PDB-5cyo: High resolution Septin 9 GTPase domain in complex with GDP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cyo

タイトル

High resolution Septin 9 GTPase domain in complex with GDP

要素

Septin-9

キーワード

HYDROLASE / septin 9 gtpase domain

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of non-motile cilium assembly / septin complex / cytoskeleton-dependent cytokinesis / septin ring / non-motile cilium / cell division site / axoneme / stress fiber / microtubule cytoskeleton / actin cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.0354 Å

データ登録者

Matos, S.S. / Leonardo, D.A. / Pereira, H.M. / Horjales, E. / Araujo, A.P.U. / Garratt, R.C.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2020
タイトル: A complete compendium of crystal structures for the human SEPT3 subgroup reveals functional plasticity at a specific septin interface
著者: Castro, D.K.S.V. / da Silva, S.M.O. / Pereira, H.M. / Macedo, J.N.A. / Leonardo, D.A. / Valadares, N.F. / Kumagai, P.S. / Brandao-Neto, J. / Araujo, A.P.U. / Garratt, R.C.

履歴

登録	2015年7月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2019年4月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2020年4月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.5	2020年5月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.6	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cyo.cif.gz	232.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cyo.ent.gz	184.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cyo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5cyo_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5cyo_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5cyo_validation.xml.gz	22.7 KB	表示
CIF形式データ	5cyo_validation.cif.gz	32 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/5cyo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/5cyo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4z51C 4z54C 5cypC 4yqf C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4yqf-2 6mqk-4 5bxc-d 4z51-d 6mqk-2 3sx8-d 5tjk-d 5lt2-3 5c48-d 6mq9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Septin-9

B: Septin-9

ヘテロ分子

64.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Septin-9

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
32.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Septin-9

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
32.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.497, 78.049, 77.443
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.920, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

Monomer confirmed by gel filtration

#1: タンパク質	Septin-9 / MLL septin-like fusion protein MSF-A / MLL septin-like fusion protein / Ovarian/Breast septin / ...MLL septin-like fusion protein MSF-A / MLL septin-like fusion protein / Ovarian/Breast septin / Ov/Br septin / Septin D1 分子量: 31902.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEPT9, KIAA0991, MSF / プラスミド: plasmid / 詳細 (発現宿主): pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UHD8
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.47 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG1500, 20% Glycerol / PH範囲: 6.9

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SOLEIL

/ ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9801 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.035→65 Å / Num. all: 41927 / Num. obs: 41927 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.14 % / B_iso Wilson estimate: 31.81 Å² / R_merge F obs: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.075 / R_rim(I) all: 0.091 / Χ²: 0.986 / Net I/σ(I): 11.2 / Num. measured all: 131988

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.0354-2.16		0.694	0.724	1.99	20750	6811	6631	0.875	97.4
2.16-2.31		0.861	0.443	3.28	20268	6405	6382	0.536	99.6
2.31-2.49		0.916	0.293	4.76	18817	5964	5944	0.355	99.7
2.49-2.73		0.967	0.182	7.15	17318	5471	5454	0.219	99.7
2.73-3.05		0.987	0.104	11.41	15722	4993	4969	0.126	99.5
3.05-3.52		0.995	0.058	18.33	13767	4387	4368	0.07	99.6
3.52-4.31		0.997	0.039	26.05	11546	3740	3704	0.047	99
4.31-6.07		0.997	0.033	29.08	8791	2917	2869	0.04	98.4
	6.07	0.999	0.027	32.11	5009	1653	1606	0.033	97.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.0354→55.292 Å / FOM work R set: 0.8303 / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2275	2096	5 %	Random selection
R_work	0.1833	39807	-	-
obs	0.1856	41903	99.05 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 122.46 Å² / B_iso mean: 42.58 Å² / B_iso min: 16.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.0354→55.292 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4146	0	58	233	4437
B_iso mean	-	-	25.85	44.12	-
残基数	-	-	-	-	524

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	4316
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.857	5858
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	673
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	743
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.48	1608

