[日本語] English
万見
- PDB-1fka: STRUCTURE OF FUNCTIONALLY ACTIVATED SMALL RIBOSOMAL SUBUNIT AT 3.... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fka
タイトルSTRUCTURE OF FUNCTIONALLY ACTIVATED SMALL RIBOSOMAL SUBUNIT AT 3.3 A RESOLUTION
要素
  • (30S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 19
  • 16S RIBOSOMAL RNA
キーワードRIBOSOME / 30S RIBOSOMAL SUBUNIT / PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation ...ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S18 / 30s Ribosomal Protein S18 / 30s Ribosomal Protein S19; Chain A / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal domain / Ribosomal Protein S4 Delta 41; Chain A, domain 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #30 / Ribosomal protein S6/Translation elongation factor EF1B / Dna Ligase; domain 1 - #10 / S15/NS1, RNA-binding ...Ribosomal protein S18 / 30s Ribosomal Protein S18 / 30s Ribosomal Protein S19; Chain A / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal domain / Ribosomal Protein S4 Delta 41; Chain A, domain 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #30 / Ribosomal protein S6/Translation elongation factor EF1B / Dna Ligase; domain 1 - #10 / S15/NS1, RNA-binding / Ribosomal Protein S7 / Ribosomal protein S7/S5 / RNA-binding S4 domain / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Double Stranded RNA Binding Domain / Dna Ligase; domain 1 / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Few Secondary Structures / Irregular / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / : / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S5 / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / Helix Hairpins / S4 RNA-binding domain profile. / S4 RNA-binding domain / S4 domain / RNA-binding S4 domain / RNA-binding S4 domain superfamily / Ribosomal protein S5/S7 / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein S7p/S5e / Ribosomal protein S15 / Ribosomal_S15 / Ribosomal protein S15 / S15/NS1, RNA-binding / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Alpha-Beta Plaits / Roll / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
OCTADECATUNGSTENYL DIPHOSPHATE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein bS6 ...OCTADECATUNGSTENYL DIPHOSPHATE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Schluenzen, F. / Tocilj, A. / Zarivach, R. / Harms, J. / Gluehmann, M. / Janell, D. / Bashan, A. / Bartels, H. / Agmon, I. / Franceschi, F. / Yonath, A.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2000
タイトル: Structure of functionally activated small ribosomal subunit at 3.3 angstroms resolution.
著者: Schluenzen, F. / Tocilj, A. / Zarivach, R. / Harms, J. / Gluehmann, M. / Janell, D. / Bashan, A. / Bartels, H. / Agmon, I. / Franceschi, F. / Yonath, A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Refining the overall structure and subdomain orientation of ribosomal protein S4 delta 41 with dipolar couplings measured by nmr in uniaxial liquid crystalline phases
著者: MARKUS, M.A. / GERSTNER, R.B. / DRAPER, D.E. / Torchia, D.A.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: The structure of ribosomal protein s5 reveals sites of interaction with 16S rRNA
著者: RAMAKRISHNAN, V. / WHITE, S.W.
#3: ジャーナル: Embo J. / 年: 1994
タイトル: Crystal structure of the ribosomal protein S6 from Thermus thermophilus
著者: LINDAHL, M. / SVENSSON, L.A. / LILJAS, A. / SEDELNIKOVA, S.E. / ELISEIKINA, I.A. / FOMENKOVA, N.P. / NEVSKAYA, N. / NIKONOV, S.V. / GARBER, M.B. / MURANOVA, T.A. / RYKONOVA, A.I.
#4: ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: The structure of ribosomal protein S7 at 1.9 A resolution reveals a beta-hairpin motif that binds double-stranded nucleic acids
著者: WIMBERLY, B.T. / WHITE, S.W. / RAMAKRISHNAN, V.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of ribosomal protein S8 from Thermus thermophilus reveals a high degree of structural conservation of a specific RNA binding site
著者: NEVSKAYA, N. / TISHCHENKO, S. / NIKULIN, A. / AL-KARADAGHI, S. / LILJAS, A. / EHRESMANN, B. / EHRESMANN, C. / GARBER, M.B. / NIKONOV, S.
#6: ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: Conformational variability of the N-terminal helix in the structure of ribosomal protein S15
著者: CLEMONS, W.M. / DAVIES, C. / WHITE, S.W. / RAMAKRISHNAN, V.
#7: ジャーナル: Science / 年: 2000
タイトル: Structure of the S15, S6, S18-rRNA complex: assembly of the 30S ribosome central domain
著者: AGALAROV, S.C. / PRASAD, G.S. / FUNKE, P.M. / STOUT, C.D. / WILLIAMSON, J.R.
#8: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Solution structure of the ribosomal protein S19 from Thermus thermophilus
著者: HELGSTRAND, M. / RAK, A.V. / ALLARD, P. / DAVYDOVA, N. / GARBER, M.B. / HARD, T.
履歴
登録2000年8月9日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.02000年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 16S RIBOSOMAL RNA
B: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2
C: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3
D: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4
E: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5
F: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6
G: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7
H: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8
I: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9
J: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10
K: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11
L: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12
M: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13
N: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14
O: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15
P: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16
Q: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17
R: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18
S: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19
T: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)725,01227
ポリマ－694,47020
非ポリマー30,5417
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)406.300, 406.300, 173.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Cell settingtetragonal
Space group name H-MP41212

-
要素

-
30S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 19種, 19分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRST

#2: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 9464.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア)
#3: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 14996.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア)
#4: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4


分子量: 24373.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80373
#5: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5


分子量: 17583.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P27152, UniProt: Q5SHQ5*PLUS
#6: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P23370, UniProt: Q5SLP8*PLUS
#7: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7


分子量: 17335.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P17291
#8: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P24319, UniProt: P0DOY9*PLUS
#9: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 7592.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア)
#10: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 6060.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア)
#11: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 5975.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア)
#12: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 8783.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア)
#13: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 6571.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア)
#14: タンパク質・ペプチド 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 2230.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア)
#15: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15


分子量: 10622.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80378, UniProt: Q5SJ76*PLUS
#16: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 6230.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア)
#17: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17


分子量: 7166.825 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア)
#18: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18


分子量: 10244.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: GenBank: 6739549, UniProt: Q5SLQ0*PLUS
#19: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19


分子量: 10605.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80381, UniProt: Q5SHP2*PLUS
#20: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20


分子量: 8102.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア)

-
RNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 8分子 A

#1: RNA鎖 16S RIBOSOMAL RNA


分子量: 492673.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: GenBank: 155076
#21: 化合物
ChemComp-WO2 / OCTADECATUNGSTENYL DIPHOSPHATE


分子量: 4363.030 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: O62P2W18

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.09 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: MPD, Spermidine, MgCl2, NH4Cl, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1NH4Cl11
2MgCl211
3spermidine11
4MPD11
5MPD12
結晶化
*PLUS
詳細: Tsiboli, P., (1994) Eur. J. Biochem., 226, 169.
溶液の組成
*PLUS
IDCrystal-ID
11
21
31
41
51

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→35 Å / Num. all: 206724 / Num. obs: 206724 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 3.3→3.52 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.441 / % possible all: 77.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 3.3→35 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: none
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.305 15852 10 %random
Rwork0.304 ---
all-213490 --
obs-159051 74.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6068 28902 7 0 34977
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 3 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る