+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4v42 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the ribosome at 5.5 A resolution. | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | RIBOSOME / ribosome assembly / protein synthesis / life | |||||||||
機能・相同性 | ![]() response to radiation / regulation of translation / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit ...response to radiation / regulation of translation / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Yusupov, M.M. / Yusupova, G.Z. / Baucom, A. / Lieberman, K. / Earnest, T.N. / Cate, J.H.D. / Noller, H.F. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the ribosome at 5.5 A resolution 著者: Yusupov, M.M. / Yusupova, G.Z. / Baucom, A. / Lieberman, K. / Earnest, T.N. / Cate, J.H.D. / Noller, H.F. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 475.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 593.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 653.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 107.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-RNA鎖 , 6種, 7分子 AAABACADA1BABB
#1: RNA鎖 | 分子量: 493958.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: RNA鎖 | 分子量: 24890.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: sequence naturally occurs in Saccharomyces cerevisiae 参照: GenBank: 176479 #3: RNA鎖 | | 分子量: 23728.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: sequence naturally occurs in Saccharomyces cerevisiae #4: RNA鎖 | | 分子量: 1792.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 6 NT LONG MRNA FRAGMENT #25: RNA鎖 | | 分子量: 948280.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #26: RNA鎖 | | 分子量: 39846.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-30S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 20種, 20分子 AEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAPAQARASATAUAVAWAX
#5: タンパク質 | 分子量: 29317.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|---|
#6: タンパク質 | 分子量: 26751.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 24373.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#8: タンパク質 | 分子量: 17583.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#10: タンパク質 | 分子量: 18050.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#11: タンパク質 | 分子量: 15868.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#12: タンパク質 | 分子量: 14429.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#13: タンパク質 | 分子量: 11954.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#14: タンパク質 | 分子量: 13737.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#15: タンパク質 | 分子量: 14920.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#16: タンパク質 | 分子量: 14338.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#17: タンパク質 | 分子量: 7158.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#18: タンパク質 | 分子量: 10578.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#19: タンパク質 | 分子量: 10808.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#20: タンパク質 | 分子量: 12324.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#21: タンパク質 | 分子量: 10244.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#22: タンパク質 | 分子量: 10605.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#23: タンパク質 | 分子量: 11722.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#24: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3218.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
+50S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 21種, 22分子 BCBDBEBFBGBHBIBJBKBLBMBNBOBPBQBRBSBTBUBVBWBX
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.02 % |
---|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 5→250 Å / Num. all: 209044 / Num. obs: 209044 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Rsym value: 0.094 |
反射 シェル | 解像度: 5.5→5.7 Å / % possible obs: 95 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.308 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.308 / % possible all: 95 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: THE MODEL WAS BUILT BY MANUAL FITTING OF INDIVIDUAL MOLECULES INTO THE EXPERIMENTAL ELECTRON DENSITY USING THE GRAPHIC PROGRAM O.
| ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 5.5→250 Å
|