PDB-6mqk: Crystal Structure of GTPase Domain of Human Septin 12 in complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mqk

タイトル

Crystal Structure of GTPase Domain of Human Septin 12 in complex with GDP

要素

Septin-12

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / cytoskeleton component septin GTPase spermatogenesis

機能・相同性

機能・相同性情報

septin complex / sperm annulus / cytoskeleton-dependent cytokinesis / septin ring / cell division site / cleavage furrow / stress fiber / phosphatidylinositol binding / spindle / intracellular protein localization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.19 Å

データ登録者

Castro, D.K.S.V. / Pereira, H.M. / Brandao-Neto, J. / Ulian, A.P.U. / Garratt, R.C.

資金援助

ブラジル, 2件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2020
タイトル: A complete compendium of crystal structures for the human SEPT3 subgroup reveals functional plasticity at a specific septin interface.
著者: Castro, D.K.S.D.V. / da Silva, S.M.O. / Pereira, H.D. / Macedo, J.N.A. / Leonardo, D.A. / Valadares, N.F. / Kumagai, P.S. / Brandao-Neto, J. / Araujo, A.P.U. / Garratt, R.C.

履歴

登録	2018年10月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年4月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2020年6月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mqk.cif.gz	450.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mqk.ent.gz	369.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mqk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/6mqk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/6mqk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6mq9SC 6mqbC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6tm8-d 4lip-1 1g2m-d 4zha-d 2j4i-d 4wjm-d 3uir-1 4btt-1 6mq9-3 3m37-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Septin-12

B: Septin-12

C: Septin-12

D: Septin-12

ヘテロ分子

138 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Septin-12

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
34.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Septin-12

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Septin-12

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.6 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Septin-12

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.6 kDa, 1 ポリマー
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5

A: Septin-12

D: Septin-12

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
69.1 kDa, 2 ポリマー
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6

B: Septin-12

ヘテロ分子

C: Septin-12

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
69.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	46.960, 69.250, 88.230
Angle α, β, γ (deg.)	75.450, 89.460, 76.430
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Septin-12 分子量: 34096.105 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEPT12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 / 参照: UniProt: Q8IYM1
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.78 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5, 30mM magnesium chloride, 30mM calcium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.19→45.59 Å / Num. obs: 52030 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.108 / R_pim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 6.9
反射シェル	解像度: 2.19→2.25 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 3910 / CC_1/2: 0.562 / R_pim(I) all: 0.607 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
xia2		データスケーリング
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
xia2		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6MQ9

6mq9

解像度: 2.19→45.586 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 28.39

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2286	2542	4.89 %
R_work	0.1843	-	-
obs	0.1865	52022	96.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 134.44 Å² / B_iso mean: 56.5932 Å² / B_iso min: 26.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.19→45.586 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8489	0	116	172	8777
B_iso mean	-	-	36.49	49.13	-
残基数	-	-	-	-	1055

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	8834
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.798	12034
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	1363
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1550
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.954	5320