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.0354-2.0827	0.3022	131	0.2975	2479	2610	94
2.0827-2.1348	0.2747	141	0.2602	2682	2823	100
2.1348-2.1925	0.3141	140	0.2433	2651	2791	100
2.1925-2.257	0.2614	139	0.2263	2652	2791	100
2.257-2.3299	0.2839	139	0.215	2628	2767	100
2.3299-2.4132	0.2828	141	0.2138	2691	2832	100
2.4132-2.5098	0.2532	141	0.2056	2668	2809	100
2.5098-2.624	0.2777	140	0.1962	2668	2808	100
2.624-2.7623	0.2077	140	0.1948	2669	2809	99
2.7623-2.9354	0.2624	139	0.1942	2637	2776	99
2.9354-3.162	0.2491	141	0.1904	2683	2824	100
3.162-3.4802	0.2139	140	0.175	2662	2802	99
3.4802-3.9837	0.2057	140	0.1584	2659	2799	99
3.9837-5.0185	0.182	141	0.1448	2681	2822	99
5.0185-55.3121	0.1991	143	0.1674	2697	2840	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3475	0.2344	0.072	1.6463	-0.8229	4.7107	-0.0713	-0.3068	0.2396	0.2446	0.0706	0.1141	-0.2911	-0.1899	-0.0367	0.317	0.0323	-0.0254	0.2062	-0.0382	0.3096	26.7424	-6.278	19.9307
2	5.1142	0.5142	5.4416	1.9599	0.9534	8.0425	-0.3775	0.0699	0.4722	-0.0256	0.0096	-0.0455	-0.5466	0.5405	0.409	0.3414	-0.0645	-0.0861	0.3272	0.0284	0.3246	45.7909	-2.8428	21.1368
3	3.125	0.589	2.262	0.9979	0.1243	2.956	0.0379	-0.0015	-0.0537	0.1076	-0.0302	-0.0712	0.0311	0.0959	-0.0226	0.208	0.0161	-0.017	0.1489	0.0165	0.2234	35.6603	-12.9314	15.4328
4	9.7688	-0.4696	0.7086	1.9424	0.1187	1.6546	0.3038	0.4816	-1.0127	-0.2116	0.0278	0.1747	0.8083	-0.0835	-0.0789	0.3773	-0.002	-0.0853	0.2198	0.0005	0.3148	28.2049	-27.3556	7.5464
5	4.4096	-1.2706	-0.5163	1.7217	0.5675	1.3685	-0.0592	-0.4475	-0.2533	0.2407	0.1053	-0.0021	0.1185	-0.1149	-0.0896	0.3333	-0.0013	0.008	0.2567	0.0596	0.2522	24.0552	-21.581	22.1698
6	9.4727	0.777	-1.797	5.6441	-1.4735	6.2967	0.0153	-0.4448	-0.0123	0.1196	-0.0004	-0.3938	-0.0569	0.275	-0.03	0.3135	0.0179	-0.0992	0.2423	-0.017	0.263	46.8324	-13.4041	25.1909
7	5.8465	1.1533	1.9037	3.4573	-0.9312	6.5067	0.0843	0.2885	-0.3225	-0.2911	0.087	0.1756	0.8552	-0.2377	-0.1583	0.4039	-0.0591	-0.0353	0.2041	-0.0139	0.2604	15.8898	-21.7485	-14.5831
8	7.995	4.7397	6.2879	3.7478	4.0728	5.0654	-0.6259	0.6546	-0.2057	-0.5512	0.1749	-0.0011	-0.292	0.584	0.4553	0.3675	-0.03	0.0176	0.3679	0.0238	0.3951	32.6648	-11.3627	-9.2184
9	0.6707	-0.1476	-0.0082	0.2211	0.7926	8.0211	0.0062	0.1797	-0.0525	-0.0131	0.0229	-0.005	0.1047	0.0165	-0.0119	0.3329	0.0135	-0.0325	0.2499	0.0137	0.2736	20.487	-9.9185	-18.553
10	5.9406	0.4858	-4.0961	1.348	-0.7476	3.3684	0.0071	-0.2326	-0.0355	0.619	0.0632	0.2521	-0.7598	-0.297	0.2111	0.3402	0.0337	-0.0202	0.2871	0.0012	0.2796	12.596	-1.0204	0.5844
11	7.2081	-0.2447	1.7713	4.604	-2.7745	4.0213	0.2727	0.8956	0.8868	-1.0585	-0.0984	0.4612	-0.9372	-0.8892	0.1889	0.6063	0.2438	-0.0974	0.5447	0.018	0.3373	11.1337	2.0654	-17.338
12	3.2949	1.9761	-1.3213	4.8054	-2.3859	5.5833	0.1304	0.1078	-0.092	-0.5566	-0.1493	0.7465	0.2214	-0.9784	-0.2545	0.3653	0.0266	-0.0847	0.5007	-0.075	0.3772	5.3662	-10.4792	-8.5109
13	3.7562	1.7872	-3.0023	1.9596	-2.5032	7.0263	-0.0414	0.3031	-0.1753	-0.0106	0.102	0.1018	0.0412	-0.8441	-0.0158	0.2651	0.0031	-0.0535	0.2817	-0.0519	0.2696	10.6912	-11.2984	-15.8343

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 20 through 101 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 102 through 120 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 121 through 175 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 176 through 192 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 193 through 266 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 267 through 293 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 21 through 87 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 88 through 101 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 102 through 175 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 176 through 192 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 193 through 206 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 207 through 239 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 240 through 293 )	B

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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