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- PDB-5hr7: X-ray crystal structure of C118A RlmN from Escherichia coli with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hr7
タイトルX-ray crystal structure of C118A RlmN from Escherichia coli with cross-linked in vitro transcribed tRNA
要素
  • Dual-specificity RNA methyltransferase RlmN
  • tRNA Glu
キーワードOXIDOREDUCTASE/RNA / protein-RNA complex / radical SAM enzyme / transfer RNA / iron-sulfur cluster / OXIDOREDUCTASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


23S rRNA (adenine2503-C2)-methyltransferase / tRNA (adenine(37)-C2)-methyltransferase activity / rRNA (adenine(2503)-C2-)-methyltransferase activity / tRNA methylation / rRNA base methylation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / tRNA binding / rRNA binding / response to antibiotic / metal ion binding ...23S rRNA (adenine2503-C2)-methyltransferase / tRNA (adenine(37)-C2)-methyltransferase activity / rRNA (adenine(2503)-C2-)-methyltransferase activity / tRNA methylation / rRNA base methylation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / tRNA binding / rRNA binding / response to antibiotic / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal RNA large subunit methyltransferase RlmN/Cfr / Dual-specificity RNA methyltransferase RlmN / Methyltransferase (Class A) / : / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase N-terminal domain / DNA polymerase; domain 1 - #530 / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / DNA polymerase; domain 1 ...Ribosomal RNA large subunit methyltransferase RlmN/Cfr / Dual-specificity RNA methyltransferase RlmN / Methyltransferase (Class A) / : / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase N-terminal domain / DNA polymerase; domain 1 - #530 / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / DNA polymerase; domain 1 / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-DEOXYADENOSINE / METHIONINE / IRON/SULFUR CLUSTER / : / RNA / RNA (> 10) / Dual-specificity RNA methyltransferase RlmN / Dual-specificity RNA methyltransferase RlmN
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Schwalm, E.L. / Grove, T.L. / Booker, S.J. / Boal, A.K.
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: Crystallographic capture of a radical S-adenosylmethionine enzyme in the act of modifying tRNA.
著者: Schwalm, E.L. / Grove, T.L. / Booker, S.J. / Boal, A.K.
履歴
登録2016年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月27日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: tRNA Glu
C: tRNA Glu
B: Dual-specificity RNA methyltransferase RlmN
A: Dual-specificity RNA methyltransferase RlmN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,23317
ポリマ－139,5594
非ポリマー1,67413
水1,69394
1
D: tRNA Glu
A: Dual-specificity RNA methyltransferase RlmN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6048
ポリマ－69,7792
非ポリマー8256
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4750 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area24230 Å2
手法PISA
2
C: tRNA Glu
B: Dual-specificity RNA methyltransferase RlmN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6299
ポリマ－69,7792
非ポリマー8497
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4890 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area24170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.717, 70.383, 151.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.110, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 4分子 DCBA

#1: RNA鎖 tRNA Glu


分子量: 24378.514 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: RNA was prepared by in vitro transcription with T7 RNA polymerase
由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 944398239
#2: タンパク質 Dual-specificity RNA methyltransferase RlmN / 23S rRNA (adenine(2503)-C(2))-methyltransferase / 23S rRNA m2A2503 methyltransferase / Ribosomal ...23S rRNA (adenine(2503)-C(2))-methyltransferase / 23S rRNA m2A2503 methyltransferase / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase N / tRNA (adenine(37)-C(2))-methyltransferase / tRNA m2A37 methyltransferase


分子量: 45400.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rlmN, EcE24377A_2801 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A7ZPW0, UniProt: P36979*PLUS, 23S rRNA (adenine2503-C2)-methyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 107分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 化合物 ChemComp-5AD / 5'-DEOXYADENOSINE / 5′-デオキシアデノシン


分子量: 251.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O3
#6: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.55 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: PEG 4000, sodium chloride, sodium cacodylate trihydrate, spermine

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 75380 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / CC1/2: 0.8 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 34.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.529 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RFA,2DER

3rfa

2der


解像度: 2.4→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 7.669 / SU ML: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.26 / ESU R Free: 0.212
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2475 3788 5 %RANDOM
Rwork0.2158 ---
obs0.2174 71560 99.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 141.32 Å2 / Biso mean: 62.237 Å2 / Biso min: 35.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å2-0.01 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5678 2972 77 94 8821
Biso mean--54.09 55.05 -
残基数----860
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0169186
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027100
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.011.70513104
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.612316470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9195722
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.60623.942274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.189151062
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.4671554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21456
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.028266
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022094
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9885.8622894
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9885.862893
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2998.7853614
LS精密化 シェル解像度: 2.397→2.459 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 284 -
Rwork0.331 5135 -
all-5419 -
obs--97.22 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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