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.19-2.2321	0.3425	141	0.2938	2808	2949	96
2.2321-2.2777	0.342	150	0.2745	2657	2807	96
2.2777-2.3272	0.3015	142	0.2716	2759	2901	96
2.3272-2.3814	0.3286	141	0.2636	2708	2849	96
2.3814-2.4409	0.3065	115	0.2579	2751	2866	96
2.4409-2.5069	0.32	121	0.2604	2721	2842	96
2.5069-2.5807	0.3207	154	0.2533	2732	2886	96
2.5807-2.664	0.3126	143	0.2333	2721	2864	97
2.664-2.7592	0.2813	137	0.2216	2795	2932	97
2.7592-2.8696	0.2824	147	0.2226	2740	2887	97
2.8696-3.0002	0.2885	156	0.2194	2758	2914	98
3.0002-3.1583	0.2631	117	0.2093	2843	2960	98
3.1583-3.3562	0.2334	160	0.1851	2775	2935	98
3.3562-3.6152	0.2322	137	0.1717	2768	2905	98
3.6152-3.9788	0.1868	148	0.1581	2757	2905	97
3.9788-4.5541	0.1801	145	0.1382	2730	2875	97
4.5541-5.7359	0.1652	145	0.1443	2769	2914	97
5.7359-45.5957	0.189	143	0.1533	2688	2831	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1243	2.1602	1.0775	7.9509	0.7533	6.866	-0.1151	-0.1115	0.2705	-0.2378	-0.0244	-0.6652	-0.311	-0.0161	0.2171	0.2711	0.044	0.0635	0.2901	-0.0033	0.4083	-47.4809	-15.2813	-0.6453
2	3.8026	1.6081	-0.1081	5.2047	2.9359	4.5323	0.1543	0.1611	-1.0309	-0.8869	0.1564	-0.9712	0.1967	0.6426	-0.0139	0.4131	0.0176	0.1438	0.6012	-0.0228	0.7294	-44.537	-19.1853	-6.2303
3	4.5758	1.2226	-3.058	7.1723	-6.2781	7.5296	0.4703	-0.6492	-0.0804	0.0693	-0.3122	-0.2194	0.0135	0.7905	-0.1209	0.3661	-0.1245	0.0092	0.4624	-0.0703	0.5584	-44.6692	-14.4876	6.6416
4	6.8994	2.6893	-2.4396	3.4488	-0.4876	2.1128	0.3011	-0.5337	0.6326	-0.0657	-0.0703	-0.3461	-0.3361	0.4444	-0.2281	0.4069	-0.0523	0.0496	0.3696	-0.0481	0.4208	-44.704	-6.8345	5.5915
5	2.9986	0.7203	-1.1691	2.8136	0.5562	4.8725	0.1537	0.1359	0.5957	-0.0665	0.165	0.0146	-0.5091	-0.1106	-0.2748	0.3518	0.0167	-0.0126	0.3615	0.0483	0.4165	-61.213	-7.9865	0.397
6	8.1441	5.5688	1.616	7.5383	2.8051	3.9033	0.1412	0.2225	0.6317	-0.2016	0.146	-0.2426	-0.3538	0.3482	-0.2721	0.4173	0.0259	0.1445	0.3108	-0.0158	0.4217	-51.4607	-6.8611	-2.797
7	6.239	2.6029	-1.1551	2.7585	-0.0316	5.2223	-0.3541	0.2338	0.1954	-0.3067	0.1131	-0.1226	-0.2327	0.1958	0.2332	0.4777	0.0082	-0.0512	0.2985	0.0127	0.3448	-68.9374	-24.4371	-39.7745
8	8.7182	2.6051	7.2082	0.8125	2.1249	5.9823	-0.0034	0.5203	-0.6528	-0.1366	0.1682	-0.3786	0.1608	0.5622	-0.1602	0.6808	0.0778	0.0493	0.3966	-0.0239	0.4927	-64.667	-29.2241	-43.8848
9	3.567	1.7903	-2.0553	4.9617	-0.5659	3.6796	0.2042	0.0406	-0.0992	0.0249	-0.2471	-0.3032	-0.2439	-0.1778	0.0781	0.3319	0.0285	-0.0509	0.3625	0.0194	0.3384	-63.7351	-18.7267	-31.2498
10	6.5487	5.4647	0.4576	5.7723	-0.0056	2.0518	-0.3519	0.3785	-0.0214	-0.1246	0.193	-0.1713	-0.0601	-0.0471	0.1401	0.365	0.016	-0.0449	0.2832	0.0499	0.3546	-69.2759	-15.6863	-31.9914
11	5.6382	3.7916	-1.0003	7.2056	-2.0754	0.7101	0.1905	0.2647	0.4958	0.5237	0.0088	0.2549	-0.0704	-0.0658	-0.1396	0.3433	0.0317	-0.0136	0.3353	-0.0173	0.3112	-79.6801	-21.8509	-35.6993
12	6.5305	5.0607	3.254	4.0192	2.8314	4.4362	-0.2751	0.4093	0.4751	-0.1908	0.257	1.3176	-0.1635	0.161	-0.021	0.5388	-0.0192	-0.0395	0.4203	0.0482	0.5527	-90.3153	-19.2099	-35.0444
13	4.9405	-2.2004	3.2235	8.09	0.93	2.9152	-0.0239	0.1934	2.2343	-0.538	0.3827	-0.3266	-1.0552	-0.4478	-0.3726	0.6143	0.05	0.0893	0.4847	0.0335	0.9307	-79.5156	-6.086	-35.9153
14	2.8973	-1.0767	-0.5775	7.1449	1.8427	2.2662	0.1048	0.4716	0.2325	-0.2693	-0.1936	-0.0868	0.0809	-0.2825	0.1157	0.4296	-0.0249	-0.0522	0.6432	0.0628	0.3039	-80.7075	-23.5868	-48.0412
15	6.7022	6.6959	4.1115	8.5853	4.3737	4.3394	-0.3506	0.3762	0.2202	-0.4952	0.236	0.1803	-0.223	0.0988	0.0858	0.2927	0.0505	0.0672	0.2991	0.0599	0.263	-72.1119	-15.4937	-41.3974
16	4.9362	2.1928	-1.7307	7.7341	-3.948	2.8126	0.0277	-0.1352	0.3051	-0.0501	-0.0499	0.4026	-0.0186	-0.3868	0.0865	0.4207	-0.0182	0.0225	0.3806	-0.0735	0.3382	-49.597	-41.631	-21.8282
17	1.0427	-0.8332	-2.7681	8.0942	-0.6106	9.5803	-0.3666	-0.1844	0.3868	-0.0608	0.1021	1.5924	-0.0999	-0.4922	0.3853	0.6217	-0.0294	0.0504	0.708	-0.0548	0.7287	-55.9941	-40.9074	-24.7393
18	7.8321	5.7603	1.9693	7.7445	1.9882	6.0933	-0.0609	-0.4025	0.4465	-0.0594	0.1289	0.4778	-0.5552	-0.1637	-0.0951	0.4463	0.1042	0.0865	0.4021	0.0046	0.3666	-47.6124	-37.3384	-16.0632
