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- PDB-4v42: Crystal structure of the ribosome at 5.5 A resolution. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v42
タイトルCrystal structure of the ribosome at 5.5 A resolution.
要素
  • (30S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 20
  • (50S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 21
  • (TRNA(PHE)) x 2
  • 30S 16S RIBOSOMAL RNA
  • 50S 23S RIBOSOMAL RNA
  • 50S 5S RIBOSOMAL RNA
  • A- AND P-SITE MESSENGER RNA CODONS
キーワードRIBOSOME / ribosome assembly / protein synthesis / life
機能・相同性
機能・相同性情報


response to radiation / regulation of translation / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit ...response to radiation / regulation of translation / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L3, archaeal / Ribosomal protein L4, archaea / Ribosomal protein L5, archaeal / : / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation domain superfamily / Ribosomal protein L7/L12 dimerisation domain / Ribosomal protein L7/L12 / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal / Ribosomal protein L7/L12 C-terminal domain ...Ribosomal protein L3, archaeal / Ribosomal protein L4, archaea / Ribosomal protein L5, archaeal / : / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation domain superfamily / Ribosomal protein L7/L12 dimerisation domain / Ribosomal protein L7/L12 / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal / Ribosomal protein L7/L12 C-terminal domain / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal/adaptor protein ClpS-like / Ribosomal protein L1, bacterial-type / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L23 / metallochaperone-like domain / Ribosomal protein S14, type Z / TRASH domain / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal / Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 / Ribosomal protein L4/L1e, eukaryotic/archaeal, conserved site / Ribosomal protein L1e signature. / Ribosomal protein L24e-related / Ribosomal protein L24e/L24 superfamily / Ribosomal protein L24e / Ribosomal protein L4, eukaryotic and archaeal type / Ribosomal protein L3, domain 3, archaeal type superfamily / Ribosomal protein L3, archaeal/eukaryotic type / Ribosomal protein L26/L24, eukaryotic/archaeal / Ribosomal proteins L26 eukaryotic, L24P archaeal / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / : / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein S14/S29 / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) ...: / : / : / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 50S ribosomal protein L10e / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein bL9 / 50S ribosomal protein L25 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL12 / 30S ribosomal protein Thx / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / 30S ribosomal protein S14 type Z / 30S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 5.5 Å
データ登録者Yusupov, M.M. / Yusupova, G.Z. / Baucom, A. / Lieberman, K. / Earnest, T.N. / Cate, J.H.D. / Noller, H.F.
引用ジャーナル: Science / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of the ribosome at 5.5 A resolution
著者: Yusupov, M.M. / Yusupova, G.Z. / Baucom, A. / Lieberman, K. / Earnest, T.N. / Cate, J.H.D. / Noller, H.F.
履歴
登録2001年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 1GIX, 1GIY
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22022年12月21日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
AA: 30S 16S RIBOSOMAL RNA
AB: TRNA(PHE)
AC: TRNA(PHE)
AD: TRNA(PHE)
A1: A- AND P-SITE MESSENGER RNA CODONS
AE: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2
AF: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3
AG: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4
AH: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5
AI: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6
AJ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7
AK: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8
AL: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9
AM: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10
AN: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11
AO: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12
AP: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13
AQ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14
AR: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15
AS: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16
AT: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17
AU: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18
AV: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19
AW: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20
AX: 30S RIBOSOMAL PROTEIN THX
BA: 50S 23S RIBOSOMAL RNA
BB: 50S 5S RIBOSOMAL RNA
BC: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L1
BD: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L2
BE: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L3
BF: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L4
BG: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L5
BH: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L6
BI: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7/L12
BJ: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7/L12
BK: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L9
BL: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L11
BM: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L13
BN: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L14
BO: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L15
BP: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L16
BQ: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L18
BR: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L19
BS: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L22
BT: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L23
BU: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24
BV: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L25
BW: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L29
BX: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L30


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,203,91549
ポリマ－2,203,91549
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)507.20, 507.20, 803.66
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number97
Cell settingtetragonal
Space group name H-MI422

