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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ofo | ||||||
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Title | Crystal structure of YntA from Yersinia pestis, unliganded form | ||||||
![]() | Extracytoplasmic Nickel-Binding Protein YpYntA | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Nickel import / Periplasmic / ABC-type importer / extracytoplasmic nickel-binding protein | ||||||
Function / homology | ![]() peptide transmembrane transporter activity / peptide transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lebrette, H. / Cavazza, C. | ||||||
![]() | ![]() Title: Promiscuous nickel import in human pathogens: structure, thermodynamics, and evolution of extracytoplasmic nickel-binding proteins. Authors: Lebrette, H. / Brochier-Armanet, C. / Zambelli, B. / de Reuse, H. / Borezee-Durant, E. / Ciurli, S. / Cavazza, C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 770.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 649 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4oerC ![]() 4oesC ![]() 4oetC ![]() 4oeuC ![]() 4oevC ![]() 4oflC ![]() 3ry3S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 55003.547 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-NI / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.48 Å3/Da / Density % sol: 50.46 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 17 % PEG 6K, 50 mM HEPES pH 7.5 + NiCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
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Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 21, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3→47.932 Å / Num. all: 44590 / Num. obs: 44529 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.2 % / Rsym value: 0.126 / Net I/σ(I): 12.61 |
Reflection shell | Resolution: 3→3.1 Å / Redundancy: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.68 / Rsym value: 0.723 / % possible all: 99.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 3RY3 Resolution: 3→47.932 Å / σ(F): 1.36 / Phase error: 23.14 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3→47.932 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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