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- PDB-5tw8: Crystal structure of wild-type S. aureus penicillin binding prote... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5tw8 | ||||||
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Title | Crystal structure of wild-type S. aureus penicillin binding protein 4 (PBP4) in complex with ceftaroline | ||||||
![]() | Penicillin-binding protein 4 | ||||||
![]() | HYDROLASE / Antibiotic / Hydrolase / Penicillin binding protein / beta-lactam antibiotics / HYDROLASE - Antibiotic complex | ||||||
Function / homology | ![]() serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / beta-lactam antibiotic catabolic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / regulation of cell shape / response to antibiotic / proteolysis / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Alexander, J.A.N. / Strynadka, N.C.J. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural and kinetic analysis of penicillin-binding protein 4 (PBP4)-mediated antibiotic resistance inStaphylococcus aureus. Authors: Alexander, J.A.N. / Chatterjee, S.S. / Hamilton, S.M. / Eltis, L.D. / Chambers, H.F. / Strynadka, N.C.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 307.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 249.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5tw4C ![]() 5tx9C ![]() 5txiC ![]() 5ty2C ![]() 5ty7C ![]() 6c39C ![]() 6c3kC ![]() 1tvfS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Details | Monomer as determined by size exclusion chromatography |
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Components
#1: Protein | Mass: 40251.414 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: residues 25-383 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: COL / Gene: pbp4, SACOL0699 / Plasmid: pET-15b / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Chemical | ChemComp-NA / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.6 Å3/Da / Density % sol: 52.75 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 Details: 8 mM Zinc chloride, 80 mM sodium acetate pH 5, 400 mM Dimethyl(2-hydroxyethyl)ammonium propane sulfonate, and 16% polyethylene glycol 6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Jun 24, 2015 | ||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.72→46.08 Å / Num. obs: 87247 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 21.12 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.128 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 327221 | ||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1TVF Resolution: 1.72→46.08 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.78
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 133.83 Å2 / Biso mean: 33.3412 Å2 / Biso min: 10.84 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.72→46.08 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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