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- PDB-2bpa: ATOMIC STRUCTURE OF SINGLE-STRANDED DNA BACTERIOPHAGE PHIX174 AND... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bpa
タイトルATOMIC STRUCTURE OF SINGLE-STRANDED DNA BACTERIOPHAGE PHIX174 AND ITS FUNCTIONAL IMPLICATIONS
要素
  • (PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174)) x 3
  • DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*C)-3')
キーワードVirus/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / SINGLE STRAND / Icosahedral virus / Virus-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


T=1 icosahedral viral capsid / viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / structural molecule activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Microvirus J protein-like / Microvirus J protein / Bacteriophage G4 Capsid Proteins Gpf, Gpg, Gpj, subunit 1 / Microviridae F protein / Major spike protein G / Major spike protein (G protein) / Microviridae F protein / Microviridae F protein superfamily / Capsid protein (F protein) / Capsid/spike protein, ssDNA virus ...Microvirus J protein-like / Microvirus J protein / Bacteriophage G4 Capsid Proteins Gpf, Gpg, Gpj, subunit 1 / Microviridae F protein / Major spike protein G / Major spike protein (G protein) / Microviridae F protein / Microviridae F protein superfamily / Capsid protein (F protein) / Capsid/spike protein, ssDNA virus / Jelly Rolls - #20 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Capsid protein F / Major spike protein G / DNA-binding protein J
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage phiX174 (ファージ)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者McKenna, R. / Xia, D. / Willingmann, P. / Ilag, L.L. / Krishnaswamy, S. / Rossmann, M.G. / Olson, N.H. / Baker, T.S. / Incardona, N.L.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: Atomic structure of single-stranded DNA bacteriophage phi X174 and its functional implications.
著者: McKenna, R. / Xia, D. / Willingmann, P. / Ilag, L.L. / Krishnaswamy, S. / Rossmann, M.G. / Olson, N.H. / Baker, T.S. / Incardona, N.L.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1992
タイトル: Structure Determination of the Bacteriophage PhiX174
著者: McKenna, R. / Xia, D. / Willingmann, P. / Ilag, L.L. / Rossmann, M.G.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Analysis of the Single-Stranded DNA Bacteriophage PhiX174 Refined at a Resolution of 3.0 A
著者: McKenna, R. / Ilag, L.L. / Rossmann, M.G.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Preliminary Investigation of the Phage PhiX174
著者: Willingmann, P. / Krishnaswamy, S. / McKenna, R. / Smith, T.J. / Olson, N.H. / Rossmann, M.G. / Stow, P.L. / Incardona, N.L.
#4: ジャーナル: The Bacteriophages (The Viruses) / 年: 1988
タイトル: Biology of the Bacteriophage PhiX174
著者: Hayashi, M. / Adyama, A. / Delwood, L. / Richardson, D.L. / Hayashi, M.N.
#5: ジャーナル: Nature / 年: 1977
タイトル: Nucleoside Sequence of Bacteriophage PhiX174 DNA
著者: Sanger, F. / Air, G.M. / Barrell, B.G. / Brown, N.L. / Coulson, A.R. / Fiddes, J.C. / Hutchinson, C.A. / Slocombe, P.M. / Smith, M.
履歴
登録1991年12月3日登録サイト: BNL / 処理サイト: BNL
改定 1.01991年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*C)-3')
1: PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174)
2: PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174)
3: PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,0904
ポリマ－73,0904
非ポリマー00
水3,207178
1
A: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*C)-3')
1: PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174)
2: PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174)
3: PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174)
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,385,394240
ポリマ－4,385,394240
非ポリマー00
水4,324240
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*C)-3')
1: PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174)
2: PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174)
3: PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174)
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 365 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)365,45020
ポリマ－365,45020
非ポリマー00
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*C)-3')
1: PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174)
2: PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174)
3: PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174)
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 439 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)438,53924
ポリマ－438,53924
非ポリマー00
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
単位格子
Length a, b, c (Å)305.580, 360.780, 299.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.89, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*C)-3')


分子量: 1497.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174)


分子量: 48423.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage phiX174 (ファージ)
属: Microvirus / 生物種: Enterobacteria phage phiX174 sensu lato / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli C (大腸菌) / 株 (発現宿主): C / 参照: UniProt: P03641
#3: タンパク質 PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174)


分子量: 19061.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage phiX174 (ファージ)
属: Microvirus / 生物種: Enterobacteria phage phiX174 sensu lato / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli C (大腸菌) / 株 (発現宿主): C / 参照: UniProt: P03643
#4: タンパク質・ペプチド PROTEIN (SUBUNIT OF BACTERIOPHAGE PHIX174)


分子量: 4107.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage phiX174 (ファージ)
属: Microvirus / 生物種: Enterobacteria phage phiX174 sensu lato / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli C (大腸菌) / 株 (発現宿主): C / 参照: UniProt: P69592
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE NUCLEIC ACID RESIDUES ARE LABELLED A AND C. WHILE THE PYRIMIDINE AND PURINE NATURES OF THE ...THE NUCLEIC ACID RESIDUES ARE LABELLED A AND C. WHILE THE PYRIMIDINE AND PURINE NATURES OF THE RESIDUES WERE APPARENT, THE SIDE CHAINS COULD NOT ACTUALLY BE DISTINGUISHED. RESIDUE A 0 REFERS TO THE O3' OF THE PREVIOUS NUCLEIC ACID. THE NUCLEOTIDE BASES ARE UNREFINED AT PRESENT, BEING OBSERVED ONLY IN A DIFFERENCE MAP BETWEEN DATA FROM 114S AND 70S PARTICLES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: referred to J.Mol.Biol. 212.345-350 1990
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
190-93 mMbis-Tris methane1reservoir
21.5-2.0 %(w/v)PEG80001reservoir
30.125 mg/mlvirus1drop
490-93 mMbis-Tris methane1drop
51.5-2.0 %(w/v)PEG80001drop

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データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. obs: 1000304 / Rmerge(I) obs: 0.129
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 2.9 Å / % possible obs: 27 % / Num. unique obs: 92108

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 3→6 Å / Rfactor obs: 0.209 / σ(F): 5
詳細: ALL 175 AMINO ACIDS OF GPG, ALL 426 AMINO ACIDS OF GPF AND ALL BUT THE FIRST AMINO ACID OF GPJ WERE BUILT. ALSO FOUR NUCLEOTIDES (A 0-4) WERE BUILT, ALTHOUGH THE CHOICE OF NUCLEOTIDE BASES WERE ARBITRARY.
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5037 83 0 178 5298
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d3.1
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(F): 5 / Rfactor obs: 0.209
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg3.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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