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Yorodumi- PDB-6upa: Crystal Structure of GTPase Domain of Human Septin 2/Septin 6 Het... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6upa | ||||||
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Title | Crystal Structure of GTPase Domain of Human Septin 2/Septin 6 Heterocomplex | ||||||
Components |
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Keywords | STRUCTURAL PROTEIN / cytoskeleton protein / septin | ||||||
Function / homology | Function and homology information septin collar / sperm annulus / septin complex / photoreceptor connecting cilium / septin ring / cytoskeleton-dependent cytokinesis / regulation of exocytosis / non-motile cilium / ciliary membrane / smoothened signaling pathway ...septin collar / sperm annulus / septin complex / photoreceptor connecting cilium / septin ring / cytoskeleton-dependent cytokinesis / regulation of exocytosis / non-motile cilium / ciliary membrane / smoothened signaling pathway / cell division site / intercellular bridge / axoneme / cleavage furrow / mitotic cytokinesis / cilium assembly / axon terminus / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / spindle / kinetochore / microtubule cytoskeleton / synaptic vesicle / actin cytoskeleton / midbody / spermatogenesis / cell differentiation / molecular adaptor activity / cadherin binding / GTPase activity / GTP binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.51 Å | ||||||
Authors | Rosa, H.V.D. / Brandao-Neto, J. / Martins, C. / Araujo, A.P.U. / Pereira, H.M. / Garratt, R.C. | ||||||
Funding support | Brazil, 1items
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Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2020 Title: Molecular Recognition at Septin Interfaces: The Switches Hold the Key. Authors: Rosa, H.V.D. / Leonardo, D.A. / Brognara, G. / Brandao-Neto, J. / D'Muniz Pereira, H. / Araujo, A.P.U. / Garratt, R.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6upa.cif.gz | 226 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6upa.ent.gz | 177 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6upa.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/6upa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/6upa | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6upqC 6uprC 6uqqC 2qnrS 4kvaS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 2 molecules BA
#1: Protein | Mass: 32081.564 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: SEPTIN6, KIAA0128, SEP2, SEPT6 / Plasmid: pETDuet / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Rosetta / References: UniProt: Q14141 |
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#2: Protein | Mass: 34273.066 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: SEPTIN2, DIFF6, KIAA0158, NEDD5, SEPT2 / Plasmid: pETDuet / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Rosetta / References: UniProt: Q15019 |
-Non-polymers , 4 types, 35 molecules
#3: Chemical | ChemComp-GTP / |
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#4: Chemical | ChemComp-MG / |
#5: Chemical | ChemComp-GDP / |
#6: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 44 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 100mM bicine/Trizma base pH 8.5, 12.5% PEG 1000, 12.5% PEG 3350, 12.5% MPD and 20mM of each d-glucose, d-mannose,d-galactose, l-fucose, d-xylose, N-acetyld-glucosamine |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I24 / Wavelength: 0.96861 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 15, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.96861 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.51→37.21 Å / Num. obs: 21021 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 12.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.159 / Net I/σ(I): 11.6 / Num. measured all: 269502 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2QNR, 4KVA Resolution: 2.51→37.209 Å / SU ML: 0.41 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.24
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 140.86 Å2 / Biso mean: 71.3535 Å2 / Biso min: 33.05 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.51→37.209 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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