PDB-4pfr: CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FR...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pfr

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FROM RHODOBACTER SPHAEROIDES (Rsph17029_3541, TARGET EFI-510203), APO OPEN PARTIALLY DISORDERED

要素

TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

キーワード

SOLUTE-BINDING PROTEIN / TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING FAMILY / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Stead, M. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hillerich, B. ...

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
著者: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. ...

履歴

登録	2014年4月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月4日	Group: Derived calculations
改定 1.2	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.3	2015年10月14日	Group: Data collection
改定 1.4	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.5	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.6	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.7	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pfr.cif.gz	225.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pfr.ent.gz	181.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pfr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/4pfr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/4pfr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ln5C 4mcoC 4mevC 4mhfC 4mijC 4mncC 4mniC 4mx6C 4n15C 4n17C 4n4uC 4n6dC 4n6kC 4n8gC 4n8yC 4n91C 4napC 4nf0C 4ng7C 4nguC 4nhbC 4nn3C 4nq8C 4nx1C 4o7mC 4o8mC 4o94C 4oa4C 4oanC 4ovpC 4ovqC 4ovrC 4ovsC 4ovtC 4p1eC 4p1lC 4p3lC 4p47C 4p56C 4p8bC 4p9kC 4pafC 4paiC 4pakC 4pbhC 4pbqC 4pc9C 4pcdC 4pddC 4pdhC 4pe3C 4petC 4pf6C 4pf8C 4pfbC 4pfiC 4pgnC 4pgpC 4uabC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4y83-1 1ibq-1 5ltc-2 1l2w-3 5er1-d 1xc1-8 2yer-d 4egj-3 6in9-2 1r1n-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-510203

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

B: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

ヘテロ分子

75.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.981, 94.981, 203.414
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

詳細

biological unit is a monomer

#1: タンパク質	TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit 分子量: 37667.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) 株: ATCC 17029 / 遺伝子: Rsph17029_3541 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A3PQL6
#2: 化合物	ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID 分子量: 134.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₅
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.02 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein (35.6 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 1 mM L-Gulonate); Reservoir (0.1 M Bis-Tris Propane pH 7, 60 %(v/v) tacsimate); Cryoprotection (80% Reservoir + 20% Glycerol)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月24日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→203.41 Å / Num. obs: 33491 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 56.94 Å² / R_merge(I) obs: 0.084 / R_pim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 16.4 / Num. measured all: 195951 / Scaling rejects: 2

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	% possible all
2.6-2.72	5.9	0.652	2.4	24034	4059	0.29	99.9
9.01-203.41	4.5	0.054	37.4	3868	867	0.027	94.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
Aimless	0.1.27	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.6→52.32 Å / FOM work R set: 0.7851 / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.57 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2592	1688	5.06 %
R_work	0.216	31699	-
obs	0.2181	33387	99.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 161.55 Å² / B_iso mean: 41.27 Å² / B_iso min: 12.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.6→52.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4188	0	22	18	4228
B_iso mean	-	-	46.06	27.51	-
残基数	-	-	-	-	535

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4294
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.126	5839
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	654
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	760
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.929	1582

