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- PDB-1gff: THE ATOMIC STRUCTURE OF THE DEGRADED PROCAPSID PARTICLE OF THE BA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gff
タイトルTHE ATOMIC STRUCTURE OF THE DEGRADED PROCAPSID PARTICLE OF THE BACTERIOPHAGE G4: INDUCED STRUCTURAL CHANGES IN THE PRESENCE OF CALCIUM IONS AND FUNCTIONAL IMPLICATIONS
要素(BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ) x 3
キーワードVIRUS / COAT PROTEIN / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


: / T=1 icosahedral viral capsid / viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / structural molecule activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Microvirus J protein-like / Microvirus J protein / Bacteriophage G4 Capsid Proteins Gpf, Gpg, Gpj, subunit 1 / Microviridae F protein / Major spike protein G / Major spike protein (G protein) / Microviridae F protein / Microviridae F protein superfamily / Capsid protein (F protein) / Capsid/spike protein, ssDNA virus ...Microvirus J protein-like / Microvirus J protein / Bacteriophage G4 Capsid Proteins Gpf, Gpg, Gpj, subunit 1 / Microviridae F protein / Major spike protein G / Major spike protein (G protein) / Microviridae F protein / Microviridae F protein superfamily / Capsid protein (F protein) / Capsid/spike protein, ssDNA virus / Jelly Rolls - #20 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein F / Major spike protein G / DNA-binding protein J
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage G4 (ファージ)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Rossmann, M.G.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Atomic structure of the degraded procapsid particle of the bacteriophage G4: induced structural changes in the presence of calcium ions and functional implications.
著者: McKenna, R. / Bowman, B.R. / Ilag, L.L. / Rossmann, M.G. / Fane, B.A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Analysis of the Single-Stranded DNA Bacteriophage PhiX174 Refined at a Resolution of 3.0 Angstroms
著者: McKenna, R. / Ilag, L.L. / Rossmann, M.G.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: Atomic Structure of Single-Stranded DNA Bacteriophage PhiX174 and its Functional Implications
著者: McKenna, R. / Xia, D. / Willingmann, P. / Ilag, L.L. / Krishnaswamy, S. / Rossmann, M.G. / Olson, N.H. / Baker, T.S. / Incardona, N.L.
#3: ジャーナル: The Bacteriophages (The Viruses) / 年: 1988
タイトル: Biology of the Bacteriophage PhiX174
著者: Hayashi, M. / Aoyama, A. / Delwood, L. / Richardson, D.L. / Hayashi, M.N.
#4: ジャーナル: The Single-Stranded DNA Phages / 年: 1978
タイトル: Comparative DNA Sequence Analysis of the G4 and PhiX174 Genomes
著者: Godson, G.N. / Fiddles, J.C. / Barrell, B.G. / Sanger, F.
履歴
登録1995年11月6日処理サイト: BNL
改定 1.01996年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年4月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_database_remark / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / struct_ncs_oper / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _cell.Z_PDB / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][2] / _database_PDB_matrix.origx[2][1] / _database_PDB_matrix.origx[2][2] / _database_PDB_matrix.origx[2][3] / _database_PDB_matrix.origx[3][1] / _database_PDB_matrix.origx[3][2] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _database_PDB_matrix.origx_vector[1] / _database_PDB_matrix.origx_vector[2] / _database_PDB_matrix.origx_vector[3] / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_oper_list.id / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[2] / _pdbx_struct_oper_list.vector[3] / _pdbx_validate_close_contact.dist / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _struct_ref_seq_dif.details
詳細: Coordinates and associated matrices have been transformed from the icosahedral point symmetry frame to the crystallographic frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 700SHEET STRAND 4 OF SHEET G2 IS BIFURCATED. SHEET G2 IS REPRESENTED BY TWO SHEETS G2A AND G2B WHICH ...SHEET STRAND 4 OF SHEET G2 IS BIFURCATED. SHEET G2 IS REPRESENTED BY TWO SHEETS G2A AND G2B WHICH DIFFER ONLY IN STRAND 4.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ
2: BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ
3: BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,2713
ポリマ－70,2713
非ポリマー00
水00
1
1: BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ
2: BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ
3: BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,216,280180
ポリマ－4,216,280180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
1: BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ
2: BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ
3: BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 351 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)351,35715
ポリマ－351,35715
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
1: BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ
2: BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ
3: BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 422 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)421,62818
ポリマ－421,62818
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
1: BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ
2: BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ
3: BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ
x 20


