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Yorodumi- PDB-6c3k: Apo crystal structure of S. aureus penicillin binding protein 4 (... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6c3k | ||||||
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Title | Apo crystal structure of S. aureus penicillin binding protein 4 (PBP4) mutant (E183A, F241R) | ||||||
Components | Penicillin-binding protein 4 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Penicillin binding protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / beta-lactam antibiotic catabolic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / regulation of cell shape / response to antibiotic / proteolysis / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Alexander, J.A.N. / Strynadka, N.C.J. | ||||||
Funding support | Canada, 1items
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Citation | Journal: J. Biol. Chem. / Year: 2018 Title: Structural and kinetic analyses of penicillin-binding protein 4 (PBP4)-mediated antibiotic resistance inStaphylococcus aureus. Authors: Alexander, J.A.N. / Chatterjee, S.S. / Hamilton, S.M. / Eltis, L.D. / Chambers, H.F. / Strynadka, N.C.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6c3k.cif.gz | 430.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6c3k.ent.gz | 359.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6c3k.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6c3k_validation.pdf.gz | 435.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6c3k_full_validation.pdf.gz | 437.5 KB | Display | |
Data in XML | 6c3k_validation.xml.gz | 33.3 KB | Display | |
Data in CIF | 6c3k_validation.cif.gz | 50.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/6c3k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/6c3k | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5tw4C 5tw8C 5tx9C 5txiC 5ty2C 5ty7C 6c39C 1tvfS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 41050.332 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: E183A, F241R Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (strain COL) (bacteria) Strain: COL / Gene: pbp4, SACOL0699 / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: A0A0H2WY27 #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53.2 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 Details: 8 mM Zinc chloride, 80 mM sodium acetate pH 5, 100 mM sodium fluoride, and 16% polyethylene glycol 6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 0.97949 Å | |||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Jun 2, 2015 | |||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97949 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.6→46.28 Å / Num. obs: 108799 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 19.62 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 11.6 | |||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Redundancy: 3.3 %
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1TVF Resolution: 1.6→46.28 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.05
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 174.71 Å2 / Biso mean: 32.7827 Å2 / Biso min: 11.33 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.6→46.28 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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