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Yorodumi- PDB-4n15: Crystal structure of a TRAP periplasmic solute binding protein fr... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4n15 | ||||||
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Title | Crystal structure of a TRAP periplasmic solute binding protein from Burkholderia ambifaria (BAM_6123), Target EFI-510059, with bound beta-D-glucuronate | ||||||
Components | TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / TRAP periplasmic solute binding family / Enzyme Function Initiative / EFI / structural genomics | ||||||
Function / homology | Function and homology information : / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space / carbohydrate binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Burkholderia ambifaria (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.651 Å | ||||||
Authors | Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Zhao, S. / Stead, M. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. ...Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Zhao, S. / Stead, M. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Jacobson, M.P. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI) | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2015 Title: Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes. Authors: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. ...Authors: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. / Seidel, R.D. / Quinn, R.J. / Osterman, A.L. / Cronan, J.E. / Jacobson, M.P. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4n15.cif.gz | 187 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4n15.ent.gz | 150.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4n15.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4n15_validation.pdf.gz | 449.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4n15_full_validation.pdf.gz | 451.3 KB | Display | |
Data in XML | 4n15_validation.xml.gz | 16 KB | Display | |
Data in CIF | 4n15_validation.cif.gz | 24.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/4n15 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/4n15 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4ln5SC 4mcoC 4mevC 4mhfC 4mijC 4mncC 4mniC 4mx6C 4n17C 4n4uC 4n6dC 4n6kC 4n8gC 4n8yC 4n91C 4napC 4nf0C 4ng7C 4nguC 4nhbC 4nn3C 4nq8C 4nx1C 4o7mC 4o8mC 4o94C 4oa4C 4oanC 4ovpC 4ovqC 4ovrC 4ovsC 4ovtC 4p1eC 4p1lC 4p3lC 4p47C 4p56C 4p8bC 4p9kC 4pafC 4paiC 4pakC 4pbhC 4pbqC 4pc9C 4pcdC 4pddC 4pdhC 4pe3C 4petC 4pf6C 4pf8C 4pfbC 4pfiC 4pfrC 4pgnC 4pgpC 4uabC C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 36906.195 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia ambifaria (bacteria) / Strain: ATCC BAA-244 / AMMD / Gene: Bamb_6123 / Plasmid: pET / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q0B2F6 |
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#2: Chemical | ChemComp-MG / |
#3: Sugar | ChemComp-BDP / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.84 Å3/Da / Density % sol: 33.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 59.1 mg/mL protein in 10 mM HEPES, pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM D-glucuronic acid, reservoir: 0.2 M magnesium acetate, 20% w/v PEG3350 (MCSG1 C5), cryoprotection: 4:1 50% w/v PEG3350:reservoir, ...Details: 59.1 mg/mL protein in 10 mM HEPES, pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM D-glucuronic acid, reservoir: 0.2 M magnesium acetate, 20% w/v PEG3350 (MCSG1 C5), cryoprotection: 4:1 50% w/v PEG3350:reservoir, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU RU300 / Wavelength: 1.54 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV / Detector: IMAGE PLATE / Date: Sep 21, 2013 / Details: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: graphite / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.65→100 Å / Num. all: 32282 / Num. obs: 32282 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 14.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.064 / Χ2: 0.924 / Net I/σ(I): 14.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4LN5 Resolution: 1.651→22.067 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8784 / SU ML: 0.15 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / Phase error: 19.23 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 78.71 Å2 / Biso mean: 22.7023 Å2 / Biso min: 6.02 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.651→22.067 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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