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- PDB-3k6s: Structure of integrin alphaXbeta2 ectodomain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k6s
タイトルStructure of integrin alphaXbeta2 ectodomain
要素
  • Integrin alpha-X
  • Integrin beta-2
キーワードCELL ADHESION / integrin / cell receptor / adhesion molecule / Pyrrolidone carboxylic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


integrin alphaX-beta2 complex / positive regulation of neutrophil degranulation / cellular extravasation / integrin alphaM-beta2 complex / integrin alphaL-beta2 complex / ICAM-3 receptor activity / positive regulation of endothelial tube morphogenesis / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / complement component C3b binding / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade ...integrin alphaX-beta2 complex / positive regulation of neutrophil degranulation / cellular extravasation / integrin alphaM-beta2 complex / integrin alphaL-beta2 complex / ICAM-3 receptor activity / positive regulation of endothelial tube morphogenesis / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / complement component C3b binding / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / leukocyte migration involved in inflammatory response / neutrophil migration / positive regulation of myelination / integrin complex / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / heterotypic cell-cell adhesion / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / leukocyte cell-cell adhesion / phagocytosis, engulfment / negative regulation of dopamine metabolic process / cell adhesion mediated by integrin / receptor clustering / endodermal cell differentiation / amyloid-beta clearance / tertiary granule membrane / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / ficolin-1-rich granule membrane / plasma membrane raft / positive regulation of protein targeting to membrane / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / endothelial cell migration / specific granule membrane / cell adhesion molecule binding / positive regulation of superoxide anion generation / heat shock protein binding / neutrophil chemotaxis / receptor-mediated endocytosis / secretory granule membrane / cell-matrix adhesion / animal organ morphogenesis / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / microglial cell activation / cell-cell adhesion / receptor tyrosine kinase binding / receptor internalization / integrin binding / positive regulation of angiogenesis / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / cell-cell signaling / extracellular vesicle / regulation of cell shape / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to virus / receptor complex / cell adhesion / positive regulation of cell migration / inflammatory response / external side of plasma membrane / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / cell surface / extracellular exosome / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tie2 ligand-binding domain fold / Tie2 ligand-binding domain superfamily / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 4 / Integrin beta-2 subunit / : / Integrin alpha-X-like, Ig-like domain 3 / Integrin domains. Chain A, domain 2 / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 3 / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 ...Tie2 ligand-binding domain fold / Tie2 ligand-binding domain superfamily / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 4 / Integrin beta-2 subunit / : / Integrin alpha-X-like, Ig-like domain 3 / Integrin domains. Chain A, domain 2 / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 3 / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / Integrin alpha, N-terminal / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / Integrin beta tail domain / Integrin EGF domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / Integrin domain superfamily / von Willebrand factor type A domain / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / Laminin / Laminin / VWFA domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / Beta Complex / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Ribbon / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / Integrin beta-2 / Integrin alpha-X
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Xie, C. / Zhu, J. / Chen, X. / Mi, L. / Nishida, N. / Springer, T.A.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2010
タイトル: Structure of an integrin with an alphaI domain, complement receptor type 4.
著者: Xie, C. / Zhu, J. / Chen, X. / Mi, L. / Nishida, N. / Springer, T.A.
履歴
登録2009年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年12月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id
改定 1.32018年6月20日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation / Item: _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Integrin alpha-X
B: Integrin beta-2
C: Integrin alpha-X
D: Integrin beta-2
E: Integrin alpha-X
F: Integrin beta-2
G: Integrin alpha-X
H: Integrin beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)796,00950
ポリマ－786,6058
非ポリマー9,40442
水543
1
A: Integrin alpha-X
B: Integrin beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,43914
ポリマ－196,6512
非ポリマー2,78812
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6920 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area83870 Å2
手法PISA
2
C: Integrin alpha-X
D: Integrin beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,74812
ポリマ－196,6512
非ポリマー2,09710
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6810 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area74020 Å2
手法PISA
3
E: Integrin alpha-X
F: Integrin beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,91012
ポリマ－196,6512
非ポリマー2,25910
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6350 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area75370 Å2
手法PISA
4
G: Integrin alpha-X
H: Integrin beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,91012
ポリマ－196,6512
非ポリマー2,25910
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6350 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area75460 Å2
手法PISA
5


