PDB-2fsf: Escherichia coli SecA, the preprotein translocase dimeric ATPase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fsf

タイトル

Escherichia coli SecA, the preprotein translocase dimeric ATPase

要素

Preprotein translocase secA subunit

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / ATPase / DNA-RNA helicase / Protein translocation / SecA

機能・相同性

機能・相同性情報

preprotein binding / protein-exporting ATPase activity / cell envelope Sec protein transport complex / protein-secreting ATPase / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / protein import / protein targeting to membrane / protein secretion / protein targeting ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Papanikolau, Y. / Petratos, K. / Economou, A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structure of dimeric SecA, the Escherichia coli preprotein translocase motor.
著者: Papanikolau, Y. / Papadovasilaki, M. / Ravelli, R.B. / McCarthy, A.A. / Cusack, S. / Economou, A. / Petratos, K.

履歴

登録	2006年1月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fsf.cif.gz	302.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fsf.ent.gz	238.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fsf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2fsf_validation.pdf.gz	421.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2fsf_full_validation.pdf.gz	467.6 KB	表示
XML形式データ	2fsf_validation.xml.gz	33.2 KB	表示
CIF形式データ	2fsf_validation.cif.gz	51 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/2fsf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/2fsf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2fsgC 2fshC 2fsiC 1m6n 1nl3 1tf5 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2fsh-d 2fsi-d 2fsg-d 2b39-2 5jpn-d 4ft2-d 6kal-d 5n47-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Preprotein translocase secA subunit

B: Preprotein translocase secA subunit

194 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.030, 90.171, 163.049
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.48, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Preprotein translocase secA subunit 分子量: 97069.102 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 9-861 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: secA, azi, pea, prlD / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21/pLysS / 参照: UniProt: P10408
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.96 %

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ESRF	ID14-4	1	0.9393
シンクロトロン	ESRF	ID14-4	2	0.97955, 0.97939, 0.97550

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 4	1	CCD	2003年8月2日
ADSC QUANTUM 4	2	CCD	2004年6月11日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9393	1
2	0.97955	1
3	0.97939	1
4	0.9755	1

Reflection

Av σ(I) over netI: 6.4 / 数: 481724 / R_merge(I) obs: 0.096 / R_sym value: 0.096 / D res high: 1.918 Å / D res low: 161.218 Å / Num. obs: 149385 / % possible obs: 88.1 / 冗長度: 3.2 %

ID
1
2
3

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
6.01	59.95	5526	99.5	1	0.039	0.039	3.4
4.25	6.01	9896	99.8	1	0.045	0.045	3.4
3.47	4.25	12758	100	1	0.053	0.053	3.5
3	3.47	15076	100	1	0.082	0.082	3.6
2.69	3	17091	100	1	0.163	0.163	3.7
2.45	2.69	18789	100	1	0.309	0.309	3.7
2.27	2.45	20491	100	1	0.559	0.559	3.6
2.12	2.27	20158	92.1	1	0.801	0.801	2.9
2	2.12	16788	72.1	1	1.384	1.384	2.3
1.9	2	12812	52.3	1	3.669	3.669	2
6.01	59.95	5526	99.5	2	0.039	0.039	3.4
4.25	6.01	9896	99.8	2	0.045	0.045	3.4
3.47	4.25	12758	100	2	0.053	0.053	3.5
3	3.47	15076	100	2	0.082	0.082	3.6
2.69	3	17091	100	2	0.163	0.163	3.7
2.45	2.69	18789	100	2	0.309	0.309	3.7
2.27	2.45	20491	100	2	0.559	0.559	3.6
2.12	2.27	20158	92.1	2	0.801	0.801	2.9
2	2.12	16788	72.1	2	1.384	1.384	2.3
1.9	2	12812	52.3	2	3.669	3.669	2
6.01	59.95	5526	99.5	3	0.039	0.039	3.4
4.25	6.01	9896	99.8	3	0.045	0.045	3.4
3.47	4.25	12758	100	3	0.053	0.053	3.5
3	3.47	15076	100	3	0.082	0.082	3.6
2.69	3	17091	100	3	0.163	0.163	3.7
2.45	2.69	18789	100	3	0.309	0.309	3.7
2.27	2.45	20491	100	3	0.559	0.559	3.6
2.12	2.27	20158	92.1	3	0.801	0.801	2.9
2	2.12	16788	72.1	3	1.384	1.384	2.3
1.9	2	12812	52.3	3	3.669	3.669	2

反射

解像度: 2→20 Å / Num. all: 144187 / Num. obs: 140049 / % possible obs: 97.13 % / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 50.972 Å² / R_merge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 12.49

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2-2.1		2.3	0.352	2.3	32034	16916	86.7
2.1-2.2			0.247	3.1	28757	14955	92.5
2.2-2.3			0.185	3.9	23770	12458	92.5
2.3-2.4			0.139	4.8	20512	10673	94.5
2.4-2.5			0.11	5.7	17661	9176	95.3
2.5-2.7			0.08	7.2	27706	14477	95.8
2.7-3			0.057	11.2	31847	15432	97
3-4			0.046	24.8	89547	24199	98.1
4-5			0.034	33.3	33419	8768	98.6
5-6			0.036	32.7	14595	3829	98
	6		0.034	32.1	15064	4162	97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出
XDS		データ削減
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SHELXD		位相決定
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→19.98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 9.476 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.261	7010	5 %	RANDOM
R_work	0.213	-	-	-
all	0.215	144187	-	-
obs	-	140049	97.13 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.246 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→19.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11203	0	0	434	11637

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.029	0.022	11385
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	10525
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.21	1.967	15361
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.084	3	24450
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.287	5	1404
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.257	24.167	564
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.515	15	2102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.722	15	102
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.146	0.2	1709
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	12662
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2260
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.241	0.2	2866
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.217	0.2	11006
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	5445
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.096	0.2	6639
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.215	0.2	537
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.11	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.232	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.263	0.2	191
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.343	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.102	1.5	8899
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.377	1.5	2850
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.207	2	11280
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.626	3	4944
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.085	4.5	4081

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.31	491	-
R_work	0.282	9587	-
obs	-	10078	95.37 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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