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- PDB-3wfr: tRNA processing enzyme complex 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wfr
タイトルtRNA processing enzyme complex 2
要素
  • Poly A polymerase
  • RNA (74-MER)
  • RNA (75-MER)
キーワードTransferase/RNA / Terminal Nucleotide Transferase / Transferase-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CC tRNA cytidylyltransferase activity / tRNA surveillance / CCACCA tRNA nucleotidyltransferase activity / tRNA 3'-terminal CCA addition / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / tRNA binding / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase, RNA and SrmB- binding domain / Probable RNA and SrmB- binding site of polymerase A / HDIG domain / Poly A polymerase, head domain / Poly A polymerase head domain / HD domain / HD domain / Beta Polymerase, domain 2 / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. ...: / tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase, RNA and SrmB- binding domain / Probable RNA and SrmB- binding site of polymerase A / HDIG domain / Poly A polymerase, head domain / Poly A polymerase head domain / HD domain / HD domain / Beta Polymerase, domain 2 / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / PYROPHOSPHATE 2- / : / RNA / RNA (> 10) / CC-adding tRNA nucleotidyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Aquifex aeolicus (バクテリア)
Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.501 Å
データ登録者Yamashita, S. / Takeshita, D. / Tomita, K.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Translocation and rotation of tRNA during template-independent RNA polymerization by tRNA nucleotidyltransferase
著者: Yamashita, S. / Takeshita, D. / Tomita, K.
履歴
登録2013年7月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月13日Group: Database references
改定 1.22017年6月28日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_alt_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RNA (74-MER)
B: RNA (74-MER)
C: RNA (75-MER)
D: RNA (75-MER)
E: Poly A polymerase
F: Poly A polymerase
G: Poly A polymerase
H: Poly A polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)327,33020
ポリマ－324,5968
非ポリマー2,73412
水00
1
A: RNA (74-MER)
E: Poly A polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,6805
ポリマ－80,9962
非ポリマー6833
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RNA (74-MER)
F: Poly A polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,6805
ポリマ－80,9962
非ポリマー6833
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: RNA (75-MER)
G: Poly A polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,9855
ポリマ－81,3022
非ポリマー6833
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: RNA (75-MER)
H: Poly A polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,9855
ポリマ－81,3022
非ポリマー6833
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)152.810, 154.590, 174.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D
12chain E
22chain F
32chain G
42chain H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label alt-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GGCBCchain AAA1 - 741 - 74
21GGCBCchain BBB1 - 741 - 74
31GGCBCchain CCC1 - 751 - 75
41GGCBCchain DDD1 - 751 - 75
12UNKUNKUNKUNKchain EEE5 - 5055 - 505
22UNKUNKUNKUNKchain FFF5 - 5055 - 505
32UNKUNKUNKUNKchain GGG5 - 5055 - 505
42UNKUNKUNKUNKchain HHH5 - 5055 - 505

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
RNA鎖 , 2種, 4分子 ABCD

#1: RNA鎖 RNA (74-MER)


分子量: 23850.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア) / 参照: GenBank: 498539165
#2: RNA鎖 RNA (75-MER)


分子量: 24155.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア) / 参照: GenBank: 498539165

-
タンパク質 , 1種, 4分子 EFGH

#3: タンパク質
Poly A polymerase


分子量: 57146.211 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) synthetic construct (人工物), (組換発現) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア)
株: VF5 / 遺伝子: pcnB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O67911, CCA tRNA nucleotidyltransferase

-
非ポリマー , 3種, 12分子

#4: 化合物
ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 483.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O14P3
#5: 化合物
ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

配列の詳細THE AUTHORS CRYSTALLIZED THE ENTIRE PROTEIN, RESIDUES 1-512 FOR E, F, G, H CHAINS. THE AUTHORS KNOW ...THE AUTHORS CRYSTALLIZED THE ENTIRE PROTEIN, RESIDUES 1-512 FOR E, F, G, H CHAINS. THE AUTHORS KNOW THE COMPLETE SEQUENCE. THE SEQUENCE OF RESIDUES 1-15 AND 454-512 (THE UNK PART) IS AS FOLLOWS. (1) MENIEIVSSGKHTLH (15), (454)PLLNGDEIMEILGIKPGKIVGILKKALLEAQIDGKVETKEEAIEFIKRSTKNLKPLDEG(512) THE AUTHORS COULD OBSERVE A PART OF N- and C-TERMINAL RESIDUES (1-15 and 454-512, RESPECTIVLY) OF ALL PROTEIN CHAINS BUT THEY ARE NOT SURE WHICH PART CORRESPONDS WITH THESE OBSERVED RESIDUES. SO THE RESIDUE NUMBERS OF UNK ARE MEANINGLESS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.1 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1 Å
検出器日付: 2013年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→20 Å / Num. obs: 37144 / Biso Wilson estimate: 19.43 Å2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1389)精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WFO, 3L0U