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area42980 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area292170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.095, 163.561, 536.911
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
12
22
32
42
13
23
33
43
14
24
34
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17
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37
47
18
28
38
48
19
29
39
49
110
210
310
410
111
211
311
411
112
212
312
412
113
213
313
413
114
214
314
414

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 1:126 or resseq 330:595 or resseq 2005-2007)
211chain C and (resseq 1:126 or resseq 330:595 or resseq 2005-2007)
311chain E and (resseq 1:126 or resseq 330:595 or resseq 2005-2007)
411chain G and (resseq 1:126 or resseq 330:595 or resseq 2005-2007)
112chain A and (resseq 600:617 or resseq 627:723 or resseq 731:750 )
212chain C and (resseq 600:617 or resseq 627:723 or resseq 731:750 )
312chain E and (resseq 600:617 or resseq 627:723 or resseq 731:750 )
412chain G and (resseq 600:617 or resseq 627:723 or resseq 731:750 )
113chain A and (resseq 760:812 or resseq 827:902 )
213chain C and (resseq 760:812 or resseq 827:902 )
313chain E and (resseq 760:812 or resseq 827:902 )
413chain G and (resseq 760:812 or resseq 827:902 )
114chain A and (resseq 903:986 or resseq 995:1081 )
214chain C and (resseq 903:986 or resseq 995:1081 )
314chain E and (resseq 903:986 or resseq 995:1081 )
414chain G and (resseq 903:986 or resseq 995:1081 )
115chain B and (resseq 1:56 )
215chain D and (resseq 1:56 )
315chain F and (resseq 1:56 )
415chain H and (resseq 1:56 )
116chain B and (resseq 60:67 or resseq 73:99 or resseq 348:423 )
216chain D and (resseq 60:67 or resseq 73:99 or resseq 348:423 )
316chain F and (resseq 60:67 or resseq 73:99 or resseq 348:423 )
416chain H and (resseq 60:67 or resseq 73:99 or resseq 348:423 )
117chain B and (resseq 436:449 or resseq 456:461 )
217chain D and (resseq 436:449 or resseq 456:461 )
317chain F and (resseq 436:449 or resseq 456:461 )
417chain H and (resseq 436:449 or resseq 456:461 )
118chain B and (resseq 102:342 or resid 2002 )
218chain D and (resseq 102:342 or resid 2002 )
318chain F and (resseq 102:342 or resid 2002 )
418chain H and (resseq 102:342 or resid 2002 )
119chain B and (resseq 463:473 )
219chain D and (resseq 463:473 )
319chain F and (resseq 463:473 )
419chain H and (resseq 463:473 )
1110chain B and (resseq 475:512 )
2110chain D and (resseq 475:512 )
3110chain F and (resseq 475:512 )
4110chain H and (resseq 475:512 )
1111chain B and (resseq 516:550 )
2111chain D and (resseq 516:550 )
3111chain F and (resseq 516:550 )
4111chain H and (resseq 516:550 )
1112chain B and (resseq 555:592 )
2112chain D and (resseq 555:592 )
3112chain F and (resseq 555:592 )
4112chain H and (resseq 555:592 )
1113chain B and (resseq 593:597 )
2113chain D and (resseq 593:597 )
3113chain F and (resseq 593:597 )
4113chain H and (resseq 593:597 )
1114chain B and (resseq 600:673 )
2114chain D and (resseq 600:673 )
3114chain F and (resseq 600:673 )
4114chain H and (resseq 600:673 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
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8
9
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11
12
13
14

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要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
Integrin alpha-X / Leukocyte adhesion glycoprotein p150 / 95 alpha chain / Leukocyte adhesion receptor p150 / 95 / Leu ...Leukocyte adhesion glycoprotein p150 / 95 alpha chain / Leukocyte adhesion receptor p150 / 95 / Leu M5 / CD11 antigen-like family member C


分子量: 120708.203 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 20-1103 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD11C, ITGAX / プラスミド: pcDNA3.1(-)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): CHO Lec 3.2.8.1 / 参照: UniProt: P20702
#2: タンパク質
Integrin beta-2 / Cell surface adhesion glycoproteins LFA-1/CR3/p150 / 95 subunit beta / Complement receptor C3 subunit beta


分子量: 75942.992 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 23-700 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD18, ITGB2, MFI7 / プラスミド: pEF1/puro
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): CHO Lec 3.2.8.1 / 参照: UniProt: P05107

