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- PDB-1g1x: STRUCTURE OF RIBOSOMAL PROTEINS S15, S6, S18, AND 16S RIBOSOMAL RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g1x
タイトルSTRUCTURE OF RIBOSOMAL PROTEINS S15, S6, S18, AND 16S RIBOSOMAL RNA
要素
  • (16S RIBOSOMAL RNA) x 2
  • 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15
  • 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18
  • 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6
キーワードRIBOSOME / ribosomal proteins S15 / S6 / S18 / S30 ribosomal subunit / RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S18 / 30s Ribosomal Protein S18 / Ribosomal protein S6/Translation elongation factor EF1B / S15/NS1, RNA-binding / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S15, bacterial-type ...Ribosomal protein S18 / 30s Ribosomal Protein S18 / Ribosomal protein S6/Translation elongation factor EF1B / S15/NS1, RNA-binding / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / Helix Hairpins / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S15 / Ribosomal_S15 / Ribosomal protein S15 / S15/NS1, RNA-binding / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Agalarov, S.C. / Prasad, G.S. / Funke, P.M. / Stout, C.D. / Williamson, J.R.
引用ジャーナル: Science / 年: 2000
タイトル: Structure of the S15,S6,S18-rRNA complex: assembly of the 30S ribosome central domain.
著者: Agalarov, S.C. / Sridhar Prasad, G. / Funke, P.M. / Stout, C.D. / Williamson, J.R.
履歴
登録2000年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2000年10月30日ID: 1EKC
改定 1.02000年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: 16S RIBOSOMAL RNA
E: 16S RIBOSOMAL RNA
I: 16S RIBOSOMAL RNA
J: 16S RIBOSOMAL RNA
A: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6
B: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15
C: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18
F: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6
G: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15
H: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,29310
ポリマ－120,29310
非ポリマー00
水00
1
D: 16S RIBOSOMAL RNA
E: 16S RIBOSOMAL RNA
A: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6
B: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15
C: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1475
ポリマ－60,1475
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
I: 16S RIBOSOMAL RNA
J: 16S RIBOSOMAL RNA
F: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6
G: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15
H: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1475
ポリマ－60,1475
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)169.5, 169.5, 113.8
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 120.0
Int Tables number170
Cell settinghexagonal
Space group name H-MP65

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要素

#1: RNA鎖 16S RIBOSOMAL RNA


分子量: 13576.196 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 582-675 / 由来タイプ: 合成
#2: RNA鎖 16S RIBOSOMAL RNA


分子量: 14102.433 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 716-759 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6


分子量: 11732.494 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SLP8
#4: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15


分子量: 10491.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SJ76
#5: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18


分子量: 10244.272 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SLQ0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.8 M (NH4)2SO4, 20 mM MgCl2, 50 mM Potassium Cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MgCl211
2Potassium Cacodylate11
3(NH4)2SO411
4(NH4)2SO412
結晶化
*PLUS
pH: 6.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11.8 Mammonium sulfate1reservoir
220 mM1reservoirMgCl2
350 mMpotassium cacodylate1reservoir
41

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 57348 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 71.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rsym value: 0.279 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.279 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 264392

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
X-PLOR精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.6→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.298 1289 2.2 %random
Rwork0.266 ---
obs-57348 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 44.48 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.68 Å0.58 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.65 Å0.73 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3897 3646 0 0 7543
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.023
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.22
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d19.45
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.81
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it4.34
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it6.35
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it5.58
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it7.75
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.48 60 2.2 %
Rwork0.42 7071 -
obs--99.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 50 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 2.2 % / Rfactor obs: 0.266
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg19.45
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.81
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.48 / % reflection Rfree: 2.2 % / Rfactor Rwork: 0.42

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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