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- PDB-6gnn: Exoenzyme T from Pseudomonas aeruginosa in complex with human 14-... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 6gnn
タイトルExoenzyme T from Pseudomonas aeruginosa in complex with human 14-3-3 protein beta, tetrameric crystal form bound to STO1101
要素
  • 14-3-3 protein beta/alpha
  • Exoenzyme T
キーワードTOXIN / EXOT / PSEUDOMONAS AERUGINOSA / ADP-RIBOSYLATION / NAD
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated disruption of host focal adhesion / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / MTOR signalling / ARMS-mediated activation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / Rap1 signalling ...symbiont-mediated disruption of host focal adhesion / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / MTOR signalling / ARMS-mediated activation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / Rap1 signalling / Signaling by Hippo / vacuolar membrane / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of protein import into nucleus / Frs2-mediated activation / protein phosphatase inhibitor activity / protein kinase inhibitor activity / mTORC1-mediated signalling / Regulation of localization of FOXO transcription factors / Activation of BAD and translocation to mitochondria / phosphoserine residue binding / protein targeting / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / transcription repressor complex / nucleotidyltransferase activity / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / protein sequestering activity / GTPase activator activity / TP53 Regulates Metabolic Genes / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / phosphoprotein binding / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / histone deacetylase binding / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / intracellular protein localization / melanosome / toxin activity / cadherin binding / protein domain specific binding / focal adhesion / negative regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bacterial Rho GTPase-activating protein (GAP) domain profile. / Type III secretion system effector protein YopE-like / Virulence factor YopE, GAP domain / Virulence factor YopE, GAP domain superfamily / Yersinia virulence determinant (YopE) / : / ADP ribosyltransferase / ADP-ribosyltransferase exoenzyme / Toxin-related mono-ADP-ribosyltransferase (TR mART) core domain profile. / 14-3-3 domain ...Bacterial Rho GTPase-activating protein (GAP) domain profile. / Type III secretion system effector protein YopE-like / Virulence factor YopE, GAP domain / Virulence factor YopE, GAP domain superfamily / Yersinia virulence determinant (YopE) / : / ADP ribosyltransferase / ADP-ribosyltransferase exoenzyme / Toxin-related mono-ADP-ribosyltransferase (TR mART) core domain profile. / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F4W / 14-3-3 protein beta/alpha / Exoenzyme T
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.79 Å
データ登録者Karlberg, T. / Pinto, A.F. / Hornyak, P. / Thorsell, A.G. / Nareoja, K. / Schuler, H.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
SB12-0022 スウェーデン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: 14-3-3 proteins activate Pseudomonas exotoxins-S and -T by chaperoning a hydrophobic surface.
著者: Karlberg, T. / Hornyak, P. / Pinto, A.F. / Milanova, S. / Ebrahimi, M. / Lindberg, M. / Pullen, N. / Nordstrom, A. / Loverli, E. / Caraballo, R. / Wong, E.V. / Nareoja, K. / Thorsell, A.G. / ...著者: Karlberg, T. / Hornyak, P. / Pinto, A.F. / Milanova, S. / Ebrahimi, M. / Lindberg, M. / Pullen, N. / Nordstrom, A. / Loverli, E. / Caraballo, R. / Wong, E.V. / Nareoja, K. / Thorsell, A.G. / Elofsson, M. / De La Cruz, E.M. / Bjorkegren, C. / Schuler, H.
履歴
登録2018年5月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein beta/alpha
C: Exoenzyme T
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5553
ポリマ－55,2902
非ポリマー2641
水00
1
A: 14-3-3 protein beta/alpha
C: Exoenzyme T
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein beta/alpha
C: Exoenzyme T
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,1096
ポリマ－110,5804
非ポリマー5292
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_785-x+2,-y+3,z1
Buried area8130 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area39650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.378, 60.301, 81.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein beta/alpha / Protein 1054 / Protein kinase C inhibitor protein 1 / KCIP-1


分子量: 28565.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YWHAB / プラスミド: pET Duet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31946
#2: タンパク質 Exoenzyme T


分子量: 26724.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 / 遺伝子: exoT, PA0044 / プラスミド: pET Duet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I788
#3: 化合物 ChemComp-F4W / 3-(12-oxidanylidene-7-thia-9,11-diazatricyclo[6.4.0.0^{2,6}]dodeca-1(8),2(6),9-trien-10-yl)propanoic acid


分子量: 264.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H12N2O3S

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 12% PEG 6000, 0.1M Citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.79→57.7 Å / Num. obs: 6026 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.205 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.215 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 3.79→3.85 Å / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 2.298 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 351 / CC1/2: 0.515 / Rpim(I) all: 0.681 / Rrim(I) all: 2.399 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GN0

6gn0


解像度: 3.79→53.442 Å / SU ML: 0.67 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 44.79
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3849 313 5.29 %Random selection
Rwork0.2852 ---
obs0.2903 5915 98.47 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.79→53.442 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3304 0 18 0 3322
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033370
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5894537
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.782051
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036494
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003599
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.7895-4.7740.46971520.35732710X-RAY DIFFRACTION98
4.774-53.44720.33861610.25282892X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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