+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3wfp | ||||||
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Title | tRNA processing enzyme (apo form 2) | ||||||
Components | Poly A polymerase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Terminal Nucleotide Transferase | ||||||
Function / homology | Function and homology information CTP:tRNA cytidylyltransferase activity / RNA 3'-end processing / tRNA processing / Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Nucleotidyltransferases / tRNA binding / nucleotide binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Aquifex aeolicus (bacteria) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 4.005 Å | ||||||
Authors | Yamashita, S. / Takeshita, D. / Tomita, K. | ||||||
Citation | Journal: Structure / Year: 2014 Title: Translocation and rotation of tRNA during template-independent RNA polymerization by tRNA nucleotidyltransferase Authors: Yamashita, S. / Takeshita, D. / Tomita, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3wfp.cif.gz | 1.4 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3wfp.ent.gz | 1.2 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3wfp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3wfp_validation.pdf.gz | 529.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3wfp_full_validation.pdf.gz | 600.2 KB | Display | |
Data in XML | 3wfp_validation.xml.gz | 116.5 KB | Display | |
Data in CIF | 3wfp_validation.cif.gz | 152 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/3wfp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/3wfp | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3wfoSC 3wfqC 3wfrC 3wfsC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
-Components
#1: Protein | Mass: 55828.664 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Aquifex aeolicus (strain VF5) (bacteria), (gene. exp.) synthetic construct (others) Strain: VF5 / Gene: pcnB2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: O67911, CCA tRNA nucleotidyltransferase #2: Chemical | ChemComp-SO4 / Sequence details | THE AUTHORS CRYSTALLIZED THE FRAGMENT PROTEIN, RESIDUES 16-512 FOR ALL CHAINS. THE AUTHORS KNOW THE ...THE AUTHORS CRYSTALLIZ | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.71 Å3/Da / Density % sol: 54.58 % |
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-Data collection
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-17A / Wavelength: 1 Å |
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Detector | Date: Jan 20, 2010 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 4→20 Å / Num. obs: 34980 / Biso Wilson estimate: 68.62 Å2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3WFO Resolution: 4.005→19.969 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7558 / SU ML: 0.74 / σ(F): 2.01 / Phase error: 31.62 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 317.23 Å2 / Biso mean: 142.6656 Å2 / Biso min: 45.77 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 4.005→19.969 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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