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Yorodumi- PDB-3c7v: Structural Insight into the Kinetics and Delta-Cp of interactions... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3c7v | ||||||
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Title | Structural Insight into the Kinetics and Delta-Cp of interactions between TEM-1 Beta-Lactamase and BLIP | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / enzyme-inhibitor complex / Antibiotic resistance / Hydrolase / Plasmid / Secreted / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
Function / homology | Function and homology information regulation of beta-lactamase activity / beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) Streptomyces clavuligerus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.07 Å | ||||||
Authors | Wang, J. / Chow, D.-C. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2009 Title: Structural insight into the kinetics and DeltaCp of interactions between TEM-1 beta-lactamase and beta-lactamase inhibitory protein (BLIP) Authors: Wang, J. / Palzkill, T. / Chow, D.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3c7v.cif.gz | 324.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3c7v.ent.gz | 265.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3c7v.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/3c7v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/3c7v | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3c7uC 1jtgS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Refine code: 2
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 28984.076 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: Y51A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Gene: bla, blaTEM-116 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q79DR3, UniProt: P62593*PLUS, beta-lactamase #2: Protein | Mass: 17464.396 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces clavuligerus (bacteria) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P35804 #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 2 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.73 Å3/Da / Density % sol: 55.02 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.2 Details: 12% PEG 8000, 0.1M Phosphate-Citrate, 0.1M NaCl, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CAMD / Beamline: GCPCC / Wavelength: 1.3808 Å |
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Feb 5, 2006 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.3808 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.07→35.1 Å / Num. all: 43519 / Num. obs: 54728 / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 13.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 1JTG Resolution: 2.07→35.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 9.963 / SU ML: 0.128 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.238 / ESU R Free: 0.185 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 31.387 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.07→35.09 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.07→2.126 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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