19	2.0611	-0.0695	-0.2637	3.714	-0.3492	7.7544	0.0942	-0.2962	0.0056	0.6059	-0.1468	0.5694	0.4101	-0.7694	0.0366	0.4649	-0.0763	0.1201	0.5212	-0.0935	0.4225	-52.2262	-46.1449	-2.2765
20	3.2448	0.8173	-1.3532	3.617	-1.8866	4.6962	-0.1472	-0.2458	-0.2404	-0.024	-0.0571	-0.1958	0.2865	0.2004	0.2167	0.4061	-0.0217	0.018	0.293	-0.0373	0.3339	-33.4731	-46.0848	-21.8418
21	8.2999	-4.6886	5.4551	7.9851	-4.7092	7.5642	-0.6035	0.0484	-0.2752	0.1309	0.4558	0.0785	0.1222	-0.6069	0.0958	0.4158	-0.1007	0.1564	0.3846	-0.0943	0.2336	-45.4826	-50.4598	-32.2354
22	1.147	0.5038	0.0283	4.0333	-3.1713	3.0492	-0.0432	0.2843	-0.2117	-0.3729	0.3608	0.3141	0.5922	-0.4092	-0.3754	0.4416	-0.09	0.0389	0.3796	-0.0754	0.4035	-46.6986	-51.5745	-25.7518
23	4.8846	-4.5445	-4.634	6.4845	4.2214	4.4181	-0.371	-0.9299	0.6367	1.6201	0.5167	-0.3876	1.703	0.1933	0.0292	0.7879	-0.0038	0.0092	0.5907	-0.0552	0.4046	-43.239	-48.2368	4.9806
24	5.9634	1.8111	0.51	7.5534	-0.6836	8.8005	-0.0621	0.1795	0.1518	0.0842	0.0988	0.7738	0.0664	-0.9568	0.0219	0.293	0.0442	0.0632	0.4095	-0.0201	0.3963	-75.0141	-30.8597	21.6458
25	0.5156	0.094	-0.679	1.5373	-1.4902	7.0457	0.0542	-0.0818	0.1529	0.2318	-0.0091	0.0568	-0.1688	-0.068	-0.0706	0.3453	-0.0452	0.0097	0.3316	-0.0569	0.3405	-65.3448	-30.1989	29.5029
26	7.2347	0.7892	-0.6461	3.5768	0.6388	6.211	-0.4682	-0.4342	-0.8698	-0.0103	0.0478	-0.3392	1.1787	0.1692	0.2759	0.5766	0.0276	0.0889	0.3784	-0.0142	0.4436	-57.1872	-44.2187	17.6494
27	0.6997	0.3008	1.0767	2.406	-0.7981	7.4581	-0.0066	0.003	-0.007	-0.2155	-0.0089	0.2714	0.5059	-0.4811	-0.0244	0.2363	-0.037	0.0318	0.4055	-0.022	0.4043	-70.5419	-37.1286	20.212

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 48 through 70 )	A	48 - 70
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 71 through 100 )	A	71 - 100
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 101 through 126 )	A	101 - 126
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 127 through 200 )	A	127 - 200
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 201 through 267 )	A	201 - 267
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 268 through 314 )	A	268 - 314
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 47 through 70 )	B	47 - 70
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 71 through 99 )	B	71 - 99
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 100 through 144 )	B	100 - 144
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 145 through 184 )	B	145 - 184
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 185 through 200 )	B	185 - 200
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 201 through 217 )	B	201 - 217
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 218 through 231 )	B	218 - 231
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 232 through 268 )	B	232 - 268
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 269 through 317 )	B	269 - 317
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 48 through 71 )	C	48 - 71
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 72 through 92 )	C	72 - 92
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 93 through 126 )	C	93 - 126
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 127 through 159 )	C	127 - 159
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 160 through 231 )	C	160 - 231
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 232 through 268 )	C	232 - 268
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 269 through 305 )	C	269 - 305
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 306 through 319 )	C	306 - 319
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 48 through 84 )	D	48 - 84
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 85 through 200 )	D	85 - 200
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 201 through 244 )	D	201 - 244
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 245 through 317 )	D	245 - 317

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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