[日本語] English
万見
- PDB-4wjm: Crystal structure of Fructokinase from Brucella abortus 2308 with... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wjm
タイトルCrystal structure of Fructokinase from Brucella abortus 2308 with bound AMPPNP
要素Ribokinase:Carbohydrate kinase, PfkB
キーワードTRANSFERASE / Fructokinase / Brucella melitensis biovar Abortus 2308 / AMPPNP / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


fructokinase / fructokinase activity / fructose metabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Ribokinase/fructokinase / pfkB family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / MALONIC ACID / Ribokinase:Carbohydrate kinase, PfkB
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella abortus (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Fructokinase from Brucella abortus 2308 with bound AMPPNP
著者: Horanyi, P.S. / Dranow, D.M. / Fischer, E. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.
履歴
登録2014年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月29日Group: Non-polymer description
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ribokinase:Carbohydrate kinase, PfkB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3796
ポリマ－33,6201
非ポリマー7595
水6,449358
1
A: Ribokinase:Carbohydrate kinase, PfkB
ヘテロ分子

A: Ribokinase:Carbohydrate kinase, PfkB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,75812
ポリマ－67,2412
非ポリマー1,51710
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+11
Buried area5240 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area24110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.890, 109.890, 58.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-404-

EDO

21A-404-

EDO

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Ribokinase:Carbohydrate kinase, PfkB


分子量: 33620.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: AMPPNP / 由来: (組換発現) Brucella abortus (ウシ流産菌) / 株: 2308 / 遺伝子: cscK, BAB1_0112 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2YNY7, fructokinase

-
非ポリマー , 5種, 363分子

#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.85 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.4M Na Malonate pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月16日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→34.75 Å / Num. obs: 39662 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.06 % / Biso Wilson estimate: 17.49 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rrim(I) all: 0.075 / Χ2: 1.032 / Net I/σ(I): 25.55 / Num. measured all: 557667
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.7-1.740.9560.5335.7142188288228820.552100
1.74-1.790.970.4167.3341122280428040.431100
1.79-1.840.980.348.9239837272227220.353100
1.84-1.90.9880.2721139213267426740.282100
1.9-1.960.9910.22313.4337915259525940.231100
1.96-2.030.9940.16917.236236249324930.175100
2.03-2.110.9960.13520.8635193243024300.141100
2.11-2.190.9970.11324.2433161231523150.117100
2.19-2.290.9970.126.531833224422440.104100
2.29-2.40.9980.08929.0630259214721470.092100
2.4-2.530.9980.0831.7528599205520550.083100
2.53-2.690.9980.06935.526780193219320.071100
2.69-2.870.9990.06239.1224853182818280.064100
2.87-3.10.9990.05641.9723022172717270.058100
3.1-3.40.9990.0546.3220591157615760.052100
3.4-3.80.9990.04748.5618636144114410.049100
3.8-4.390.9990.04250.9816568129512950.043100
4.39-5.380.9990.04152.7314314110211020.042100
5.38-7.610.03651.79115128758740.03799.9
7.60.9990.03149.3458355325270.03299.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.29 Å47.43 Å
Translation6.29 Å47.43 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALE2.5.7データスケーリング
PHENIX(phenix.refine: dev_1810)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→34.75 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1954 1986 5.01 %
Rwork0.17 37670 -
obs0.1712 39656 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 71.21 Å2 / Biso mean: 23.0471 Å2 / Biso min: 8.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→34.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2319 0 47 358 2724
Biso mean--26.7 37.11 -
残基数----312
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092446
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1063341
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05390
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006430
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.93846
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.7001-1.74260.21491220.208226642786
1.7426-1.78970.23141370.190926222759
1.7897-1.84240.221390.181926602799
1.8424-1.90190.19711520.181826402792
1.9019-1.96980.21641430.182626592802
1.9698-2.04870.21711450.183226502795
2.0487-2.14190.18411610.171226492810
2.1419-2.25480.19331310.167726762807
2.2548-2.39610.20241310.175526802811
2.3961-2.5810.20781440.179926862830
2.581-2.84060.19351590.178326772836
2.8406-3.25140.18381390.167527402879
3.2514-4.09540.19811380.15727612899
4.0954-34.75750.17491450.154529063051
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.4636 Å / Origin y: 53.6177 Å / Origin z: 27.9995 Å
111213212223313233
T0.1172 Å20.0196 Å20.0066 Å2-0.1043 Å20.0205 Å2--0.0945 Å2
L1.604 °20.5383 °20.2513 °2-1.0252 °20.3809 °2--0.8697 °2
S0.0215 Å °0.0579 Å °0.0134 Å °-0.0591 Å °-0.0238 Å °-0.038 Å °0.0074 Å °0.0048 Å °-0.0015 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA-5 - 309
2X-RAY DIFFRACTION1allS3 - 411
3X-RAY DIFFRACTION1allB1
4X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 2
5X-RAY DIFFRACTION1allD1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る