PDB-6dx2: Crystal structure of the viral OTU domain protease from Dera Ghaz...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dx2

タイトル

Crystal structure of the viral OTU domain protease from Dera Ghazi Khan virus

要素

RNA-dependent RNA polymerase

キーワード

HYDROLASE / PROTEIN BINDING / viral OTU / DUB / Viral Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

Dera Ghazi Khan orthonairovirus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.614 Å

データ登録者

Beldon, B.S. / Dzimianski, J.V. / Daczkowski, C.M. / Goodwin, O.Y. / Pegan, S.D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2019
タイトル: Probing the impact of nairovirus genomic diversity on viral ovarian tumor domain protease (vOTU) structure and deubiquitinase activity.
著者: Dzimianski, J.V. / Beldon, B.S. / Daczkowski, C.M. / Goodwin, O.Y. / Scholte, F.E.M. / Bergeron, E. / Pegan, S.D.

履歴

登録	2018年6月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dx2.cif.gz	142.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dx2.ent.gz	111.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dx2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/6dx2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/6dx2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6dwxC 6dx1SC 6dx3C 6dx5C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6dx1-1 5ziq-4 1k2a-d 1wrj-d 5wzm-d 5o17-d 6dx1-3 1wnz-d 2otf-d 5ufy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RNA-dependent RNA polymerase

B: RNA-dependent RNA polymerase

40 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RNA-dependent RNA polymerase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: RNA-dependent RNA polymerase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.417, 68.417, 69.769
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	RNA-dependent RNA polymerase 分子量: 20012.357 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Dera Ghazi Khan orthonairovirus (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A191KW82
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M citric acid pH 3.5, 13% PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.614→50 Å / Num. obs: 40786 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.9 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 24.8
反射シェル	解像度: 1.614→1.65 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.13 / Num. unique obs: 3932 / CC_1/2: 0.568

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6DX1

6dx1

解像度: 1.614→28.021 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.45

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2127	2008	4.92 %
R_work	0.1794	-	-
obs	0.1809	40772	98.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.614→28.021 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2492	0	0	183	2675

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	2554
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.259	3472
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.598	1484
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	374
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	446

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6144-1.6548	0.3217	124	0.3121	2642	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6548-1.6995	0.3453	143	0.2859	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6995-1.7495	0.2909	131	0.2488	2818	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7495-1.806	0.2389	184	0.229	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
1.806-1.8705	0.2342	131	0.2075	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8705-1.9454	0.2536	146	0.1977	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9454-2.0339	0.2472	148	0.2051	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0339-2.1411	0.2086	183	0.1921	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1411-2.2752	0.2135	174	0.1756	2787	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2752-2.4507	0.2266	145	0.1797	2792	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4507-2.6972	0.2395	176	0.1808	2779	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6972-3.0871	0.2428	99	0.1734	2857	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0871-3.8877	0.1794	145	0.1634	2833	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8877-28.0251	0.1843	79	0.1708	2561	X-RAY DIFFRACTION	87

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1769	-0.11	0.3234	0.5971	-0.3492	0.6296	-0.3776	-0.5764	-0.3941	0.3656	0.1434	0.2046	0.7886	-0.1656	-0.0009	0.4979	-0.044	-0.0105	0.4192	-0.022	0.5394	-24.5419	-17.8233	-5.747
2	0.792	0.0877	0.6344	1.016	-1.042	1.3361	-0.0057	-0.1231	0.1027	-0.2565	0.1158	0.2152	-0.0728	-0.0533	-0.0004	0.37	0.0052	0.008	0.3472	-0.0159	0.4044	-26.1541	-3.6695	-6.3187
3	1.7098	1.0509	-0.9118	2.4003	-1.082	3.5327	0.0156	-0.2808	0.0997	0.0248	-0.203	-0.3553	-0.1881	0.5557	-0.0001	0.303	-0.0007	-0.035	0.3778	0.0308	0.3273	-7.9199	-2.5076	0.6138
4	2.7779	1.0155	-0.7657	2.0621	1.5152	2.0968	0.0696	0.1938	0.2693	-0.3666	-0.0455	0.243	-0.2937	-0.1602	0.0005	0.3454	0.0297	-0.0002	0.3071	0.0363	0.3473	-23.5004	-5.6505	-4.798
5	0.6062	0.0104	-0.0807	0.1978	0.4411	0.8751	0.1619	0.3664	0.4369	-0.1602	-0.3643	-0.7544	-0.1089	0.7968	-0	0.4487	-0.0413	0.0067	0.5459	-0.0244	0.5612	-16.3952	-9.6672	20.058
6	1.084	0.3875	-0.8041	1.4792	1.2097	1.4199	0.0879	-0.3488	0.236	-0.0232	-0.0241	0.0389	-0.0673	-0.0478	0.0002	0.3365	0.0106	-0.0056	0.3925	0.0045	0.4026	-30.5451	-8.0746	20.8246
7	2.1382	0.8428	-0.9536	1.343	-0.7763	3.6861	-0.1748	0.0233	-0.3929	-0.2933	0.0504	0.1799	0.5933	-0.1345	0.0003	0.3656	0.0001	0.0182	0.3143	-0.0218	0.3321	-31.7119	-26.2862	13.7166
8	2.3237	0.7779	1.3377	2.8203	-0.8805	2.1024	-0.0287	-0.3793	0.2157	0.2578	0.0528	0.2821	-0.2128	-0.2552	0.0011	0.3042	0.0286	0.0281	0.346	-0.0051	0.3264	-28.6023	-10.6706	19.1563

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 18 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 19 through 41 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 42 through 112 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 113 through 158 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 3 through 18 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 19 through 41 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 42 through 112 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 113 through 158 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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