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- PDB-6c39: Apo crystal structure of wild-type S. aureus penicillin binding p... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6c39 | ||||||
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Title | Apo crystal structure of wild-type S. aureus penicillin binding protein 4 (PBP4) | ||||||
![]() | Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Penicillin binding protein | ||||||
Function / homology | ![]() serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / beta-lactam antibiotic catabolic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / regulation of cell shape / membrane => GO:0016020 / response to antibiotic / proteolysis / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Alexander, J.A.N. / Strynadka, N.C.J. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural and kinetic analyses of penicillin-binding protein 4 (PBP4)-mediated antibiotic resistance inStaphylococcus aureus. Authors: Alexander, J.A.N. / Chatterjee, S.S. / Hamilton, S.M. / Eltis, L.D. / Chambers, H.F. / Strynadka, N.C.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 430 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 358.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5tw4C ![]() 5tw8C ![]() 5tx9C ![]() 5txiC ![]() 5ty2C ![]() 5ty7C ![]() 6c3kC ![]() 1tvfS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 41098.348 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.61 Å3/Da / Density % sol: 52.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 Details: 8 mM Zinc chloride, 80 mM sodium acetate pH 5, 400 mM Dimethyl(2-hydroxyethyl)ammonium propane sulfonate, and 16% polyethylene glycol 6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Jun 24, 2015 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.69→46.202 Å / Num. obs: 91624 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 18.66 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 8.9 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1TVF Resolution: 1.69→46.202 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 21.7
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 128.57 Å2 / Biso mean: 30.6691 Å2 / Biso min: 10.1 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.69→46.202 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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