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万見
- PDB-1jgq: The Path of Messenger RNA Through the Ribosome. THIS FILE, 1JGQ, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jgq
タイトルThe Path of Messenger RNA Through the Ribosome. THIS FILE, 1JGQ, CONTAINS THE 30S RIBOSOME SUBUNIT, THREE TRNA, AND MRNA MOLECULES. 50S RIBOSOME SUBUNIT IS IN THE FILE 1GIY
要素
  • (30S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 20
  • (tRNA(Phe)) x 2
  • 30S 16S ribosomal RNA
  • MESSENGER RNA MF36
キーワードRIBOSOME / ribosome assembly / protein synthesis / life
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation ...ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type ...30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S2 signature 1. / KH domain / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / : / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S17 signature. / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S13 signature. / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S13 family profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein S4/S9 / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / S4 RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S11 signature. / S4 RNA-binding domain / S4 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS14 ...: / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS7 / 30S ribosomal protein Thx / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS19 / 30S ribosomal protein S14 type Z / 30S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 5 Å
データ登録者Yusupova, G.Z. / Yusupov, M.M. / Cate, J.H.D. / Noller, H.F.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2001
タイトル: The path of messenger RNA through the ribosome.
著者: Yusupova, G.Z. / Yusupov, M.M. / Cate, J.H. / Noller, H.F.
履歴
登録2001年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32018年2月14日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42022年12月21日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 30S 16S ribosomal RNA
B: tRNA(Phe)
C: tRNA(Phe)
D: tRNA(Phe)
1: MESSENGER RNA MF36
E: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2
F: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3
G: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4
H: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5
I: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6
J: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7
K: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8
L: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9
M: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10
N: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11
O: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12
P: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13
Q: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14
R: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15
S: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16
T: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17
U: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18
V: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19
W: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20
X: 30S RIBOSOMAL PROTEIN THX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)869,01325
ポリマ－869,01325
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)507.20, 507.20, 803.66
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number97
Cell settingtetragonal
Space group name H-MI422

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要素

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RNA鎖 , 4種, 5分子 ABCD1

#1: RNA鎖 30S 16S ribosomal RNA / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 493958.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: GenBank: 155076
#2: RNA鎖 tRNA(Phe)


分子量: 24890.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: sequence naturally occurs in Saccharomyces cerevisiae
参照: GenBank: 176479
#3: RNA鎖 tRNA(Phe)


分子量: 23728.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: sequence naturally occurs in Saccharomyces cerevisiae
#4: RNA鎖 MESSENGER RNA MF36


分子量: 11568.915 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: 36 nt long mRNA fragment. The actual sequence GGCAAGGAGGUAAAA AUG UUUAAACGUAAAUCUACU modeled as GGCAAGGAGGUAAAA UUU UUUAAACGUAAAUCUACU

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30S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 20種, 20分子 EFGHIJKLMNOPQRSTUVWX

#5: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 29317.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80371
#6: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 26751.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80372*PLUS
#7: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 24373.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80373
#8: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 17583.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHQ5
#9: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SLP8
#10: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 18050.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P17291
#11: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHQ2, UniProt: P0DOY9*PLUS
#12: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 14429.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80374
#13: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 11954.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHN7
#14: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 13737.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80376
#15: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 14920.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHN3
#16: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 14338.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80377
#17: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 7158.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHQ1, UniProt: P0DOY6*PLUS
#18: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 10578.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SJ76
#19: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 10808.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: GenBank: 12056104, UniProt: Q5SJH3*PLUS
#20: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 12324.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P0DOY7*PLUS
#21: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 10244.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: GenBank: 6739549, UniProt: Q5SLQ0*PLUS
#22: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 10605.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80381, UniProt: Q5SHP2*PLUS
#23: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 11722.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: GenBank: 11125386, UniProt: P80380*PLUS
#24: タンパク質・ペプチド 30S RIBOSOMAL PROTEIN THX / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 3218.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P32193, UniProt: Q5SIH3*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.4
詳細: 20 mM MgCl2, 100 mM KCl, 20 mM tris HCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MgCl211
2KCl11
3tris HCl11
4MgCl212
5KCl12
6tris HCl12
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, hanging, シッティングドロップ法
詳細: Cate, J.H., (1999) Science, 285, 2095.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mM1dropMgCl2
2100 mM1dropKCl
320 mMTris-HCl1drop
41
51
61

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 5→250 Å / Num. obs: 209044 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Rsym value: 0.094
反射
*PLUS
最低解像度: 250 Å / Rmerge(I) obs: 0.094

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CCP4モデル構築
Oモデル構築
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 5→250 Å / σ(I): 0
詳細: THE MODEL WAS BUILT BY MANUAL FITTING OF INDIVIDUAL MOLECULES INTO THE EXPERIMENTAL ELECTRON DENSITY USING THE GRAPHIC PROGRAM O.
反射数%反射
all209044 -
obs209044 95.3 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 5→250 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2396 6486 0 0 8882
精密化
*PLUS
σ(F): 0
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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