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Yorodumi- PDB-5txi: Crystal structure of wild-type S. aureus penicillin binding prote... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5txi | ||||||
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Title | Crystal structure of wild-type S. aureus penicillin binding protein 4 (PBP4) in complex with ceftobiprole | ||||||
Components | Penicillin binding protein 4 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Antibiotic / HYDROLASE / Antibiotic / HYDROLASE - Antibiotic complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / beta-lactam antibiotic catabolic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / regulation of cell shape / membrane => GO:0016020 / response to antibiotic / proteolysis / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Alexander, J.A.N. / Strynadka, N.C.J. | ||||||
Funding support | Canada, 1items
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Citation | Journal: J. Biol. Chem. / Year: 2018 Title: Structural and kinetic analysis of penicillin-binding protein 4 (PBP4)-mediated antibiotic resistance inStaphylococcus aureus. Authors: Alexander, J.A.N. / Chatterjee, S.S. / Hamilton, S.M. / Eltis, L.D. / Chambers, H.F. / Strynadka, N.C.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5txi.cif.gz | 311 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5txi.ent.gz | 251.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5txi.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5txi_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5txi_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 5txi_validation.xml.gz | 33.2 KB | Display | |
Data in CIF | 5txi_validation.cif.gz | 49.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/5txi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/5txi | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5tw4C 5tw8C 5tx9C 5ty2C 5ty7C 6c39C 6c3kC 1tvfS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 40251.414 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: residues 25-383 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (bacteria) / Plasmid: pET-15b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: A0A0H2WY27, UniProt: Q2G2X6*PLUS |
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-Non-polymers , 7 types, 595 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-ZN / #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-NA / #7: Chemical | ChemComp-GOL / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.62 Å3/Da / Density % sol: 53.12 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 Details: 8 mM Zinc chloride, 80 mM sodium acetate pH 5, 400 mM Dimethyl (2-hydroxyethyl) ammonium propane sulfonate, and 16% polyethylene glycol 6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 0.9795 Å | ||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Jun 24, 2015 | ||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.6→46.15 Å / Num. obs: 107535 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 16.9 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 271517 | ||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1TVF Resolution: 1.6→46.147 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.78
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 83.23 Å2 / Biso mean: 24.2653 Å2 / Biso min: 9.26 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.6→46.147 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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