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Yorodumi- PDB-6mq9: Crystal Structure of GTPase Domain of Human Septin 12 in complex ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6mq9 | |||||||||
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Title | Crystal Structure of GTPase Domain of Human Septin 12 in complex with GMPPNP | |||||||||
Components | Septin-12 | |||||||||
Keywords | STRUCTURAL PROTEIN / cytoskeleton component septin GTPase spermatogenesis | |||||||||
Function / homology | Function and homology information sperm annulus / septin complex / septin ring / cytoskeleton-dependent cytokinesis / cell division site / cleavage furrow / stress fiber / phosphatidylinositol binding / spindle / GDP binding ...sperm annulus / septin complex / septin ring / cytoskeleton-dependent cytokinesis / cell division site / cleavage furrow / stress fiber / phosphatidylinositol binding / spindle / GDP binding / microtubule cytoskeleton / protein localization / midbody / spermatogenesis / cell differentiation / molecular adaptor activity / GTPase activity / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.86 Å | |||||||||
Authors | Castro, D.K.S.V. / Pereira, H.M. / Brandao-Neto, J. / Ulian, A.P.U. / Garratt, R.C. | |||||||||
Funding support | Brazil, 2items
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Citation | Journal: Iucrj / Year: 2020 Title: A complete compendium of crystal structures for the human SEPT3 subgroup reveals functional plasticity at a specific septin interface. Authors: Castro, D.K.S.D.V. / da Silva, S.M.O. / Pereira, H.D. / Macedo, J.N.A. / Leonardo, D.A. / Valadares, N.F. / Kumagai, P.S. / Brandao-Neto, J. / Araujo, A.P.U. / Garratt, R.C. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6mq9.cif.gz | 464.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6mq9.ent.gz | 379.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6mq9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6mq9_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6mq9_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | |
Data in XML | 6mq9_validation.xml.gz | 48.8 KB | Display | |
Data in CIF | 6mq9_validation.cif.gz | 68.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/6mq9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/6mq9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6mqbC 6mqkC 4z51S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 34096.105 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: SEPT12 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Roseta DE3 / References: UniProt: Q8IYM1 #2: Chemical | ChemComp-GNP / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.06 Å3/Da / Density % sol: 40.42 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 10% w/v PEG 8000, 20% v/v ethylene glycol, 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5, 20mM of each: 1,6-hexanediol, 1-butanol, (RS)-1,2-propanediol, 2-propanol, 1,4-butanediol, 1,3-propanediol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I24 / Wavelength: 0.96861 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 15, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.96861 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.86→46.91 Å / Num. obs: 88175 / % possible obs: 96.4 % / Redundancy: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 20.69 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 5.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.86→1.91 Å / Redundancy: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.654 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 13725 / CC1/2: 0.572 / Rpim(I) all: 0.592 / % possible all: 95.2 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4Z51 Resolution: 1.86→46.91 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / Phase error: 27.26
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 93.79 Å2 / Biso mean: 32.2296 Å2 / Biso min: 9.42 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.86→46.91 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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