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万見
- PDB-3c7v: Structural Insight into the Kinetics and Delta-Cp of interactions... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c7v
タイトルStructural Insight into the Kinetics and Delta-Cp of interactions between TEM-1 Beta-Lactamase and BLIP
要素
  • Beta-lactamase
  • Beta-lactamase inhibitory protein
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / enzyme-inhibitor complex / Antibiotic resistance / Hydrolase / Plasmid / Secreted / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of beta-lactamase activity / beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase-inhibitor protein BLIP / Beta-lactamase-inhibitor protein BLIP domain superfamily / Beta-lactamase inhibitor (BLIP) / Beta-lactamase Inhibitory Protein; Chain:B, domain 1 / Beta-lactamase Inhibitory Protein; Chain:B, domain 1 - #10 / BamE-like / Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family ...Beta-lactamase-inhibitor protein BLIP / Beta-lactamase-inhibitor protein BLIP domain superfamily / Beta-lactamase inhibitor (BLIP) / Beta-lactamase Inhibitory Protein; Chain:B, domain 1 / Beta-lactamase Inhibitory Protein; Chain:B, domain 1 - #10 / BamE-like / Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-lactamase inhibitory protein / Beta-lactamase TEM / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Streptomyces clavuligerus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Wang, J. / Chow, D.-C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structural insight into the kinetics and DeltaCp of interactions between TEM-1 beta-lactamase and beta-lactamase inhibitory protein (BLIP)
著者: Wang, J. / Palzkill, T. / Chow, D.C.
履歴
登録2008年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase inhibitory protein
C: Beta-lactamase
D: Beta-lactamase inhibitory protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,8974
ポリマ－92,8974
非ポリマー00
水3,117173
1
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase inhibitory protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4482
ポリマ－46,4482
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2560 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area16350 Å2
手法PISA
2
C: Beta-lactamase
D: Beta-lactamase inhibitory protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4482
ポリマ－46,4482
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2530 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area16340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.671, 129.044, 78.898
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISTRPTRPAA26 - 2881 - 263
21HISHISTRPTRPCC26 - 2881 - 263
12ALAALAVALVALBB1 - 1651 - 165
22ALAALAVALVALDD1 - 1651 - 165

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase / Extended spectrum beta-lactamase / TEM extended spectrum beta-lactamase / Betalactamase TEM-116 / ...Extended spectrum beta-lactamase / TEM extended spectrum beta-lactamase / Betalactamase TEM-116 / Mutant extended- spectrum beta-lactamase / Beta lactamase


分子量: 28984.076 Da / 分子数: 2 / 変異: Y51A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: bla, blaTEM-116 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q79DR3, UniProt: P62593*PLUS, beta-lactamase
#2: タンパク質 Beta-lactamase inhibitory protein / BLIP


分子量: 17464.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces clavuligerus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35804
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 12% PEG 8000, 0.1M Phosphate-Citrate, 0.1M NaCl, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CAMD / ビームライン: GCPCC / 波長: 1.3808 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3808 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→35.1 Å / Num. all: 43519 / Num. obs: 54728 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 13.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1JTG

1jtg


解像度: 2.07→35.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 9.963 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.238 / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23846 2789 5.1 %RANDOM
Rwork0.21441 ---
obs0.21563 51939 92.88 %-
all-43519 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.387 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20.04 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→35.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6516 0 0 173 6689
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0226646
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4031.9579016
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.7965852
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.63423.83282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.857151102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.111546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.21020
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025018
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2450.23470
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.24734
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2273
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3790.2121
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.270.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2251.54232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.85126770
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.32932414
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9544.52246
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1052tight positional0.180.05
2B660tight positional0.20.05
1A978medium positional0.430.5
2B568medium positional0.410.5
1A1052tight thermal2.050.5
2B660tight thermal2.010.5
1A978medium thermal3.22
2B568medium thermal4.012
LS精密化 シェル解像度: 2.07→2.126 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 157 -
Rwork0.295 2880 -
obs--70.27 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0672-0.00680.02030.01640.05850.2398-0.00160.00160.00330.0172-0.0279-0.0267-0.0321-0.02430.02950.0165-0.01640.026-0.01270.02260.051315.708115.610865.7592
20.232-0.2939-0.2870.41870.2910.4684-0.046-0.00910.0270.050.0218-0.02130.01180.00660.0243-0.00650.00140.00930.0087-0.01180.04183.00816.732443.9235
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA26 - 2881 - 263
2X-RAY DIFFRACTION1CC26 - 2881 - 263
3X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 1651 - 165
4X-RAY DIFFRACTION2DD1 - 1651 - 165

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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