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- PDB-6uqq: Crystal Structure of GTPase Domain of Human Septin 7 / Septin 3 T... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6uqq | ||||||
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Title | Crystal Structure of GTPase Domain of Human Septin 7 / Septin 3 T282Y Heterocomplex | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / cytoskeleton protein / septin | ||||||
Function / homology | ![]() presynaptic cytoskeleton / regulation of embryonic cell shape / sperm annulus / positive regulation of non-motile cilium assembly / septin complex / cytoskeleton-dependent cytokinesis / septin ring / non-motile cilium / cell division site / axoneme ...presynaptic cytoskeleton / regulation of embryonic cell shape / sperm annulus / positive regulation of non-motile cilium assembly / septin complex / cytoskeleton-dependent cytokinesis / septin ring / non-motile cilium / cell division site / axoneme / cleavage furrow / cilium assembly / stress fiber / MAPK6/MAPK4 signaling / kinetochore / spindle / microtubule cytoskeleton / presynapse / midbody / spermatogenesis / molecular adaptor activity / cell differentiation / cadherin binding / GTPase activity / GTP binding / structural molecule activity / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bragnara, G. / Pereira, H.M. / Brandao-Neto, J. / Araujo, A.P.U. / Garratt, R.C. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Molecular Recognition at Septin Interfaces: The Switches Hold the Key. Authors: Rosa, H.V.D. / Leonardo, D.A. / Brognara, G. / Brandao-Neto, J. / D'Muniz Pereira, H. / Araujo, A.P.U. / Garratt, R.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 1.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 13 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6upaC ![]() 6upqC ![]() 6uprC ![]() 2qnrS ![]() 4z54S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 32757.371 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 33918.562 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: T282Y Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #3: Chemical | ChemComp-GDP / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.99 Å3/Da / Density % sol: 58.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 10% PEG 4000, 20% glycerol, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5 and 20mM of each sodium formate, ammonium acetate, trisodium citrate, sodium potassium l-tartrate, sodium oxamate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 11, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.96863 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.75→61.381 Å / Num. obs: 38827 / % possible obs: 94.8 % / Redundancy: 3.6 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.169 / Rpim(I) all: 0.098 / Rrim(I) all: 0.197 / Net I/σ(I): 5.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2QNR, 4Z54 Resolution: 2.75→61.381 Å / SU ML: 0.44 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.52
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 160.22 Å2 / Biso mean: 61.6106 Å2 / Biso min: 5.15 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.75→61.381 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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