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- PDB-3pqs: The crystal structures of porcine pathogen ApH87_TbpB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pqs
タイトルThe crystal structures of porcine pathogen ApH87_TbpB
要素transferrin-binding protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / lipoprotein / transferrin receptor / iron acquisition / vaccine candidate / Beta barrel / Transferrin Binding / Transferrin / Outermembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / cell surface
類似検索 - 分子機能
Lipocalin - #240 / Transferrin-binding protein B, N-lobe handle / Lipocalin - #250 / N-Lobe handle Tf-binding protein B / Transferrin-binding protein B, C-lobe handle domain / TbpB, C-lobe handle domain superfamily / C-lobe handle domain of Tf-binding protein B / TbpB, N-lobe handle domain superfamily / Transferrin-binding protein B, C-lobe/N-lobe beta barrel domain / C-lobe and N-lobe beta barrels of Tf-binding protein B ...Lipocalin - #240 / Transferrin-binding protein B, N-lobe handle / Lipocalin - #250 / N-Lobe handle Tf-binding protein B / Transferrin-binding protein B, C-lobe handle domain / TbpB, C-lobe handle domain superfamily / C-lobe handle domain of Tf-binding protein B / TbpB, N-lobe handle domain superfamily / Transferrin-binding protein B, C-lobe/N-lobe beta barrel domain / C-lobe and N-lobe beta barrels of Tf-binding protein B / Porin - #90 / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Porin / Lipocalin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / Transferrin-binding protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Actinobacillus pleuropneumoniae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Calmettes, C. / Moraes, T.F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural Variations within the Transferrin Binding Site on Transferrin-binding Protein B, TbpB.
著者: Calmettes, C. / Yu, R.H. / Silva, L.P. / Curran, D. / Schriemer, D.C. / Schryvers, A.B. / Moraes, T.F.
履歴
登録2010年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: transferrin-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,87117
ポリマ－57,3531
非ポリマー1,51816
水8,971498
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.600, 151.300, 90.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-872-

HOH

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要素

#1: タンパク質 transferrin-binding protein


分子量: 57352.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Actinobacillus pleuropneumoniae (バクテリア)
株: H87 / 遺伝子: tfbA / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q44167
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 498 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細AUTHORS STATE THAT SEQUENCING CONFIRMED THE RESIDUE AT THIS POSITION IS A VALINE FOR STRAIN H087 ...AUTHORS STATE THAT SEQUENCING CONFIRMED THE RESIDUE AT THIS POSITION IS A VALINE FOR STRAIN H087 USED IN THE CRYSTALLIZATION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.16 M sodium acetate, 0.08 M calcium cacodylate, 23% PEG 3350, 15% glycerol, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2009年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→50 Å / Num. obs: 53954 / % possible obs: 74 % / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obs% possible all
1.89-1.965.80.61923.8
1.96-2.047.30.45539.8
2.04-2.138.60.35650.4
2.13-2.2410.10.31761.5
2.24-2.3811.30.29774.7
2.38-2.5712.70.24388.7
2.57-2.8214.30.17599
2.82-3.2315.10.099100
3.23-4.0714.60.07100
4.07-5014.10.04799.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 53.24 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.1 Å47.14 Å
Translation2.1 Å47.14 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→47.14 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.27 / SU ML: 0.3 / 位相誤差: 22.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.197 2658 5 %
Rwork0.16 --
obs0.162 53133 99.8 %
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 70.71 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 64.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.2004 Å2-0 Å20 Å2
2---14.7296 Å2-0 Å2
3---17.9301 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3904 0 95 498 4497
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064204
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0625675
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.451578
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072609
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004742
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.17510.30692620.27034973X-RAY DIFFRACTION100
2.1751-2.26210.26252620.22954996X-RAY DIFFRACTION100
2.2621-2.36510.24242640.20454998X-RAY DIFFRACTION100
2.3651-2.48980.24842630.18354983X-RAY DIFFRACTION100
2.4898-2.64580.24172640.17855029X-RAY DIFFRACTION100
2.6458-2.850.20142640.16775007X-RAY DIFFRACTION100
2.85-3.13680.20352660.155062X-RAY DIFFRACTION100
3.1368-3.59050.18942670.14225070X-RAY DIFFRACTION100
3.5905-4.52310.16732690.12995098X-RAY DIFFRACTION100
4.5231-47.15080.16662770.14735259X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6496-0.41220.26664.2440.19452.1513-0.05090.06850.4691-0.56410.2433-1.3837-0.40870.4003-0.17390.3236-0.04140.09590.3221-0.06780.705826.052822.384115.0544
22.7005-0.7288-0.33522.9510.83131.75-0.0547-0.19890.35980.09170.1744-0.34550.066-0.0106-0.1210.2522-0.0066-0.04350.3326-0.04850.261713.760516.420922.375
32.2693-0.2739-0.18984.7582-0.7951.7425-0.0861-0.0458-0.2118-0.48590.0919-1.07550.28940.15560.00660.41950.05660.05940.2657-0.02740.628334.7866-17.759816.2893
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 26:122)A26 - 122
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 123:294)A123 - 294
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 295:528)A295 - 528

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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