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Yorodumi- PDB-6dx3: Crystal structure of the viral OTU domain protease from Taggert virus -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6dx3 | ||||||
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Title | Crystal structure of the viral OTU domain protease from Taggert virus | ||||||
Components | RNA-dependent RNA polymerase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / PROTEIN BINDING / viral OTU / DUB / Viral Protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Taggert virus | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.052 Å | ||||||
Authors | Dzimianski, J.V. / Beldon, B.S. / Daczkowski, C.M. / Goodwin, O.Y. / Pegan, S.D. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: PLoS Pathog. / Year: 2019 Title: Probing the impact of nairovirus genomic diversity on viral ovarian tumor domain protease (vOTU) structure and deubiquitinase activity. Authors: Dzimianski, J.V. / Beldon, B.S. / Daczkowski, C.M. / Goodwin, O.Y. / Scholte, F.E.M. / Bergeron, E. / Pegan, S.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6dx3.cif.gz | 288.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6dx3.ent.gz | 234.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6dx3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6dx3_validation.pdf.gz | 459 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6dx3_full_validation.pdf.gz | 466 KB | Display | |
Data in XML | 6dx3_validation.xml.gz | 28.6 KB | Display | |
Data in CIF | 6dx3_validation.cif.gz | 40.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/6dx3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/6dx3 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6dwxC 6dx1C 6dx2C 6dx5C 4hxdS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 20533.881 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Taggert virus / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A142J8F6 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.17 Å3/Da / Density % sol: 43.31 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.15 M magnesium formate, 22% PEG 3350, 0.25 M TCEP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 8, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.05→50 Å / Num. obs: 40280 / % possible obs: 97.4 % / Redundancy: 3.6 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 17.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.05→2.09 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 3634 / CC1/2: 0.847 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4HXD Resolution: 2.052→36.462 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / Phase error: 29.13
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.052→36.462 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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