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- PDB-5jpn: Structure of human complement C4 rebuilt using iMDFF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jpn
タイトルStructure of human complement C4 rebuilt using iMDFF
要素(Complement C4- ...) x 3
キーワードIMMUNE SYSTEM / complement / blood
機能・相同性
機能・相同性情報


complement component C1q complex binding / positive regulation of apoptotic cell clearance / Activation of C3 and C5 / complement activation / endopeptidase inhibitor activity / Initial triggering of complement / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) ...complement component C1q complex binding / positive regulation of apoptotic cell clearance / Activation of C3 and C5 / complement activation / endopeptidase inhibitor activity / Initial triggering of complement / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood microparticle / inflammatory response / axon / endoplasmic reticulum lumen / innate immune response / neuronal cell body / dendrite / synapse / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Complement C4, MG1 domain / Complement C4A/B CUB C-terminal domain / Jelly Rolls - #1540 / N-terminal domain of TfIIb - #160 / Anaphylotoxins (complement system) / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases - #20 / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases ...: / : / Complement C4, MG1 domain / Complement C4A/B CUB C-terminal domain / Jelly Rolls - #1540 / N-terminal domain of TfIIb - #160 / Anaphylotoxins (complement system) / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases - #20 / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases / Influenza Virus Matrix Protein; Chain A, domain 1 / Macroglobulin (MG2) domain / Immunoglobulin-like - #1940 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #120 / N-terminal domain of TfIIb / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Anaphylatoxin, complement system domain / : / Anaphylatoxin domain signature. / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG4 / Glycosyltransferase - #20 / Netrin domain / NTR domain profile. / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG3 / : / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Other non-globular / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Single Sheet / Special / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Jelly Rolls / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / TRIMETHYL LEAD ION / Complement C4-A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Croll, T.I. / Andersen, G.R.
資金援助 デンマーク, 2件
組織認可番号国
Aarhus University Research Foundation デンマーク
Danish Science Research Council for Nature and Universe デンマーク
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: Re-evaluation of low-resolution crystal structures via interactive molecular-dynamics flexible fitting (iMDFF): a case study in complement C4.
著者: Croll, T.I. / Andersen, G.R.
#1: ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2012
タイトル: Structural basis for activation of the complement system by component C4 cleavage.
著者: Kidmose, R.T. / Laursen, N.S. / Dobo, J. / Kjaer, T.R. / Sirotkina, S. / Yatime, L. / Sottrup-Jensen, L. / Thiel, S. / Gal, P. / Andersen, G.R.
履歴
登録2016年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
置き換え2016年8月10日ID: 4FXK
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月14日Group: Database references
改定 1.22018年9月19日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / Item: _diffrn_radiation_wavelength.wavelength
改定 1.32018年11月21日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell / Item: _reflns.pdbx_Rsym_value / _reflns_shell.d_res_high
改定 1.42019年1月23日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_data_processing_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement C4-A
B: Complement C4-A
C: Complement C4-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,08112
ポリマ－189,0183
非ポリマー4,0639
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21060 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area76330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.450, 103.310, 256.030
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Complement C4- ... , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Complement C4-A / Acidic complement C4 / C3 and PZP-like alpha-2-macroglobulin domain-containing protein 2


分子量: 71761.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0C0L4
#2: タンパク質 Complement C4-A / Acidic complement C4 / C3 and PZP-like alpha-2-macroglobulin domain-containing protein 2


分子量: 84270.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0C0L4
#3: タンパク質 Complement C4-A / Acidic complement C4 / C3 and PZP-like alpha-2-macroglobulin domain-containing protein 2


分子量: 32986.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0C0L4

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糖 , 4種, 5分子

#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖 ChemComp-A2G / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / N-acetyl-alpha-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-2-DEOXY-2-AMINO-GALACTOSE / α-GalNAc


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGalpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 1種, 4分子

#7: 化合物
ChemComp-PBM / TRIMETHYL LEAD ION / トリメチルプルンバンイリウム


分子量: 252.304 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9Pb

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 0.9 M sodium citrate pH 6.4, 0.25 M potassium chloride, 1% v/v ethanol, 3 % v/v acetonitrile, 6 % v/v ethylene glycol and 10 mM spermidine