-
糖 , 5種, 25分子

#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 20分子

#8: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#9: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.64 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5
詳細: 0.55M tri-sodium citrate, 0.1M imidazole, pH 6.5, EVAPORATION, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97926,0.97942,0.96419
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月1日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator and K-B pair of biomorph mirrors for vertical and horizontal focusing
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979261
20.979421
30.964191
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. all: 147271 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.53 % / Biso Wilson estimate: 80.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.161 / Rsym value: 0.161 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 3.5→3.61 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 1.371 / Mean I/σ(I) obs: 1.93 / Num. unique all: 19338 / Rsym value: 1.371 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.5→48.613 Å / SU ML: 0.8 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: MLHL / 詳細: MLHL refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3347 1536 1.04 %random
Rwork0.2971 ---
all0.2975 147271 --
obs0.2975 147271 99.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 150 Å2 / ksol: 0.397 e/Å3
Refine analyzeLuzzati sigma a free: 0.8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→48.613 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数49597 0 587 3 50187
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00399973
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.648179807
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.18925172
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0487755
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00415838
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A5796X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12C5796X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
13E5796X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
14G5796X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
21A2150X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22C2150X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.005
23E2150X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.004
24G2150X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.005
31A1941X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32C1941X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.005
33E1941X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.005
34G1941X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.004
41A2709X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42C2709X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
43E2709X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.023
44G2709X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.005
51B826X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
52D826X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.004
53F826X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.002
54H826X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.003
61B1721X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
62D1721X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
63F1721X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
64H1721X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.009
71B283X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
72D283X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.015
73F283X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
74H283X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.004
81B3752X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
82D3752X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.009
83F3752X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.004
84H3752X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.005
91B157X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
92D157X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.056
93F157X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.055
94H157X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.053
101B536X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
