+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3wfr | ||||||
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Title | tRNA processing enzyme complex 2 | ||||||
Components |
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Keywords | Transferase/RNA / Terminal Nucleotide Transferase / Transferase-RNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information CTP:tRNA cytidylyltransferase activity / RNA 3'-end processing / tRNA processing / Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Nucleotidyltransferases / tRNA binding / nucleotide binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | synthetic construct (others) Aquifex aeolicus (bacteria) Thermotoga maritima MSB8 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.501 Å | ||||||
Authors | Yamashita, S. / Takeshita, D. / Tomita, K. | ||||||
Citation | Journal: Structure / Year: 2014 Title: Translocation and rotation of tRNA during template-independent RNA polymerization by tRNA nucleotidyltransferase Authors: Yamashita, S. / Takeshita, D. / Tomita, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3wfr.cif.gz | 1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3wfr.ent.gz | 893.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3wfr.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3wfr_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3wfr_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | |
Data in XML | 3wfr_validation.xml.gz | 72.3 KB | Display | |
Data in CIF | 3wfr_validation.cif.gz | 99.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/3wfr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/3wfr | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3wfoSC 3wfpC 3wfqC 3wfsC 3l0uS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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4 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1
NCS ensembles :
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-Components
-RNA chain , 2 types, 4 molecules ABCD
#1: RNA chain | Mass: 23850.168 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Thermotoga maritima MSB8 (bacteria) / References: GenBank: 498539165 #2: RNA chain | Mass: 24155.350 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Thermotoga maritima MSB8 (bacteria) / References: GenBank: 498539165 |
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-Protein , 1 types, 4 molecules EFGH
#3: Protein | Mass: 57146.211 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others), (gene. exp.) Aquifex aeolicus (strain VF5) (bacteria) Strain: VF5 / Gene: pcnB2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: O67911, CCA tRNA nucleotidyltransferase |
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-Non-polymers , 3 types, 12 molecules
#4: Chemical | ChemComp-CTP / #5: Chemical | ChemComp-POP / #6: Chemical | ChemComp-MG / |
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-Details
Sequence details | THE AUTHORS CRYSTALLIZED THE ENTIRE PROTEIN, RESIDUES 1-512 FOR E, F, G, H CHAINS. THE AUTHORS KNOW ...THE AUTHORS CRYSTALLIZ |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.16 Å3/Da / Density % sol: 61.1 % |
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-Data collection
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-1A / Wavelength: 1 Å |
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Detector | Date: Apr 19, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.5→20 Å / Num. obs: 37144 / Biso Wilson estimate: 19.43 Å2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3WFO, 3L0U Resolution: 3.501→19.975 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8229 / SU ML: 0.45 / σ(F): 2 / Phase error: 24.76 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 441.49 Å2 / Biso mean: 128.5234 Å2 / Biso min: 33.62 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.501→19.975 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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