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- PDB-3nkf: Crystal structure of human ligand-free mature caspase-6 with inte... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3nkf | ||||||
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Title | Crystal structure of human ligand-free mature caspase-6 with intersubunit linker attached | ||||||
![]() | Caspase-6 | ||||||
![]() | HYDROLASE / Caspase / protease / apoptosis / zymogen | ||||||
Function / homology | ![]() caspase-6 / Breakdown of the nuclear lamina / regulation of programmed cell death / positive regulation of necroptotic process / cellular response to staurosporine / cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / hepatocyte apoptotic process / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / Apoptotic cleavage of cellular proteins ...caspase-6 / Breakdown of the nuclear lamina / regulation of programmed cell death / positive regulation of necroptotic process / cellular response to staurosporine / cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / hepatocyte apoptotic process / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / Apoptotic cleavage of cellular proteins / pyroptotic inflammatory response / protein autoprocessing / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / cysteine-type peptidase activity / epithelial cell differentiation / activation of innate immune response / positive regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of apoptotic process / cysteine-type endopeptidase activity / apoptotic process / proteolysis / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vaidya, S. / Hardy, J.A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Substrate-Induced Conformational Changes Occur in All Cleaved Forms of Caspase-6. Authors: Vaidya, S. / Velazquez-Delgado, E.M. / Abbruzzese, G. / Hardy, J.A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 345.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 283.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 461.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 481.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 33 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 44.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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Components
#1: Protein | Mass: 31943.559 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: Prodomain deleted D179A / Source method: obtained synthetically / Details: E.coli optimized synthetic gene / References: UniProt: P55212, caspase-6 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.93 Å3/Da / Density % sol: 36.33 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.6 Details: 0.1 M CH3COONa.3H2O pH 4.6, 2M NaCl, 3% EtOH, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Apr 10, 2010 |
Radiation | Monochromator: Si(111) channel cut monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.9→40 Å / Num. all: 21645 / Num. obs: 20897 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 3 |
Reflection shell | Resolution: 2.9→2.96 Å / % possible all: 99.6 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 83.636 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→29.5 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 1400 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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