102D536X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.011
103F536X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.004
104H536X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.004
111B479X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
112D479X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.004
113F479X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.004
114H479X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.003
121B568X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
122D568X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.004
123F568X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.004
124H568X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.003
131B55X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
132D55X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.01
133F55X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.036
134H55X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.02
141B1114X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
142D1114X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.003
143F1114X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.035
144H1114X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.035
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-3.61290.43811420.433513095X-RAY DIFFRACTION100
3.6129-3.7420.37781330.374813108X-RAY DIFFRACTION100
3.742-3.89180.37011300.342313180X-RAY DIFFRACTION100
3.8918-4.06880.40381320.317313059X-RAY DIFFRACTION100
4.0688-4.28320.31821410.29513193X-RAY DIFFRACTION100
4.2832-4.55140.30731540.245613148X-RAY DIFFRACTION100
4.5514-4.90250.27461510.217613184X-RAY DIFFRACTION100
4.9025-5.39530.26511350.217613232X-RAY DIFFRACTION100
5.3953-6.17470.31511280.240513319X-RAY DIFFRACTION100
6.1747-7.77430.33931550.260213433X-RAY DIFFRACTION100
7.7743-48.6180.26351350.26213784X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1refined0.0714-0.1659-0.28940.46220.28310.7779-0.20780.2931-0.0089-0.1683-0.665-0.1551-0.03790.1454-0.9279-1.9640.1416-1.3569-0.20990.2785-0.3532-49.278866.062416.3271
2-0.0656-0.036-0.19050.5144-0.00550.67180.03060.7177-0.5501-0.8706-0.35230.30710.9672-0.1025-0.69460.3277-0.1996-0.3078-1.5403-0.30130.0865
3-0.16230.0333-0.027-0.1512-0.03610.02740.0808-0.6332-0.09650.35020.239-0.27780.6922-0.66820.148-0.0024-0.6869-1.27571.3920.2505-0.3486
40.28320.0372-0.2789-0.16150.08270.196-0.3203-0.6454-0.1130.74150.06230.0920.14850.0485-0.4702-1.0917-0.32120.4590.6868-0.0399-1.0121
5-0.00570.1358-0.18172.0040.3451-0.06920.02290.42010.3701-0.9139-0.16060.5321-0.4764-0.125-0.70420.41050.0244-0.0749-0.05840.1571-0.1622
60.03630.0328-0.02090.0169-0.11990.06740.067-0.1705-0.4818-0.02980.14380.01910.32620.0769-0.0726-1.09880.1394-0.1111-1.05850.53820.075
71.16410.54530.15140.43250.23450.18220.1977-0.59830.1272-0.0627-0.0992-0.62060.1856-0.0711-0.4732-2.20390.2586-0.5688-0.4649-0.03140.1426
80.23970.2648-0.08530.3125-0.01480.0971-0.0643-0.0992-0.0311-0.0265-0.05920.696-0.1978-0.0303-1.0487-1.25090.159-0.02730.0073-0.0948-0.2341
90.20050.20030.113-0.03220.0958-0.0379-0.1104-0.13390.6112-0.0909-0.05460.2407-0.0999-0.2296-0.9612-1.7543-0.4470.4538-0.912-0.16350.0147
100.19750.2623-0.23630.0647-0.09690.151-0.0358-0.0675-0.431-0.2628-0.3592-0.05610.0050.0452-0.9803-1.8434-0.2344-0.3487-0.6160.2624-0.4084
110.46780.4826-0.13320.5037-0.19380.2641-0.2139-0.38170.27490.0002-0.0679-0.6201-0.19930.0244-0.2025-1.1893-0.2246-0.7033-1.14550.165-0.1037
120.9924-0.0626-0.55540.64620.56840.4475-0.1459-0.4983-0.23050.34190.40720.28370.40140.1304-0.1194-0.74710.1176-0.7185-0.60890.0655-0.5597
130.46890.08540.2594-0.00040.06280.22190.0767-0.07070.1317-0.1889-0.22540.0198-0.02560.2230.0411-1.5854-0.0056-0.0803-0.2672-0.5766-0.6162
14-0.03420.214-0.14490.2015-0.22650.0633-0.28080.223-0.1111-0.6479-0.035-0.35790.39850.1653-0.1783-0.617-0.70160.8837-1.39770.2512-0.7865
150.26270.045-0.01140.06390.01750.2761-0.001-0.8065-0.23440.0997-0.30820.0140.02650.2739-0.31450.3797-0.1030.01860.81260.3238-0.2217
160.1125-0.0401-0.1312-0.0330.0544-0.01110.1609-0.54150.32910.2075-0.0732-0.2293-0.20540.26640.33740.0003-0.3312-0.30051.0448-0.13820.0104
170.46010.21750.52620.32850.08540.7524-0.2039-0.2055-0.0074-0.2663-0.03410.3621-0.0201-0.3794-0.0664-0.2545-0.3511-0.6909-0.3619-0.5637-0.888
18-0.0034-0.01260.0135-0.00550.01010.00290.07570.01970.0205-0.0582-0.0883-0.00780.029-0.017701.85830.23080.1251.30090.31851.6865
