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- PDB-2wib: Crystal Structures of the N-terminal Intracellular Domain of FeoB... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wib
タイトルCrystal Structures of the N-terminal Intracellular Domain of FeoB from Klebsiella Pneumoniae in GDP binding state
要素FERROUS IRON TRANSPORT PROTEIN B
キーワードMETAL TRANSPORT / SIGNAL TRANSDUCTION / FERROUS IRON TRANSPORT / MEMBRANE PROTEIN / G PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ferrous iron transmembrane transporter activity / GTP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1770 / Ferrous iron transport protein B, C-terminal / Ferrous iron transport protein B C terminus / FeoB, cytosolic helical domain / FeoB cytosolic helical domain / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain / : / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. ...Helix Hairpins - #1770 / Ferrous iron transport protein B, C-terminal / Ferrous iron transport protein B C terminus / FeoB, cytosolic helical domain / FeoB cytosolic helical domain / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain / : / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Nucleoside transporter/FeoB GTPase, Gate domain / Nucleoside recognition / GTP binding domain / Helix Hairpins / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ferrous iron transport protein B
類似検索 - 構成要素
生物種KLEBSIELLA PNEUMONIAE (肺炎桿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Hung, K.-W. / Chang, Y.-W. / Chen, J.-H. / Chen, Y.-C. / Sun, Y.-J. / Hsiao, C.-D. / Huang, T.-H.
引用
ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural Fold, Conservation and Fe(II) Binding of the Intracellular Domain of Prokaryote Feob.
著者: Hung, K.-W. / Chang, Y.-W. / Eng, E.T. / Chen, J.-H. / Chen, Y.-C. / Sun, Y.-J. / Hsiao, C.-D. / Dong, G. / Spasov, K.A. / Unger, V.M. / Huang, T.-H.
#1: ジャーナル: Gene / 年: 2004
タイトル: Sequencing and Analysis of the Large Virulence Plasmid Plvpk of Klebsiella Pneumoniae Cg43.
著者: Chen, Y. / Chang, H. / Lai, Y. / Pan, C. / Tsai, S. / Peng, H.
履歴
登録2009年5月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FERROUS IRON TRANSPORT PROTEIN B
B: FERROUS IRON TRANSPORT PROTEIN B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1534
ポリマ－58,2662
非ポリマー8862
水2,108117
1
A: FERROUS IRON TRANSPORT PROTEIN B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5762
ポリマ－29,1331
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: FERROUS IRON TRANSPORT PROTEIN B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5762
ポリマ－29,1331
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.552, 184.688, 38.168
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 FERROUS IRON TRANSPORT PROTEIN B / FEOB


分子量: 29133.160 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL INTRACELLULAR DOMAIN, RESIDUES 1-267 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) KLEBSIELLA PNEUMONIAE (肺炎桿菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A6TF32
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE GENE AND PROTEIN SEQUENCE OF KLEBSIELLA PNEUMONIAE FEOB WERE PROVIDED BY DR. SHIH-FENG TASI. ...THE GENE AND PROTEIN SEQUENCE OF KLEBSIELLA PNEUMONIAE FEOB WERE PROVIDED BY DR. SHIH-FENG TASI. THE AMINO ACID SEQUENCE IS AFFIRMED AS ACCURATE. REFERENCE: SEQUENCING AND ANALYSIS OF THE LARGE VIRULENCE PLASMID PLVPK OF KLEBSIELLA PNEUMONIAE CG43,Y.-T.CHEN ET AL., GENE, VOLUME 337, 4 AUGUST 2004, PAGES 189-198.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.7 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 100 MM TRIS-HCL PH 8.5, 30% PEG8000, 150 MM (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.56→19.53 Å / Num. obs: 19651 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 35.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル解像度: 2.56→2.65 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
CrystalClearデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: STRUCTURE OF FEOB IN GMPPNP STATE

解像度: 2.56→19.53 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 60552.9 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: BULK SOLVENT MODEL USED SIDECHAINS OF RESIDUES K3, V36, I66, S67, S68, Q69, E74, Q75, E126, R131, R152, R154, E173, H176, L187, Q190, Q191, S193, R202, I213, Y214, R216, D221, D224, K225, ...詳細: BULK SOLVENT MODEL USED SIDECHAINS OF RESIDUES K3, V36, I66, S67, S68, Q69, E74, Q75, E126, R131, R152, R154, E173, H176, L187, Q190, Q191, S193, R202, I213, Y214, R216, D221, D224, K225, D227, I228, L230, L233, S234, E236, I237, D238, N261 OF CHAIN A, AND R29, N32, V36, T37, V38, E39, E42, T65, I66, L72, E74, Q75, I76, R100, R131, R152, R154, D171, E173, H176, R183, Q190, Q191, R202, I213, Y214, S215, R216, Y218, D221, D224, K225, L226, I228, L230, L233, S234, D235, E236, I237, D238, Y249, N261, T262 OF CHAIN B ARE DISORDERED. FULL RESIDUES OF T262 TO P267 IN CHAIN A AND S67 TO S71, L263 TO P267 IN CHAIN B ARE DISORDERED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 849 4.9 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.222 17295 82.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.7078 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 51.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.68 Å20 Å20 Å2
2---6.88 Å20 Å2
3---17.56 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.56→19.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3666 0 56 117 3839
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.034
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg3.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d4.37
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.221.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.12
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.682
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.432.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 2.56→2.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 101 4.5 %
Rwork0.238 2135 -
obs--65.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4GDP.PARGDP.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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