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Yorodumi- PDB-3egh: Crystal structure of a complex between Protein Phosphatase 1 alph... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3egh | |||||||||
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Title | Crystal structure of a complex between Protein Phosphatase 1 alpha (PP1), the PP1 binding and PDZ domains of Spinophilin and the small natural molecular toxin Nodularin-R | |||||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / PP1 / Serine/Threonine Phosphatase / Post Synaptic Density / Inhibitor / Carbohydrate metabolism / Cell cycle / Cell division / Glycogen metabolism / Hydrolase / Iron / Manganese / Metal-binding / Phosphoprotein / Protein phosphatase / Actin-binding / Cell junction / Cell projection / Cytoskeleton / Developmental protein / Differentiation / Neurogenesis / Nucleus / Synapse / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | |||||||||
Function / homology | Function and homology information protein localization to actin cytoskeleton / positive regulation of protein localization to actin cortical patch / response to L-phenylalanine derivative / cytoplasmic side of dendritic spine plasma membrane / regulation of opioid receptor signaling pathway / protein localization to cell periphery / cellular response to morphine / developmental process involved in reproduction / response to prostaglandin E / regulation of glycogen catabolic process ...protein localization to actin cytoskeleton / positive regulation of protein localization to actin cortical patch / response to L-phenylalanine derivative / cytoplasmic side of dendritic spine plasma membrane / regulation of opioid receptor signaling pathway / protein localization to cell periphery / cellular response to morphine / developmental process involved in reproduction / response to prostaglandin E / regulation of glycogen catabolic process / response to kainic acid / reproductive system development / PTW/PP1 phosphatase complex / glycogen granule / regulation of glycogen biosynthetic process / cellular response to peptide / protein phosphatase 1 binding / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / filopodium assembly / actin filament depolymerization / dendritic spine membrane / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of translational initiation / response to steroid hormone / protein phosphatase inhibitor activity / positive regulation of protein localization / myosin phosphatase activity / male mating behavior / protein serine/threonine phosphatase activity / cortical actin cytoskeleton / branching morphogenesis of an epithelial tube / glycogen metabolic process / dendritic spine neck / protein-serine/threonine phosphatase / dendritic spine head / dendrite development / entrainment of circadian clock by photoperiod / Triglyceride catabolism / phosphatase activity / phosphoprotein phosphatase activity / response to immobilization stress / cellular response to organic cyclic compound / DARPP-32 events / D2 dopamine receptor binding / response to amino acid / ribonucleoprotein complex binding / dephosphorylation / cellular response to epidermal growth factor stimulus / response to organonitrogen compound / response to amphetamine / protein dephosphorylation / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / response to nicotine / filopodium / learning / actin filament organization / cellular response to estradiol stimulus / calcium-mediated signaling / hippocampus development / positive regulation of protein localization to plasma membrane / response to lead ion / adherens junction / lung development / regulation of protein phosphorylation / circadian regulation of gene expression / regulation of circadian rhythm / negative regulation of cell growth / response to organic cyclic compound / cerebral cortex development / ruffle membrane / kinase binding / neuron projection development / cell migration / actin filament binding / cellular response to xenobiotic stimulus / Circadian Clock / actin cytoskeleton / presynapse / response to estradiol / lamellipodium / actin binding / growth cone / perikaryon / transmembrane transporter binding / dendritic spine / postsynaptic density / nucleic acid binding / protein kinase activity / response to xenobiotic stimulus / cell cycle / cell division / neuronal cell body / dendrite / glutamatergic synapse / protein-containing complex binding / nucleolus / extracellular exosome / nucleoplasm / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Rattus norvegicus (Norway rat) Nodularia spumigena (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2 Å | |||||||||
Authors | Ragusa, M.J. / Page, R. / Peti, W. | |||||||||
Citation | Journal: Nat.Struct.Mol.Biol. / Year: 2010 Title: Spinophilin directs protein phosphatase 1 specificity by blocking substrate binding sites. Authors: Ragusa, M.J. / Dancheck, B. / Critton, D.A. / Nairn, A.C. / Page, R. / Peti, W. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3egh.cif.gz | 193 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3egh.ent.gz | 149.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3egh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/3egh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/3egh | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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3 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 37349.844 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: PPP1CA, PPP1A / Plasmid: RP1B / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: P62136, protein-serine/threonine phosphatase #2: Protein | Mass: 18571.566 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: PP1 binding and PDZ domains Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rattus norvegicus (Norway rat) / Gene: Ppp1r9b / Plasmid: RP1B / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: O35274 |
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-Protein/peptide , 1 types, 2 molecules EF
#3: Protein/peptide |
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-Non-polymers , 3 types, 489 molecules
#4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | ChemComp-MN / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.1 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / pH: 6.5 Details: 0.1M MES, 15% PEG 550 MME, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 93 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X6A / Wavelength: 1 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Jul 19, 2008 Details: DOUBLE CRYSTAL CHANNEL CUT, SI(111), 1M LONG RH COATED TOROIDAL MIRROR FOR VERTICAL HORIZONTAL FOCUSING |
Radiation | Monochromator: SI(111) CHANNEL CUT MONOCHROMETER / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→40 Å / Num. obs: 70101 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 26.55 Å2 / Rsym value: 0.066 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.07 Å / Redundancy: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.45 / Rsym value: 0.281 / % possible all: 82.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 9.321 / SU ML: 0.129 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.157 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 30.11 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→40 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2→2.06 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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