PDB-2xid: Pilus-presented adhesin, Spy0125 (Cpa), P212121 form (DLS)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xid

タイトル

Pilus-presented adhesin, Spy0125 (Cpa), P212121 form (DLS)

要素

ANCILLARY PROTEIN 1

キーワード

CELL ADHESION / GRAM POSITIVE PILUS / ADHESIN / INTRAMOLECULAR ISOPEPTIDE BOND / INTERNAL THIOESTER

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

STREPTOCOCCUS PYOGENES (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Pointon, J.A. / Smith, W.D. / Saalbach, G. / Crow, A. / Kehoe, M.A. / Banfield, M.J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: A Highly Unusual Thioester Bond in a Pilus Adhesin Required for Efficient Host Cell Interaction
著者: Pointon, J.A. / Smith, W.D. / Saalbach, G. / Crow, A. / Kehoe, M.A. / Banfield, M.J.

履歴

登録	2010年6月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年8月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年10月30日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.5	2024年6月12日	Group: Advisory / Derived calculations カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.6	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xid.cif.gz	349.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xid.ent.gz	287.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xid.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/2xid ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/2xid	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xi9C 2xicSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6gnn-d 4bup-d 4bug-2 5wir-d 6luq-d 3bik-1 4fie-d 2wib-d 6oau-1 3f8t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ANCILLARY PROTEIN 1

B: ANCILLARY PROTEIN 1

103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ANCILLARY PROTEIN 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ANCILLARY PROTEIN 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.810, 117.500, 177.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B

NCSドメイン領域:

Refine code: 2

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	THR	THR	LEU	LEU	A	A	290 - 314	24 - 48
2	1	1	THR	THR	LEU	LEU	B	B	290 - 314	24 - 48
1	2	1	ALA	ALA	LEU	LEU	A	A	324 - 348	58 - 82
2	2	1	ALA	ALA	LEU	LEU	B	B	324 - 348	58 - 82
1	3	1	SER	SER	ALA	ALA	A	A	350 - 357	84 - 91
2	3	1	SER	SER	ALA	ALA	B	B	350 - 357	84 - 91
1	4	1	PRO	PRO	TYR	TYR	A	A	359 - 370	93 - 104
2	4	1	PRO	PRO	TYR	TYR	B	B	359 - 370	93 - 104
1	5	1	GLU	GLU	GLU	GLU	A	A	379 - 387	113 - 121
2	5	1	GLU	GLU	GLU	GLU	B	B	379 - 387	113 - 121
1	6	1	LEU	LEU	LYS	LYS	A	A	587 - 596	321 - 330
2	6	1	LEU	LEU	LYS	LYS	B	B	587 - 596	321 - 330
1	1	2	PRO	PRO	PHE	PHE	A	A	388 - 397	122 - 131
2	1	2	PRO	PRO	PHE	PHE	B	B	388 - 397	122 - 131
1	2	2	GLU	GLU	SER	SER	A	A	399 - 437	133 - 171
2	2	2	GLU	GLU	SER	SER	B	B	399 - 437	133 - 171
1	3	2	ASP	ASP	THR	THR	A	A	439 - 580	173 - 314
2	3	2	ASP	ASP	THR	THR	B	B	439 - 580	173 - 314
1	1	3	ASN	ASN	LEU	LEU	A	A	605 - 608	339 - 342
2	1	3	ASN	ASN	LEU	LEU	B	B	605 - 608	339 - 342
1	2	3	LYS	LYS	VAL	VAL	A	A	610 - 641	344 - 375
2	2	3	LYS	LYS	VAL	VAL	B	B	610 - 641	344 - 375
1	3	3	THR	THR	ILE	ILE	A	A	643 - 657	377 - 391
2	3	3	THR	THR	ILE	ILE	B	B	643 - 657	377 - 391
1	4	3	LEU	LEU	ALA	ALA	A	A	659 - 696	393 - 430
2	4	3	LEU	LEU	ALA	ALA	B	B	659 - 696	393 - 430
1	5	3	ALA	ALA	PRO	PRO	A	A	698 - 719	432 - 453
2	5	3	ALA	ALA	PRO	PRO	B	B	698 - 719	432 - 453

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	ANCILLARY PROTEIN 1 / SPY0125 / COLLAGEN BINDING PROTEIN / CPA 分子量: 51287.855 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 286-723 / 由来タイプ: 組換発現詳細: INTERNAL THIOESTER LINKAGE BETWEEN CYS426 AND GLN575. INTRAMOLECULAR ISOPEPTIDE BOND BETWEEN LYS297 AND ASP595. INTRAMOLECULAR ISOPEPTIDE BOND BETWEEN LYS610 AND ASN715. 由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PYOGENES (化膿レンサ球菌) 株: SF370 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8GRA2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.6 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.75 詳細: 38-40% PEG-4000, 200 MM SODIUM ACETATE, 100 MM TRISODIUM CITRATE PH 5.6-5.9; 34-36% PEG-5000MME, 100 MM AMMONIUM SULPHATE, 100 MM MES PH 6.0-6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月2日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→55 Å / Num. obs: 28853 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 16.7 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 18.6
反射シェル	解像度: 2.65→2.79 Å / 冗長度: 17.3 % / R_merge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 8.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XIC

