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万見
- PDB-3vus: Escherichia coli PgaB N-terminal domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vus
タイトルEscherichia coli PgaB N-terminal domain
要素Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase
キーワードHYDROLASE / Poly-beta-1 / 6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase / Deacetylase
機能・相同性
機能・相同性情報


macromolecule deacylation / cell adhesion involved in biofilm formation / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / single-species biofilm formation / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / cell outer membrane / carbohydrate metabolic process / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase PgaB / Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase PgaB, C-terminal / Hypothetical glycosyl hydrolase family 13 / : / Glycoside hydrolase/deacetylase / NodB homology domain profile. / NodB homology domain / Polysaccharide deacetylase / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. ...Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase PgaB / Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase PgaB, C-terminal / Hypothetical glycosyl hydrolase family 13 / : / Glycoside hydrolase/deacetylase / NodB homology domain profile. / NodB homology domain / Polysaccharide deacetylase / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Nishiyama, T. / Noguchi, H. / Yoshida, H. / Park, S.-Y. / Tame, J.R.H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: The structure of the deacetylase domain of Escherichia coli PgaB, an enzyme required for biofilm formation: a circularly permuted member of the carbohydrate esterase 4 family
著者: Nishiyama, T. / Noguchi, H. / Yoshida, H. / Park, S.Y. / Tame, J.R.
履歴
登録2012年7月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月16日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase
B: Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1417
ポリマ－61,6912
非ポリマー4495
水3,153175
1
A: Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9703
ポリマ－30,8461
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1714
ポリマ－30,8461
非ポリマー3253
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.559, 53.114, 144.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.25, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase / PGA N-deacetylase / Poly-beta-1 / 6-GlcNAc N-deacetylase


分子量: 30845.621 Da / 分子数: 2 / 断片: deacetylase domain, UNP residues 42-309 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b1023, JW5142, pgaB, ycdR / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3)
参照: UniProt: P75906, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細ACETATE (ACT) B 402 IS NOT FULLY OCCUPIED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.18M Sodium acetate, 0.1M Bis-Tris, 16%(w/v) PEG3350, pH6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1931
2931
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-17A11
シンクロトロンPhoton Factory BL-17A21.00938, 0.99957, 0.99321
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2011年7月5日
ADSC QUANTUM 315r2CCD2011年7月5日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111)MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.009381
30.999571
40.993211
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 69364 / Num. obs: 69364 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.049
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.375 / Num. unique all: 2915 / % possible all: 83.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.6.0119精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.65→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 2.105 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25633 996 1.4 %RANDOM
Rwork0.20519 ---
obs0.20587 68347 96.6 %-
all-71759 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.448 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4259 0 11 175 4445
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.024403
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2941.925976
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3795514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.31423.305233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.24715682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3361536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1710.2627
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0213456
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.694 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 68 -
Rwork0.271 4271 -
obs--84.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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