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 1.41 MDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,405,42760
ポリマ－1,405,42760
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation19
単位格子
Length a, b, c (Å)414.200, 414.200, 263.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.56366104, -0.75576134, 0.33333331), (0.75576129, 0.30901696, -0.57735029), (0.33333333, 0.57735025, 0.74535598)158.81495, 203.20142, -121.32382
3generate(-0.14235028, -0.46708622, 0.87267801), (0.46708616, -0.80901701, -0.35682211), (0.87267798, 0.35682204, 0.33333331)54.31971, 456.06663, -41.49655
4generate(-0.14235032, 0.46708615, 0.87267806), (-0.46708617, -0.80901697, 0.35682209), (0.87267796, -0.35682214, 0.33333331)-169.07685, 409.14452, 129.16324
5generate(0.56366098, 0.75576131, 0.33333338), (-0.75576128, 0.30901703, 0.57735029), (0.33333332, -0.5773503, 0.74535598)-202.64828, 127.27984, 154.80952
6generate(0.64235036, -0.75576135, 0.12732195), (-0.17841105, -0.30901699, -0.93417237), (0.74535594, 0.57735026, -0.33333336)172.3602, 374.45817, -50.4
7generate(-0.16666664, -0.64549727, 0.74535599), (-0.64549723, -0.49999997, -0.57735025), (0.74535596, -0.57735027, -0.33333339)105.35608, 396.66849, 225.73334
8generate(-0.33333335, 0.35682206, 0.87267804), (-0.93417235, -0.35682207), (-0.12732199, -0.93417236, 0.33333328)-142.70847, 262.59952, 267.22989
9generate(0.37267796, 0.86602541, 0.33333337), (-0.6454972, 0.50000005, -0.57735026), (-0.66666665, 0.74535598)-229.01667, 157.53001, 16.74285
10generate(0.97568365, 0.17841105, -0.12732204), (-0.17841104, 0.30901701, -0.93417237), (-0.12732203, 0.93417235, 0.33333334)-34.29352, 226.66246, -179.56322

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要素

#1: タンパク質 BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ


分子量: 48611.625 Da / 分子数: 1 / 変異: AM(E)W4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage G4 (ファージ)
属: Microvirus / 生物種: Enterobacteria phage G4 sensu lato / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli C (大腸菌) / 株 (発現宿主): C / 参照: UniProt: P03642
#2: タンパク質 BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ


分子量: 18837.395 Da / 分子数: 1 / 変異: AM(E)W4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage G4 (ファージ)
属: Microvirus / 生物種: Enterobacteria phage G4 sensu lato / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli C (大腸菌) / 株 (発現宿主): C / 参照: UniProt: P03644
#3: タンパク質・ペプチド BACTERIOPHAGE G4 CAPSID PROTEINS GPF, GPG, GPJ


分子量: 2822.318 Da / 分子数: 1 / 変異: AM(E)W4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage G4 (ファージ) / 属: Microvirus / 生物種: Enterobacteria phage G4 sensu lato / 参照: UniProt: P03652

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶化
*PLUS
pH: 6.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.125 mg/mlvirus1drop
31.5-2.0 %(w/v)PEG80001reservoir
490-93 mMbis-Tris-methane1reservoir
2reservoir solution1drop0.005ml

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

精密化解像度: 3→6 Å / Rfactor Rwork: 0.352 / σ(F): 3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4779 0 0 0 4779
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.352
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: o_bond_d / Dev ideal: 0.031

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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