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- PDB-6hrv: Crystal structure of the zebrafish peroxisomal SCP2-thiolase (type-1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hrv
タイトルCrystal structure of the zebrafish peroxisomal SCP2-thiolase (type-1)
要素(SCP2-thiolase (type-1)) x 2
キーワードTRANSFERASE / Fatty acid metabolism / bile acid biosynthesis / peroxisomal beta-oxidation / thiolytic cleavage
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / alpha-linolenic acid (ALA) metabolism / Beta-oxidation of pristanoyl-CoA / propanoyl-CoA C-acyltransferase activity / propionyl-CoA C2-trimethyltridecanoyltransferase activity / acetyl-CoA C-myristoyltransferase / acetyl-CoA C-myristoyltransferase activity / propanoyl-CoA C-acyltransferase / acetyl-CoA C-acyltransferase / acetyl-CoA C-acyltransferase activity ...Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / alpha-linolenic acid (ALA) metabolism / Beta-oxidation of pristanoyl-CoA / propanoyl-CoA C-acyltransferase activity / propionyl-CoA C2-trimethyltridecanoyltransferase activity / acetyl-CoA C-myristoyltransferase / acetyl-CoA C-myristoyltransferase activity / propanoyl-CoA C-acyltransferase / acetyl-CoA C-acyltransferase / acetyl-CoA C-acyltransferase activity / lipid transport / lipid metabolic process / peroxisome / lipid binding
類似検索 - 分子機能
: / Thiolase C-terminal domain-like / SCP2 sterol-binding domain / SCP-2 sterol transfer family / SCP2 sterol-binding domain superfamily / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase, C-terminal domain ...: / Thiolase C-terminal domain-like / SCP2 sterol-binding domain / SCP-2 sterol transfer family / SCP2 sterol-binding domain superfamily / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Thiolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Sterol carrier protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Wierenga, R.K. / Kiema, T.R. / Thapa, C.J.
引用ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2019
タイトル: The peroxisomal zebrafish SCP2-thiolase (type-1) is a weak transient dimer as revealed by crystal structures and native mass spectrometry.
著者: Kiema, T.R. / Thapa, C.J. / Laitaoja, M. / Schmitz, W. / Maksimainen, M.M. / Fukao, T. / Rouvinen, J. / Janis, J. / Wierenga, R.K.
履歴
登録2018年9月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22019年2月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation_author / database_PDB_rev ...citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SCP2-thiolase (type-1)
B: SCP2-thiolase (type-1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,7774
ポリマ－91,6262
非ポリマー1512
水4,360242
1
A: SCP2-thiolase (type-1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9563
ポリマ－45,8051
非ポリマー1512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area480 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area15380 Å2
手法PISA
2
B: SCP2-thiolase (type-1)

B: SCP2-thiolase (type-1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,6422
ポリマ－91,6422
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area5110 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area25130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.160, 81.940, 96.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 125.81, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-617-

HOH

21A-704-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 SCP2-thiolase (type-1) / Sterol carrier protein 2a


分子量: 45805.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: scp2a, scp2 / プラスミド: pGS21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pGro7 / 参照: UniProt: Q6P4V5, propanoyl-CoA C-acyltransferase
#2: タンパク質 SCP2-thiolase (type-1) / Sterol carrier protein 2a


分子量: 45821.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: scp2a, scp2 / プラスミド: pGS21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pGro7 / 参照: UniProt: Q6P4V5, propanoyl-CoA C-acyltransferase
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 100 mM HEPES, pH 6.4, 18% PEG3350, 250 mM sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→29.64 Å / Num. obs: 60799 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 34.8 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.03 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 1.95→2.05 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.94 / Num. unique obs: 8507 / CC1/2: 0.87 / Rpim(I) all: 0.22 / Rsym value: 0.42 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSJuly 4, 2012データ削減
XSCALENovember 3, 2014データスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ZBG

3zbg


解像度: 1.95→29.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 3.693 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.134 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20702 3040 5 %RANDOM
Rwork0.16943 ---
obs0.17131 57744 98.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 34.182 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å20 Å20.97 Å2
2--0.22 Å20 Å2
3----0.88 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.95→29.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5860 0 10 242 6112
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0195980
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025503
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4981.9618069
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95312793
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0885767
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.81524.618262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.749151009
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.6751531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2877
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216749
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021178
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.2
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1540.2
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1710.25862
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0760.25730
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1280.2558
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0480.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1060.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.150.2115
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1660.230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0313.2513084
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0323.253082
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8014.8593845
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.84.863846
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8223.622896
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8223.6212897
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3015.2774224
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.35.2774225
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.21238.6926588
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.21238.6956589
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 225 -
Rwork0.24 4266 -
obs--99.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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