190.00190.01270.01230.00780.00110.0113-0.0373-0.00180.176-0.05530.0495-0.0206-0.08680.0936-02.46590.1633-0.16241.8081-0.11262.31
20-0.0115-0.0070.00920.0030.0008-0.00130.1059-0.08640.177-0.0709-0.0073-0.0043-0.0963-0.0347-01.85760.3623-0.49951.726-0.33361.4236
210.00010.00060.0004-0.0012-0.01250.00470.11630.0045-0.0381-0.09630.02420.09350.0582-0.0109-01.891-0.0068-0.15841.6782-0.40141.7568
220.1518-0.0596-0.01240.07010.0237-0.0310.25630.2905-0.08010.1267-0.28310.02370.0836-0.0152-0.04461.770.50430.2604-0.09450.0121.1488
23-0.0137-0.00670.0094-0.0457-0.0232-0.0186-0.0326-0.0183-0.07120.19970.0723-0.06050.2065-0.0264-01.33120.5129-0.88621.78190.28912.1049
240.0443-0.0349-0.01560.3811-0.1465-0.0514-0.28990.06840.05580.37730.3221-0.0224-0.0701-0.256-0.02740.02190.35960.19731.8557-0.43610.8364
250.10420.0388-0.11150.0663-0.0439-0.00750.3927-0.0859-0.00790.0611-0.1102-0.2113-0.3572-0.09560.00231.77950.5573-0.55980.29570.01691.5224
260.0694-0.0457-0.00850.0059-0.00620.05250.01630.07920.01510.1301-0.02370.1045-0.08780.07720.01211.6370.00240.24190.24830.78711.1059
270.34350.7663-0.89610.34260.01070.25680.04060.06750.0380.1356-0.11530.16650.0942-0.17440.00370.97240.06990.1591.4419-0.05691.8354
28-0.029-0.08920.05220.15520.05910.0817-0.03640.02160.04490.0875-0.095-0.03290.03120.1504-0.0138-0.1050.187-0.6411.3774-0.25891.0652
29-0.00470.00770.00110.01360.00310.0047-0.07550.1296-0.01620.0225-0.0262-0.05820.0767-0.035401.71930.0217-0.36350.7791-0.46271.4428
30-0.0017-0.04910.03620.2020.10780.1960.0534-0.0970.1524-0.37530.1748-0.1755-0.02050.0040.22141.57440.62610.09190.2637-0.07090.0176
310.176-0.0952-0.06060.0385-0.00040.01590.2597-0.08570.0326-0.16320.2130.1179-0.37230.11330.01681.58130.0129-0.69411.41710.37460.7122
320.10230.0197-0.0734-0.00860.00180.04170.147-0.6278-0.01160.1327-0.0153-0.13350.20780.05310.00480.79020.1858-0.07921.8719-0.39470.1895
330.181-0.05310.028-0.0126-0.03420.0939-0.0901-0.0075-0.1384-0.20010.03820.11740.190.4876-0.0881.86740.4512-0.53740.47460.10250.4442
340.0137-0.01410.00650.02510.01710.0090.0844-0.0523-0.1411-0.0770.13280.00940.00280.03270.00051.5322-0.09760.0230.40460.26460.4067
350.0127-0.00120.0024-0.00640.0179-0.0115-0.0648-0.18180.09360.00020.091-0.04810.0632-0.077500.3141-0.132-0.10961.67180.16221.0396
36-0.0113-0.0067-0.0325-0.03130.0160.1078-0.0174-0.2082-0.0554-0.0320.11640.1366-0.1119-0.07150.0068-0.0607-0.2616-0.27251.4409-0.21820.4037
370.02410.02040.0796-0.0130.0028-0.00840.0766-0.02960.0353-0.22450.04590.03160.0161-0.1330.01481.3773-0.4526-0.2968-0.027-0.37460.7831
38-0.02680.0168-0.00610.0116-0.00510.03110.05750.0348-0.0403-0.00880.05570.03420.0557-0.02380.01951.2998-0.6596-0.17890.25410.18360.1617
390.01070.0032-0.0106-0.0057-0.00380.00460.14930.039-0.08630.10610.10050.0223-0.00910.093-00.6627-0.04420.30241.71810.14171.0342
400.05950.11020.0002-0.01830.02710.12930.1168-0.04330.02690.16580.0372-0.0980.0846-0.06050.1459-0.3112-0.4708-0.40751.2894-0.22240.0723
410.00240.0735-0.17430.04020.00140.2820.03110.09690.0850.07060.1801-0.0021-0.07780.05790.07020.8673-0.3583-0.1580.2662-0.18130.3978
420.0888-0.00760.0983-0.00960.02770.0287-0.10880.05950.1867-0.0603-0.1064-0.0447-0.05050.1315-0.01030.4840.18090.19170.09530.39450.6958
43-0.0022-0.0040.0034-0.00180.0051-0.00790.0672-0.00070.01630.07320.0512-0.08330.0678-0.024200.7878-0.08290.07060.88450.54471.0695
440.0033-0.0067-0.01230.00630.00140.0079-0.0983-0.01790.0150.0233-0.2088-0.02170.0410.0399-00.818-0.2704-0.03470.9243-0.56110.6998
45-0.0138-0.01240.02320.04670.04020.0102-0.16280.0748-0.0377-0.0741-0.09720.03280.0006-0.1003-0.0450.2674-0.1473-0.53810.3013-0.11070.685
460.042-0.0608-0.012-0.04710.01590.0240.154-0.07580.09060.07040.0565-0.0142-0.2656-0.24470.01570.93830.11040.26180.73220.16220.0564
470.00250.01050.018-0.0306-0.02720.01080.1070.1124-0.21990.09930.0497-0.2111-0.0466-0.1239-01.5677-0.4744-0.57051.85740.72420.9766
480.001-0.0097-0.0067-0.0319-0.00180.01970.0741-0.09130.12420.278-0.0401-0.01970.05770.0295-01.1319-0.3384-0.02561.3624-0.47280.8271
490.089-0.0029-0.0780.14630.00880.08210.1823-0.0133-0.06210.14530.0064-0.06110.08810.37560.06960.8109-0.0389-0.28460.5903-0.17570.0942
精密化 TLSグループSelection details: chain H and resseq 600-676

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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