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- PDB-6upa: Crystal Structure of GTPase Domain of Human Septin 2/Septin 6 Het... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6upa | ||||||
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Title | Crystal Structure of GTPase Domain of Human Septin 2/Septin 6 Heterocomplex | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / cytoskeleton protein / septin | ||||||
Function / homology | ![]() septin collar / sperm annulus / septin complex / photoreceptor connecting cilium / cytoskeleton-dependent cytokinesis / septin ring / regulation of exocytosis / non-motile cilium / ciliary membrane / smoothened signaling pathway ...septin collar / sperm annulus / septin complex / photoreceptor connecting cilium / cytoskeleton-dependent cytokinesis / septin ring / regulation of exocytosis / non-motile cilium / ciliary membrane / smoothened signaling pathway / intercellular bridge / cell division site / axoneme / cleavage furrow / mitotic cytokinesis / cilium assembly / axon terminus / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / kinetochore / spindle / microtubule cytoskeleton / actin cytoskeleton / synaptic vesicle / midbody / spermatogenesis / molecular adaptor activity / cell differentiation / cadherin binding / GTPase activity / GTP binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rosa, H.V.D. / Brandao-Neto, J. / Martins, C. / Araujo, A.P.U. / Pereira, H.M. / Garratt, R.C. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Molecular Recognition at Septin Interfaces: The Switches Hold the Key. Authors: Rosa, H.V.D. / Leonardo, D.A. / Brognara, G. / Brandao-Neto, J. / D'Muniz Pereira, H. / Araujo, A.P.U. / Garratt, R.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 177 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 408.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 1.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 7.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6upqC ![]() 6uprC ![]() 6uqqC ![]() 2qnrS ![]() 4kvaS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 2 molecules BA
#1: Protein | Mass: 32081.564 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: Protein | Mass: 34273.066 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
-Non-polymers , 4 types, 35 molecules ![](data/chem/img/GTP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-GTP / |
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#4: Chemical | ChemComp-MG / |
#5: Chemical | ChemComp-GDP / |
#6: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 44 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 100mM bicine/Trizma base pH 8.5, 12.5% PEG 1000, 12.5% PEG 3350, 12.5% MPD and 20mM of each d-glucose, d-mannose,d-galactose, l-fucose, d-xylose, N-acetyld-glucosamine |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 15, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.96861 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.51→37.21 Å / Num. obs: 21021 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 12.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.159 / Net I/σ(I): 11.6 / Num. measured all: 269502 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2QNR, 4KVA Resolution: 2.51→37.209 Å / SU ML: 0.41 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.24
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 140.86 Å2 / Biso mean: 71.3535 Å2 / Biso min: 33.05 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.51→37.209 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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