3wfo

3l0u


解像度: 3.501→19.975 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8229 / SU ML: 0.45 / σ(F): 2 / 位相誤差: 24.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2691 1839 4.99 %RANDOM
Rwork0.2244 ---
obs0.2267 36827 70.2 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 441.49 Å2 / Biso mean: 128.5234 Å2 / Biso min: 33.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.501→19.975 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14291 6300 156 0 20747
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00621843
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.73330981
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0463703
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032829
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5879031
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3544X-RAY DIFFRACTION10.526TORSIONAL
12B3544X-RAY DIFFRACTION10.526TORSIONAL
13C3544X-RAY DIFFRACTION10.526TORSIONAL
14D3544X-RAY DIFFRACTION10.526TORSIONAL
21E8069X-RAY DIFFRACTION10.526TORSIONAL
22F8069X-RAY DIFFRACTION10.526TORSIONAL
23G8069X-RAY DIFFRACTION10.526TORSIONAL
24H8069X-RAY DIFFRACTION10.526TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.501-3.59520.3254390.314159062916
3.5952-3.70030.3066550.27391094114929
3.7003-3.8190.3194610.24961481154239
3.819-3.95440.2707910.22971803189447
3.9544-4.11140.27251030.23122126222956
4.1114-4.29680.27021370.2242466260365
4.2968-4.52090.26071470.22432836298375
4.5209-4.80040.25941720.21523272344486
4.8004-5.16510.29372250.20583703392897
5.1651-5.67410.27072030.221538264029100
5.6741-6.47060.30061870.237138914078100
6.4706-8.06210.25342020.22539034105100
8.0621-19.97560.2162170.202639974214100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.1645-1.1265-1.90261.94590.12391.2452-0.3645-1.7669-0.22371.7590.02210.9113-0.3388-0.88290.36091.71770.01710.4292.2779-0.04241.27349.316148.4383-13.055
23.59-0.0467-1.11891.96430.65830.9042-0.4876-2.1861-0.21531.25180.0433-0.59951.09851.05910.40042.01980.1099-0.2852.37540.02451.114887.392937.6002-17.1843
35.2128-1.4916-2.50170.67170.2831.85610.1241-2.28960.98281.56-0.31860.4648-0.5212-0.18640.16132.2183-0.29580.57292.0951-0.48281.4471-7.2239-14.3024-8.2646
45.6038-0.06032.09182.10531.45781.8437-0.0763-2.80250.1172.0099-0.0438-1.359-0.81871.25420.1572.4151-0.5901-0.74062.73790.07281.740364.1754-14.4353-8.0889
52.5287-0.47990.18665.39451.21221.3845-0.0293-0.110.4319-0.26-0.2487-0.0508-0.3626-0.09710.3170.4255-0.0397-0.0130.6110.03420.354630.625151.4349-42.8607
64.97380.49290.80171.4684-0.16810.1722-0.31040.0120.7755-0.3419-0.51650.0864-0.8802-0.74220.81193.2409-0.3633-0.28562.1424-0.8561.711333.683570.61442.9566
73.1629-1.1273-0.36434.81441.09581.29050.16540.08910.6524-0.1613-0.1248-0.6134-0.28690.1553-0.01160.453-0.12970.02120.66380.10440.575565.363550.9889-43.6341
81.4010.2409-1.12811.0332-0.14852.26040.09670.7122-0.2197-0.9281-0.4277-0.13960.15130.32220.33712.68-0.4253-0.07961.29110.07141.166763.81239.556-15.7521
93.64411.06030.10795.5148-0.07911.2173-0.04190.2252-0.00670.1139-0.12840.54570.0286-0.11610.16070.3656-0.14610.08950.7236-0.04520.525210.7753-25.1416-42.1367
102.3628-1.5165-0.36124.66042.55291.5186-0.8043-1.0158-0.03582.2258-0.32540.29690.1924-0.66111.11662.4615-0.08220.21761.1447-0.4811.555314.083815.8954-13.7988
112.69270.1943-0.43873.8509-1.66481.74280.0419-0.0349-0.1628-0.28290.03020.02430.30790.001-0.07920.3548-0.0649-0.13640.5298-0.09580.431645.7902-24.2004-41.7717
120.13610.06430.29790.04240.13480.649-0.0226-0.1558-0.06840.2660.02320.07690.1014-0.01180.00372.0882-0.04570.11761.76950.58520.855242.2559-40.86734.4969
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 1:74)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B AND (RESSEQ 1:74)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C AND (RESSEQ 1:75)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D AND (RESSEQ 1:75)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN E AND (RESSEQ 5:448)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN E AND (RESSEQ 473:505)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN F AND (RESSEQ 5:448)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN F AND (RESSEQ 473:505)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN G AND (RESSEQ 5:450)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN G AND (RESSEQ 461:505)
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN H AND (RESSEQ 5:453)
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN H AND (RESSEQ 461:505)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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