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.6-2.6765	0.3543	137	0.3037	2615	2752	100
2.6765-2.7629	0.3623	129	0.2779	2605	2734	100
2.7629-2.8617	0.3119	139	0.2575	2589	2728	100
2.8617-2.9762	0.2823	137	0.2507	2633	2770	100
2.9762-3.1117	0.3119	150	0.2476	2594	2744	100
3.1117-3.2757	0.2881	153	0.2399	2617	2770	100
3.2757-3.4809	0.2797	131	0.2209	2624	2755	100
3.4809-3.7496	0.2483	146	0.2016	2627	2773	100
3.7496-4.1268	0.2359	152	0.185	2647	2799	100
4.1268-4.7236	0.2112	136	0.1834	2669	2805	100
4.7236-5.9499	0.2436	153	0.2003	2706	2859	100
5.9499-52.3309	0.2553	125	0.2257	2773	2898	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8019	-0.4534	-0.0712	1.15	-0.2151	1.031	-0.0679	0.098	-0.0631	-0.3145	-0.0732	0.1377	-0.0794	0.0478	-0.1217	0.5268	0.1891	-0.0361	0.1638	0.1028	0.2646	28.5224	30.7727	83.0112
2	1.4336	0.4356	0.1815	3.9136	-0.1643	1.0802	0.0041	0.3399	0.1796	-0.3552	0.2448	-0.0863	-0.0665	0.0917	-0.2174	0.5309	0.1178	0.01	0.4116	0.0113	0.1824	35.1002	24.0931	77.601
3	0.4225	0.0015	0.1109	0.3597	-0.091	0.3311	0.0098	0.1062	0.1971	0.0947	-0.0326	0.0542	-0.2186	-0.1442	-0.0227	0.416	0.0294	0.0431	0.149	0.009	0.1824	40.4236	22.058	94.3694
4	0.8722	-0.1421	0.2998	0.7654	-0.2499	1.6073	0.0308	-0.1908	0.0188	0.1102	0.0598	0.1745	-0.1108	-0.5666	-0.1226	0.2443	-0.0704	0.0432	0.2427	0.0338	0.2162	30.3112	4.3574	102.3582
5	1.3124	0.2902	-0.5346	1.1628	-0.2787	1.5723	-0.0873	-0.0457	0.3266	0.0727	0.0426	0.1667	-0.4752	-0.1241	-0.0335	0.4717	0.1843	0.013	0.1903	-0.0101	0.2866	33.4704	30.6061	90.1596
6	0.9506	0.1229	0.1107	0.6676	-0.2191	0.8943	-0.0928	0.073	-0.1353	0.1209	-0.0394	0.052	-0.0567	-0.5275	0.0802	0.3522	-0.0611	0.0533	0.285	-0.044	0.1641	37.1426	11.6046	107.9512
7	1.1081	-0.039	-0.3407	2.9206	-0.0792	1.4999	-0.078	0.0332	0.1528	-0.049	-0.0238	-0.1939	0.0121	0.0309	-0.0667	0.3445	-0.0466	0.0256	0.0327	-0.0012	0.2709	50.8386	23.8048	103.1779
8	0.8253	-0.0242	-0.0644	0.8935	-0.0729	1.2893	0.0513	0.2803	0.1463	-0.1465	0.3772	-0.3274	-0.0037	0.6811	-0.178	0.2837	-0.1158	-0.0161	0.4406	-0.1351	0.431	48.5601	-11.2485	85.3951
9	3.1511	0.2416	0.8735	0.6393	-0.282	0.4365	0.0127	0.1732	-0.0246	-0.2113	0.526	-0.2098	0.0363	0.3245	-0.1007	0.3752	-0.1976	0.1104	0.6265	-0.2077	0.3697	48.914	-13.0211	79.3538
10	0.3695	0.14	0.0022	0.4421	-0.0283	0.0827	-0.0474	0.0515	-0.1572	0.0428	-0.0181	0.1024	0.0123	0.0038	0.0269	0.1969	-0.355	-0.0829	0.1211	0.0473	0.2546	29.3555	-22.3346	90.4324
11	1.8717	-0.3413	-1.5286	2.0612	-0.6879	1.934	-0.0695	0.0657	-0.1402	-0.0354	-0.038	-0.007	0.0997	-0.02	0.0298	0.3412	-0.2777	0.1183	0.4205	0.0323	0.3076	32.4966	-34.594	84.5303
12	1.2841	0.474	-0.1604	0.7797	-0.0364	0.7282	0.0377	0.1683	0.0273	-0.0252	0.1284	-0.1326	-0.0966	0.0822	-0.0609	0.4756	-0.2036	0.0007	0.3279	-0.0104	0.2042	35.7475	-21.2858	78.6373
13	0.3805	0.2735	0.3443	0.6405	0.4448	0.9214	0.0199	0.2355	0.0295	-0.1629	0.201	-0.0459	0.0694	0.1031	-0.0647	0.4328	-0.2431	-0.0099	0.3142	0.0264	0.2446	34.9101	-14.0791	79.5788
14	0.4823	0.7982	-0.3642	1.6748	-0.5672	0.6202	0.0364	-0.0366	-0.0107	0.022	0.0227	-0.1213	-0.0179	0.0691	0.057	0.1942	-0.1621	-0.0318	0.1894	-0.1153	0.4282	45.3503	-1.3468	91.8314

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 23 through 53 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 54 through 79 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 80 through 150 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 151 through 231 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 232 through 279 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 280 through 313 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 314 through 328 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 82 through 133 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 134 through 145 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 146 through 188 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 189 through 202 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 203 through 255 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 256 through 311 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 312 through 328 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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