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSOLEIL PROXIMA 110.97892
シンクロトロンESRF ID2920.97892
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2011年6月14日
PSI PILATUS 6M2PIXEL2011年7月14日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978921
21
反射解像度: 3.6→45.9 Å / Num. obs: 26960 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.61 % / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル最高解像度: 3.6 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2376精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化解像度: 3.6→45.896 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 28.12
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2629 1348 5 %Random selection
Rwork0.2147 ---
obs0.2172 26948 99.63 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 240.27 Å2 / Biso mean: 130.4851 Å2 / Biso min: 67.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.6→45.896 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12684 0 207 0 12891
Biso mean--190.43 --
残基数----1638
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00213192
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60517932
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0432047
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042312
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6847992
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.6-3.72860.36351330.289425222655100
3.7286-3.87780.3481320.274625162648100
3.8778-4.05420.35121330.255325302663100
4.0542-4.26780.24641330.232725152648100
4.2678-4.5350.24411340.201225452679100
4.535-4.88480.25671330.189525312664100
4.8848-5.37570.23531350.198525662701100
5.3757-6.1520.29581360.219425872723100
6.152-7.74480.28191370.22632590272799
7.7448-45.89980.21331420.1872698284098
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.7037-1.3155-0.02034.29120.06744.13580.1613-0.38560.21361.1646-0.29640.6672-0.6288-0.42980.17221.38070.080.15141.2845-0.08490.9403-60.2648-45.53362.2309
24.05751.9471-1.17874.1226-0.85925.0411-0.0142-0.13550.2270.3468-0.1346-0.1123-0.4516-0.15930.01310.96020.1175-0.00220.77270.0020.9299-43.4603-26.668133.7551
31.22751.1564-0.96192.4520.26231.81720.04080.017-0.54780.1359-0.1984-0.4959-0.3651.03440.04311.60050.15950.30552.2247-0.00112.308-7.3302-37.774727.5952
44.91982.0046-0.44441.39581.01832.525-0.32120.1763-0.3557-0.44150.0771-0.6890.77750.60620.36611.59440.33610.05881.51870.01741.7594-25.0698-63.612749.8141
56.37090.0367-0.00674.93211.95234.8480.0091-0.0236-0.67640.04890.17810.14050.85780.1374-0.11380.9570.0058-0.03420.7195-0.00850.9912-47.6974-63.142951.593
63.5491.8583-0.02383.761-0.97313.7843-0.03680.8395-0.2772-0.6099-0.0198-0.66510.38310.4932-0.03391.13670.18240.01131.0534-0.06551.0613-39.5203-39.476419.0792
73.4507-0.62260.9942.76891.77132.31250.5973-0.39851.28050.2534-0.2478-1.0068-0.93220.6392-0.26451.2363-0.07250.02661.07920.04271.253-44.0291-49.541361.3541
81.9306-0.0206-0.29652.29190.16570.90360.23750.16530.30530.6518-0.2015-1.1544-0.25691.4034-0.14941.3520.2443-0.17912.2996-0.18461.683-5.7575-6.748630.501
93.7338-0.0463-0.90983.7495-2.15173.4365-0.2792-0.093-0.5761-0.57510.18020.61370.7680.08370.02361.4083-0.04980.18161.1526-0.04151.1978-26.4675-24.1653-7.9646
100.26710.87340.45524.2951-0.78114.3610.2846-0.0504-1.0048-0.04620.6544-1.7103-0.08890.1609-0.88661.98630.0456-0.11351.88930.04622.2481-3.792-39.9952-12.0816
114.92750.454-1.09812.1519-0.55132.69010.10030.2279-0.1106-0.5601-0.04660.3327-0.4424-0.39930.05731.44790.0936-0.06481.1891-0.06021.1789-51.769910.74212.6049
121.19870.1081-0.22360.855-0.11261.7026-0.21-0.4620.3432-0.0334-0.00820.31410.1481-0.97370.15232.1763-0.0482-0.46462.0008-0.51043.8688-75.558711.06184.1782
136.933-0.71640.08213.06730.0312.56111.02050.6581.74090.24140.52980.7120.6868-1.45-1.64712.06810.00180.05052.54040.23242.4091-33.717526.7977-3.1846
142.3396-0.94390.60992.76110.17725.245-0.0888-0.00540.22740.1086-0.0110.0314-0.6035-0.1576-0.01440.92710.02540.06590.7953-0.0590.9017-45.87138.783731.8999
153.3912-0.573-4.04152.02622.1326.1658-0.1688-0.21120.25130.03340.2575-0.5401-0.06250.9909-0.09711.0131-0.097-0.01141.0178-0.03941.0235-18.8262-0.782911.837
163.19410.3168-1.73374.1032-1.70794.72040.01910.2682-0.26260.03350.06010.6274-0.1362-0.4954-0.13051.1318-0.02990.04661.1551-0.11241.1178-27.404911.9555-25.5789
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 20:137A20 - 137
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and (resid 138:238 or resid 701:703)) or (chain D and resid 2)A138 - 238
3X-RAY DIFFRACTION2(chain A and (resid 138:238 or resid 701:703)) or (chain D and resid 2)A701 - 703
4X-RAY DIFFRACTION3chain A and resid 239:364A239 - 364
5X-RAY DIFFRACTION4chain A and resid 365:468A365 - 468
6X-RAY DIFFRACTION5chain A and resid 469:568A469 - 568
7X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 569:631) or (chain B and resid 768:831) or (chain D and resid 3)A569 - 631
8X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 569:631) or (chain B and resid 768:831) or (chain D and resid 3)B768 - 831
9X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 569:631) or (chain B and resid 768:831) or (chain D and resid 3)D3
10X-RAY DIFFRACTION7chain A and resid 632:670A632 - 670
11X-RAY DIFFRACTION8chain B and resid 697:745B697 - 745
12X-RAY DIFFRACTION9chain B and (resid 832:934)B832 - 934
13X-RAY DIFFRACTION10chain B and resid 1801:1809B1801 - 1809
14X-RAY DIFFRACTION11(chain B and (resid 935:982 or resid 1321:1392)) or (chain D and resid 4)B935 - 982
15X-RAY DIFFRACTION11(chain B and (resid 935:982 or resid 1321:1392)) or (chain D and resid 4)B1321 - 1392
16X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 1810:1811)B1810 - 1811
17X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 1820:1824)B1820 - 1824
18X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 983:1320) or (chain B and resid 1830)B983 - 1320
19X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 983:1320) or (chain B and resid 1830)B1830
20X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 1393:1415) or (chain C and resid 1455:1581)B1393 - 1415
21X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 1393:1415) or (chain C and resid 1455:1581)C1455 - 1581
22X-RAY DIFFRACTION16(chain C and resid 1582:1744) or (chain D and resid 1)C1582 - 1744
23X-RAY DIFFRACTION16(chain C and resid 1582:1744) or (chain D and resid 1)D1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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