2xic

解像度: 2.65→98.06 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.879 / SU B: 32.346 / SU ML: 0.297 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 3.921 / ESU R Free: 0.357 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.ATOM AND ANISO RECORDS BELOW CONTAIN THE SUM OF TLS AND RESIDUAL B/U FACTORS, AS OUPUT FROM REFMAC USING THE 'TLSO ADDU' OPTION. WATERS HAVE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.265	1446	5.1 %	RANDOM
R_work	0.227	-	-	-
obs	0.229	27150	99.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.84 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.45 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.68 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→98.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6711	0	0	23	6734

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	6856
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4605
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.421	1.966	9278
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.911	3	11328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.391	5	844
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.111	25.798	326
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.152	15	1225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.84	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	1040
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	7607
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1291
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.388	1.5	4209
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.098	1.5	1716
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.736	2	6823
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.237	3	2647
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.084	4.5	2453
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	524	tight positional	0.04	0.05
1	2	B	524	tight positional	0.04	0.05
2	1	A	1126	tight positional	0.05	0.05
2	2	B	1126	tight positional	0.05	0.05
3	1	A	656	tight positional	0.03	0.05
3	2	B	656	tight positional	0.03	0.05
1	1	A	644	medium positional	0.06	0.5
1	2	B	644	medium positional	0.06	0.5
2	1	A	1459	medium positional	0.05	0.5
2	2	B	1459	medium positional	0.05	0.5
3	1	A	789	medium positional	0.03	0.5
3	2	B	789	medium positional	0.03	0.5
1	1	A	524	tight thermal	0.08	0.5
1	2	B	524	tight thermal	0.08	0.5
2	1	A	1126	tight thermal	0.11	0.5
2	2	B	1126	tight thermal	0.11	0.5
3	1	A	656	tight thermal	0.05	0.5
3	2	B	656	tight thermal	0.05	0.5
1	1	A	644	medium thermal	0.09	2
1	2	B	644	medium thermal	0.09	2
2	1	A	1459	medium thermal	0.12	2
2	2	B	1459	medium thermal	0.12	2
3	1	A	789	medium thermal	0.05	2
3	2	B	789	medium thermal	0.05	2

LS精密化シェル

解像度: 2.65→2.72 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.422	112	-
R_work	0.348	1947	-
obs	-	-	97.86 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4424	0.39	1.0426	7.8729	1.1319	12.8365	-0.3132	0.1155	0.4056	-0.9129	0.0464	0.2448	-1.2688	-0.7455	0.2669	0.9971	0.1764	-0.0074	0.5	0.0825	0.3948	-12.7411	20.4279	20.3687
2	1.8408	-0.4226	-1.2897	2.3214	0.3105	7.4854	0.1537	0.081	0.1484	-0.3922	-0.0574	0.1325	0.5679	-0.8436	-0.0963	0.4553	-0.0776	-0.0005	0.2868	-0.0253	0.3101	-17.4754	13.7748	47.9184
3	10.6761	2.2595	-0.514	11.7356	1.2789	13.3901	-0.6586	0.6684	0.2052	-1.6098	0.2432	-1.6928	-1.4053	0.7356	0.4154	1.5972	-0.3828	0.386	0.4427	0.0814	0.6795	-42.5669	16.8353	2.289
4	2.5812	-0.9013	0.9389	6.9253	-2.4222	6.9246	-0.1564	-0.1258	-0.2678	0.4879	0.3604	0.6226	-0.2146	-0.5706	-0.204	0.1928	0.0562	0.0725	0.2915	0.0328	0.3726	-7.1352	-18.3806	26.5532
5	1.6955	0.5489	0.8169	3.3948	0.1019	6.2177	-0.0216	0.0514	-0.0039	-0.1429	0.0838	0.0627	-0.6073	-0.0822	-0.0622	0.069	0.0151	0.0059	0.1723	0.0167	0.2891	-8.8916	-13.985	-1.7667
6	8.8081	0.3703	-0.0324	3.6869	2.565	8.7493	-0.6013	-0.7086	-0.0418	0.5693	0.3229	-0.3757	-0.398	0.5917	0.2785	0.782	0.1244	-0.1876	0.4075	0.0207	0.4151	-39.4419	-10.2067	44.9559

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	290 - 387
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	586 - 597
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	388 - 585
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	605 - 719
5	X-RAY DIFFRACTION	4	B	287 - 387
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	586 - 604
7	X-RAY DIFFRACTION	5	B	388 - 585
8	X-RAY DIFFRACTION	6	B	605 - 719

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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