-
要素

-
RNA鎖 , 6種, 7分子 AAABACADA1BABB

#1: RNA鎖 30S 16S RIBOSOMAL RNA / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 493958.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: GenBank: 155076
#2: RNA鎖 TRNA(PHE)


分子量: 24890.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: sequence naturally occurs in Saccharomyces cerevisiae
参照: GenBank: 176479
#3: RNA鎖 TRNA(PHE)


分子量: 23728.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: sequence naturally occurs in Saccharomyces cerevisiae
#4: RNA鎖 A- AND P-SITE MESSENGER RNA CODONS


分子量: 1792.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 6 NT LONG MRNA FRAGMENT
#25: RNA鎖 50S 23S RIBOSOMAL RNA / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 948280.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: EMBL: 48268
#26: RNA鎖 50S 5S RIBOSOMAL RNA / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 39846.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: GenBank: 176261

-
30S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 20種, 20分子 AEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAPAQARASATAUAVAWAX

#5: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 29317.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80371
#6: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 26751.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P62663, UniProt: P80372*PLUS
#7: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 24373.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80373
#8: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 17583.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHQ5
#9: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SLP8
#10: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 18050.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P17291
#11: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHQ2, UniProt: P0DOY9*PLUS
#12: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 14429.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80374
#13: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 11954.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHN7
#14: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 13737.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80376
#15: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 14920.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHN3
#16: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 14338.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80377
#17: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 7158.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHQ1, UniProt: P0DOY6*PLUS
#18: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 10578.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SJ76
#19: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 10808.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: GenBank: 12056104, UniProt: Q5SJH3*PLUS
#20: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 12324.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P0DOY7*PLUS
#21: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 10244.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: GenBank: 6739549, UniProt: Q5SLQ0*PLUS
#22: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 10605.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80381, UniProt: Q5SHP2*PLUS
#23: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 11722.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: GenBank: 11125386, UniProt: P80380*PLUS
#24: タンパク質・ペプチド 30S RIBOSOMAL PROTEIN THX / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 3218.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P32193, UniProt: Q5SIH3*PLUS

+
50S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 21種, 22分子 BCBDBEBFBGBHBIBJBKBLBMBNBOBPBQBRBSBTBUBVBWBX

#27: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L1 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 24736.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P27150, UniProt: Q5SLP7*PLUS
#28: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L2 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 19283.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P04257, UniProt: P20276
#29: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L3 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 37412.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P20279
#30: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L4 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 26443.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P12735
#31: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L5 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 19420.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P14124
#32: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L6 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 19202.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P02391
#33: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7/L12 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 13475.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P29396
#34: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L9 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 16341.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P02417
#35: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L11 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 15111.923 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P29395
#36: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L13 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 16249.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P29198
#37: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L14 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 13369.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P04450
#38: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L15 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 17874.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P12737
#39: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L16 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 15313.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A0X1KGB2*PLUS
#40: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L18 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 20509.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P14123
#41: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L19 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 7233.720 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P14116
#42: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L22 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 12808.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P48286, UniProt: Q5SHP3*PLUS
#43: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L23 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 9481.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P12732
#44: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 13539.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P10972
#45: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L25 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P02426, UniProt: P68919*PLUS
#46: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L29 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 7758.667 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P10971
#47: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L30 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 6799.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P74909, UniProt: Q5SHQ6*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.02 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 5→250 Å / Num. all: 209044 / Num. obs: 209044 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Rsym value: 0.094
反射 シェル解像度: 5.5→5.7 Å / % possible obs: 95 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.308 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.308 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4モデル構築
Oモデル構築
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 5.5→250 Å / σ(I): 0
詳細: THE MODEL WAS BUILT BY MANUAL FITTING OF INDIVIDUAL MOLECULES INTO THE EXPERIMENTAL ELECTRON DENSITY USING THE GRAPHIC PROGRAM O.
反射数%反射
all209044 -
obs209044 95.3 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 5.5→250 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2396 6513 0 0 8909

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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