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- PDB-3zqj: Mycobacterium tuberculosis UvrA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zqj
タイトルMycobacterium tuberculosis UvrA
要素UVRABC SYSTEM PROTEIN A
キーワードDNA BINDING PROTEIN / NUCLEOTIDE EXCISION REPAIR
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of strand invasion / excinuclease ABC activity / excinuclease repair complex / SOS response / peptidoglycan-based cell wall / nucleotide-excision repair / DNA damage response / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding ...negative regulation of strand invasion / excinuclease ABC activity / excinuclease repair complex / SOS response / peptidoglycan-based cell wall / nucleotide-excision repair / DNA damage response / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
ABC transporter ATPase domain-like / ABC transporter ATPase like fold / ABC transporter ATPase like domain / UvrA, interaction domain / UvrA interaction domain / UvrABC system subunit A / UvrA DNA-binding domain / UvrA DNA-binding domain / Ribosomal protein L1/L10, rRNA-binding domain / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase ...ABC transporter ATPase domain-like / ABC transporter ATPase like fold / ABC transporter ATPase like domain / UvrA, interaction domain / UvrA interaction domain / UvrABC system subunit A / UvrA DNA-binding domain / UvrA DNA-binding domain / Ribosomal protein L1/L10, rRNA-binding domain / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
UvrABC system protein A / UvrABC system protein A
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Rossi, F. / Khanduja, J.S. / Bortoluzzi, A. / Houghton, J. / Sander, P. / Guthlein, C. / Davis, E.O. / Springer, B. / Bottger, E.C. / Relini, A. ...Rossi, F. / Khanduja, J.S. / Bortoluzzi, A. / Houghton, J. / Sander, P. / Guthlein, C. / Davis, E.O. / Springer, B. / Bottger, E.C. / Relini, A. / Penco, A. / Muniyappa, K. / Rizzi, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: The Biological and Structural Characterization of Mycobacterium Tuberculosis Uvra Provides Novel Insights Into its Mechanism of Action
著者: Rossi, F. / Khanduja, J.S. / Bortoluzzi, A. / Houghton, J. / Sander, P. / Guthlein, C. / Davis, E.O. / Springer, B. / Bottger, E.C. / Relini, A. / Penco, A. / Muniyappa, K. / Rizzi, M.
履歴
登録2011年6月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2011年6月22日ID: 2YGR
改定 1.02011年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月14日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UVRABC SYSTEM PROTEIN A
B: UVRABC SYSTEM PROTEIN A
C: UVRABC SYSTEM PROTEIN A
D: UVRABC SYSTEM PROTEIN A
E: UVRABC SYSTEM PROTEIN A
F: UVRABC SYSTEM PROTEIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)653,75420
ポリマ－652,8386
非ポリマー91614
水00
1
A: UVRABC SYSTEM PROTEIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,0034
ポリマ－108,8061
非ポリマー1963
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: UVRABC SYSTEM PROTEIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,0034
ポリマ－108,8061
非ポリマー1963
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: UVRABC SYSTEM PROTEIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,0034
ポリマ－108,8061
非ポリマー1963
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: UVRABC SYSTEM PROTEIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,0034
ポリマ－108,8061
非ポリマー1963
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: UVRABC SYSTEM PROTEIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,9373
ポリマ－108,8061
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: UVRABC SYSTEM PROTEIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,8061
ポリマ－108,8061
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)258.227, 258.227, 204.554
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
12A
22B
32C
42D
52E

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A1 - 114
2111B1 - 114
3111C1 - 114
4111D1 - 114
5111E1 - 114
1121A463 - 999
2121B463 - 999
3121C463 - 999
4121D463 - 999
5121E463 - 999

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
UVRABC SYSTEM PROTEIN A / UVRA PROTEIN / EXCINUCLEASE ABC SUBUNIT A


分子量: 108806.398 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P63380, UniProt: P9WQK7*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 1.5 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M HEPES PH 7.5, 1 MM YTTRIUM CHLORIDE.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.976
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→30 Å / Num. obs: 106710 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 3.4→3.58 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0044精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2R6F

2r6f


解像度: 3.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.879 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.801 / SU B: 33.705 / SU ML: 0.523 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.682 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.DISORDERED REGIONS WERE OMITTED FROM THE MODEL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32422 1058 1 %RANDOM
Rwork0.27286 ---
obs0.27336 105162 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 63.328 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.17 Å21.09 Å20 Å2
2--2.17 Å20 Å2
3----3.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数39984 0 14 0 39998
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02240672
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7611.97555102
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.18555169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.19623.0361841
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24156875
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.59215422
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.26287
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02130878
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7911.525719
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.552241392
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.954314953
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6144.513710
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A885tight positional0.050.05
12B885tight positional0.050.05
13C885tight positional0.060.05
14D885tight positional0.050.05
15E885tight positional0.060.05
21A3737tight positional0.050.05
22B3737tight positional0.050.05
23C3737tight positional0.050.05
24D3737tight positional0.050.05
25E3737tight positional0.050.05
11A885tight thermal0.070.5
12B885tight thermal0.070.5
13C885tight thermal0.080.5
14D885tight thermal0.080.5
15E885tight thermal0.080.5
21A3737tight thermal0.070.5
22B3737tight thermal0.070.5
23C3737tight thermal0.070.5
24D3737tight thermal0.080.5
25E3737tight thermal0.070.5
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.487 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.415 74 -
Rwork0.345 7731 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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