+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xgc | |||||||||
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Title | Crystal structure of the eukaryotic origin recognition complex | |||||||||
Components | (Origin recognition complex subunit ...) x 7 | |||||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN / protein complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information alpha-heterochromatin / larval feeding behavior / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / CDC6 association with the ORC:origin complex / septin cytoskeleton / septin cytoskeleton organization / Activation of ATR in response to replication stress / Activation of the pre-replicative complex / eggshell chorion gene amplification / Orc1 removal from chromatin ...alpha-heterochromatin / larval feeding behavior / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / CDC6 association with the ORC:origin complex / septin cytoskeleton / septin cytoskeleton organization / Activation of ATR in response to replication stress / Activation of the pre-replicative complex / eggshell chorion gene amplification / Orc1 removal from chromatin / DNA amplification / origin recognition complex / positive regulation of border follicle cell migration / nuclear origin of replication recognition complex / olfactory learning / nuclear pre-replicative complex / DNA replication preinitiation complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / mitotic chromosome condensation / chromosome condensation / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / heterochromatin / ribonucleoprotein complex binding / nuclear pore / GTPase activator activity / mitotic spindle organization / learning / DNA-templated DNA replication / mitotic cell cycle / DNA replication / learning or memory / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / protein homodimerization activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / nucleus / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Drosophila melanogaster (fruit fly) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 3.5 Å | |||||||||
Authors | Bleichert, F. / Botchan, M.R. / Berger, J.M. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Nature / Year: 2015 Title: Crystal structure of the eukaryotic origin recognition complex. Authors: Bleichert, F. / Botchan, M.R. / Berger, J.M. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4xgc.cif.gz | 848.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4xgc.ent.gz | 719.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4xgc.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/4xgc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/4xgc | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | The depositor states that the biological assembly is hexameric, not heptameric. Orc2 was deposited as 2 different chains because the N-terminus could only be built as a discontinuous polyalanine model. However, both chains belong to the same polypeptide. |
-Components
-Origin recognition complex subunit ... , 7 types, 7 molecules BCEAGFD
#1: Protein | Mass: 40106.762 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: residues 266-618 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Drosophila melanogaster (fruit fly) / Gene: Orc2, CG3041 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: Q24168 |
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#2: Protein | Mass: 77650.078 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: residues 47-721 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Drosophila melanogaster (fruit fly) / Gene: lat, CG34315-RB, lat-RA, CG4088, Dmel_CG4088 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: Q7K2L1 |
#3: Protein | Mass: 52175.066 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Drosophila melanogaster (fruit fly) / Gene: Orc5, CG7833 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: Q24169 |
#4: Protein | Mass: 43910.801 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: residues 533-924 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Drosophila melanogaster (fruit fly) / Gene: Orc1, CG10667 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: O16810 |
#5: Protein/peptide | Mass: 3507.314 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Drosophila melanogaster (fruit fly) / Gene: Orc2, CG3041 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) |
#6: Protein | Mass: 8204.343 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: residues 187-257 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Drosophila melanogaster (fruit fly) / Gene: Orc6, CG1584 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: Q9Y1B2 |
#7: Protein | Mass: 52004.852 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Drosophila melanogaster (fruit fly) / Gene: Orc4, CG2917, Dmel_CG2917 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) References: UniProt: Q9W102, nucleoside-triphosphate phosphatase |
-Non-polymers , 2 types, 2 molecules
#8: Chemical | ChemComp-K / |
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#9: Chemical | ChemComp-CL / |
-Details
Sequence details | THE AUTHOR STATES THAT CHAIN G IS LIKELY PART OF THE N-TERMINUS OF CHAIN B. 61 N-TERMINAL RESIDUES ...THE AUTHOR STATES THAT CHAIN G IS LIKELY PART OF THE N-TERMINUS OF CHAIN B. 61 N-TERMINAL RESIDUES ARE MISSING (DISORDERED |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.37 Å3/Da / Density % sol: 71.84 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: PIPES (pH 7.5), magnesium chloride, ammonium acetate, PEG 20000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-B / Wavelength: 1.0332, 1.71083 | |||||||||
Detector | Type: MAR scanner 300 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jun 27, 2014 | |||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 3.5→48.8 Å / Num. obs: 61418 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 118.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.214 / Net I/σ(I): 7.7 | |||||||||
Reflection shell | Resolution: 3.5→3.59 Å / Redundancy: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 2.181 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD Starting model: SAD SOLUTION Resolution: 3.5→48.799 Å / SU ML: 0.45 / Cross valid method: THROUGHOUT / Phase error: 28.17
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 118.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.5→48.799 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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