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Yorodumi- PDB-6dz8: Crystal structure of S. aureus penicillin binding protein 4 (PBP4... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6dz8 | ||||||
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Title | Crystal structure of S. aureus penicillin binding protein 4 (PBP4) mutant (S75C) | ||||||
Components | Penicillin-binding protein 4 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Penicillin binding protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / beta-lactam antibiotic catabolic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / regulation of cell shape / response to antibiotic / proteolysis / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.86 Å | ||||||
Authors | Alexander, J.A.N. / Strynadka, N.C.J. | ||||||
Funding support | Canada, 1items
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Citation | Journal: Front Microbiol / Year: 2018 Title: Recognition of Peptidoglycan Fragments by the Transpeptidase PBP4 FromStaphylococcus aureus. Authors: Maya-Martinez, R. / Alexander, J.A.N. / Otten, C.F. / Ayala, I. / Vollmer, D. / Gray, J. / Bougault, C.M. / Burt, A. / Laguri, C. / Fonvielle, M. / Arthur, M. / Strynadka, N.C.J. / Vollmer, W. / Simorre, J.P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6dz8.cif.gz | 419.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6dz8.ent.gz | 347.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6dz8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6dz8_validation.pdf.gz | 433.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6dz8_full_validation.pdf.gz | 436.2 KB | Display | |
Data in XML | 6dz8_validation.xml.gz | 28.4 KB | Display | |
Data in CIF | 6dz8_validation.cif.gz | 40.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/6dz8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/6dz8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5txiS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 40267.480 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: S75C Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (strain COL) (bacteria) Strain: COL / Gene: pbp4, SACOL0699 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A0H2WY27 #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.23 Å3/Da / Density % sol: 44.93 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 Details: 8 mM zinc chloride, 80 mM sodium acetate pH 5, 100 mM sodium fluoride, and 16% polyethylene glycol 6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.2 / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 16, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Double-crystal, Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.86→29.16 Å / Num. obs: 59159 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 23.18 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 7.6 / Num. measured all: 200133 / Scaling rejects: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5TXI Resolution: 1.86→29.155 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.83 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 163.02 Å2 / Biso mean: 36.6556 Å2 / Biso min: 13.72 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.86→29.155 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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