bji
タイトルStructural Basis of Promiscuous Guanine Nucleotide Exchange by the T-Cell Essential Vav1
要素
  • Proto-oncogene vav
  • Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 precursor
キーワードSIGNALING PROTEIN / protein-protein interaction / GEF/GTPase / atypical cysteine rich domain / Guanine-nucleotide releasing factor / Metal-binding / Phorbol-ester binding / Phosphoprotein / Proto-oncogene / SH2 domain / SH3 domain / Zinc / Zinc-finger / ADP-ribosylation / Alternative splicing / GTP-binding / Lipoprotein / Membrane / Methylation / Nucleotide-binding / Polymorphism / Prenylation / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Accelerated Technologies Center for Gene to 3D Structure / ATCG3D
機能・相同性
機能・相同性情報


immune response-regulating cell surface receptor signaling pathway / embryonic olfactory bulb interneuron precursor migration / anatomical structure arrangement / regulation of ERK5 cascade / angiotensin-activated signaling pathway involved in heart process / positive regulation of ovarian follicle development / cerebral cortex GABAergic interneuron development / regulation of respiratory burst / auditory receptor cell morphogenesis / cerebral cortex radially oriented cell migration ...immune response-regulating cell surface receptor signaling pathway / embryonic olfactory bulb interneuron precursor migration / anatomical structure arrangement / regulation of ERK5 cascade / angiotensin-activated signaling pathway involved in heart process / positive regulation of ovarian follicle development / cerebral cortex GABAergic interneuron development / regulation of respiratory burst / auditory receptor cell morphogenesis / cerebral cortex radially oriented cell migration / erythrocyte enucleation / regulation of neutrophil migration / negative regulation of interleukin-23 production / localization within membrane / Activated NTRK2 signals through CDK5 / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / interneuron migration / kinocilium / regulation of cell adhesion involved in heart morphogenesis / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / engulfment of apoptotic cell / ruffle assembly / phosphorylation-dependent protein binding / NTRK2 activates RAC1 / NADPH oxidase complex / Inactivation of CDC42 and RAC1 / cochlea morphogenesis / regulation of neuron maturation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / respiratory burst / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / cortical cytoskeleton organization / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / GTP-dependent protein binding / midbrain dopaminergic neuron differentiation / ruffle organization / epithelial cell morphogenesis / cell projection assembly / positive regulation of bicellular tight junction assembly / thioesterase binding / regulation of lamellipodium assembly / regulation of stress fiber assembly / regulation of neuron migration / negative regulation of fibroblast migration / RHO GTPases activate CIT / cell-cell junction organization / Nef and signal transduction / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / motor neuron axon guidance / regulation of nitric oxide biosynthetic process / PCP/CE pathway / Activation of RAC1 / RHO GTPases activate KTN1 / MET activates RAP1 and RAC1 / positive regulation of neutrophil chemotaxis / DCC mediated attractive signaling / natural killer cell activation / Azathioprine ADME / regulation of small GTPase mediated signal transduction / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / hyperosmotic response / positive regulation of cell-substrate adhesion / Ephrin signaling / CD28 dependent Vav1 pathway / positive regulation of ruffle assembly / superoxide anion generation / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / lamellipodium assembly / regulation of GTPase activity / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / small GTPase-mediated signal transduction / natural killer cell mediated cytotoxicity / NRAGE signals death through JNK / dendrite morphogenesis / regulation of cell size / Rho GDP-dissociation inhibitor binding / positive regulation of Rho protein signal transduction / establishment or maintenance of cell polarity / synaptic transmission, GABAergic / positive regulation of dendritic spine development / positive regulation of actin filament polymerization / Fc-epsilon receptor signaling pathway / Rac protein signal transduction / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / RHO GTPases activate PAKs / pericentriolar material / semaphorin-plexin signaling pathway / ficolin-1-rich granule membrane / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / T cell differentiation / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / regulation of postsynapse assembly / RHOG GTPase cycle / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / anatomical structure morphogenesis / regulation of neuronal synaptic plasticity
類似検索 - 分子機能
VAV1 protein, second SH3 domain / VAV1 protein, first SH3 domain / VAV1, SH2 domain / Vav, PH domain / Smooth muscle protein/calponin / Calmodulin-regulated spectrin-associated protein-like, Calponin-homology domain / CAMSAP CH domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #20 / Dbl Homology Domain; Chain A / Dbl homology (DH) domain ...VAV1 protein, second SH3 domain / VAV1 protein, first SH3 domain / VAV1, SH2 domain / Vav, PH domain / Smooth muscle protein/calponin / Calmodulin-regulated spectrin-associated protein-like, Calponin-homology domain / CAMSAP CH domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #20 / Dbl Homology Domain; Chain A / Dbl homology (DH) domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Small GTPase Rho / Calponin homology domain / Small GTPase Rho domain profile. / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / SH2 domain / Rab subfamily of small GTPases / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / Roll / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Proto-oncogene vav / Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Chrencik, J.E. / Brooun, A. / Kuhn, P. / Accelerated Technologies Center for Gene to 3D Structure (ATCG3D)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural basis of guanine nucleotide exchange mediated by the T-cell essential Vav1.
著者: Chrencik, J.E. / Brooun, A. / Zhang, H. / Mathews, I.I. / Hura, G.L. / Foster, S.A. / Perry, J.J. / Streiff, M. / Ramage, P. / Widmer, H. / Bokoch, G.M. / Tainer, J.A. / Weckbecker, G. / Kuhn, P.
履歴
登録2007年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年3月13日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proto-oncogene vav
B: Proto-oncogene vav
C: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 precursor
D: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 precursor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,6618
ポリマ－128,4004
非ポリマー2624
水1,08160
1
A: Proto-oncogene vav
D: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 precursor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3314
ポリマ－64,2002
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2430 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area25360 Å2
手法PISA
2
B: Proto-oncogene vav
C: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 precursor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3314
ポリマ－64,2002
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2590 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area25460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.948, 75.079, 114.857
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.87, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Proto-oncogene vav


分子量: 44489.082 Da / 分子数: 2 / 断片: Vav1 DH/PH/CRD / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VAV1, VAV / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (AI) / 参照: UniProt: P15498
#2: タンパク質 Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 precursor / p21-Rac1 / Ras- like protein TC25 / Cell migration-inducing gene 5 protein


分子量: 19710.764 Da / 分子数: 2 / 断片: Rac1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAC1 / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(AI) / 参照: UniProt: P63000
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.21 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 17% PEG-3350, 100 mM HEPES, pH 7.5, 200 mM ammonium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 36259 / Num. obs: 36156 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3 %
反射 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Num. unique all: 1861 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: 1FOE

1foe


解像度: 2.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU B: 12.481 / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / ESU R: 1.127 / ESU R Free: 0.375 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29253 1939 5.1 %RANDOM
Rwork0.2211 ---
obs0.22473 36156 100 %-
all-38095 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.506 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å20 Å2-0.1 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8359 0 4 60 8423
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0228550
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025686
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8251.95811577
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.448313869
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg14.02451076
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.97224.241382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.201151428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3491547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2760.21307
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.029567
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021735
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2430.22205
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2120.26017
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1940.24096
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0970.24745
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.2257
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0590.24
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1690.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2050.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2270.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.350.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6911.55550
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0941.52180
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1928624
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.42833403
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3054.52953
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 105 -
Rwork0.258 1861 -
obs-36156 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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