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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3wfs | ||||||
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Title | tRNA processing enzyme complex 3 | ||||||
![]() |
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![]() | Transferase/RNA / Terminal Nucleotide Transferase / Transferase-RNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() CTP:tRNA cytidylyltransferase activity / RNA 3'-end processing / tRNA processing / Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Nucleotidyltransferases / tRNA binding / nucleotide binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | synthetic construct (others)![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yamashita, S. / Takeshita, D. / Tomita, K. | ||||||
![]() | ![]() Title: Translocation and rotation of tRNA during template-independent RNA polymerization by tRNA nucleotidyltransferase Authors: Yamashita, S. / Takeshita, D. / Tomita, K. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 532.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 437.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 486.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 505.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 35 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 48.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3wfoSC ![]() 3wfpC ![]() 3wfqC ![]() 3wfrC ![]() 3l0uS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: RNA chain | Mass: 23850.168 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 56943.055 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others), (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: VF5 / Gene: pcnB2 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: O67911, CCA tRNA nucleotidyltransferase #3: Chemical | ChemComp-SO4 / Sequence details | THE AUTHORS CRYSTALLIZED THE ENTIRE PROTEIN, RESIDUES 1-512 FOR C, D CHAINS. THE AUTHORS KNOW THE ...THE AUTHORS CRYSTALLIZ | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.69 Å3/Da / Density % sol: 66.63 % |
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-Data collection
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
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Detector | Date: Nov 2, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.3→20 Å / Num. obs: 27238 / Biso Wilson estimate: 62.78 Å2 |
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Processing
Software | Name: PHENIX / Version: (phenix.refine: 1.8.2_1309) / Classification: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3WFO, 3L0U Resolution: 3.311→19.861 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8072 / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.99 / Phase error: 27.1 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 342.19 Å2 / Biso mean: 113.7954 Å2 / Biso min: 17.81 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.311→19.861 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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