PDB-4pbh: CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FR...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pbh

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FROM RUEGERIA POMEROYI DSS-3 (SPO1773, TARGET EFI-510260) WITH BOUND BENZOIC ACID

要素

TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit, putative

キーワード

SOLUTE-BINDING PROTEIN / TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING FAMILY / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

C4-dicarboxylate transport / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Ruegeria pomeroyi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Stead, M. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hillerich, B. ...

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
著者: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. ...

履歴

登録	2014年4月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月4日	Group: Derived calculations
改定 1.2	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.3	2015年8月26日	Group: Data collection
改定 1.4	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.5	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.6	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.7	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pbh.cif.gz	193.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pbh.ent.gz	156.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pbh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4pbh_validation.pdf.gz	439.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4pbh_full_validation.pdf.gz	440.7 KB	表示
XML形式データ	4pbh_validation.xml.gz	18 KB	表示
CIF形式データ	4pbh_validation.cif.gz	28.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/4pbh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/4pbh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ln5C 4mcoC 4mevC 4mhfC 4mijC 4mncC 4mniC 4mx6C 4n15C 4n17C 4n4uC 4n6dC 4n6kC 4n8gC 4n8yC 4n91C 4napC 4nf0C 4ng7C 4nguC 4nhbC 4nn3C 4nq8C 4nx1C 4o7mC 4o8mC 4o94C 4oa4C 4oanC 4ovpC 4ovqC 4ovrC 4ovsC 4ovtC 4p1eC 4p1lC 4p3lC 4p47C 4p56C 4p8bC 4p9kC 4pafC 4paiC 4pakC 4pbqC 4pc9C 4pcdC 4pddC 4pdhC 4pe3C 4petC 4pf6C 4pf8C 4pfbC 4pfiC 4pfrC 4pgnC 4pgpC 4uabC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3fxb-2 1g9x-1 5l9i-1 1mry-d 4b2b-2 4n91-d 2vpo-1 4n17-d 4hxv-d 4l7k-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-510260

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit, putative

ヘテロ分子

36.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.591, 62.929, 75.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit, putative 分子量: 36484.359 Da / 分子数: 1 / 変異: P37S, Y220C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ruegeria pomeroyi (バクテリア) / 株: DSS-3 / 遺伝子: SPO1773 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5LSJ5
#2: 化合物	ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸分子量: 122.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 470 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.83 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein (67.94 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM BENZOIC ACID); Reservoir (0.1 M Bis-Tris Propane pH 7, 60 %(v/v) tacsimate); Cryoprotection (80% Reservoir + 20% glycerol)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月4日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→48.402 Å / Num. obs: 87202 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 10.9 % / B_iso Wilson estimate: 6.78 Å² / R_sym value: 0.087 / Net I/σ(I): 5.4 / Num. measured all: 953302

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.2→37.87 Å / FOM work R set: 0.9318 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 13.2 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1549	8406	5.04 %	Random Selection
R_work	0.1415	158393	-	-
obs	0.1422	166799	92.28 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 46.14 Å² / B_iso mean: 11.31 Å² / B_iso min: 3.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.2→37.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2325	0	14	470	2809
B_iso mean	-	-	6.19	24.3	-
残基数	-	-	-	-	308

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	2459
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.432	3350
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.085	375
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	443
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.306	896

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.2-1.2136	0.1958	197	0.2006	3267	3464	58
1.2136-1.2279	0.2088	166	0.1972	3656	3822	63
1.2279-1.2429	0.2193	204	0.1826	3812	4016	67
1.2429-1.2586	0.1668	216	0.1848	4153	4369	73
1.2586-1.2752	0.1952	230	0.1761	4472	4702	78
1.2752-1.2927	0.1876	263	0.1654	4750	5013	84
1.2927-1.3111	0.1548	287	0.1709	5195	5482	90
1.3111-1.3307	0.1616	307	0.155	5635	5942	98
1.3307-1.3515	0.1612	293	0.1522	5654	5947	100
1.3515-1.3737	0.165	302	0.1499	5725	6027	100
1.3737-1.3973	0.1699	302	0.1453	5727	6029	100
1.3973-1.4228	0.1623	293	0.1419	5766	6059	100
1.4228-1.4501	0.1463	278	0.1376	5739	6017	100
1.4501-1.4797	0.1546	284	0.1404	5720	6004	100
1.4797-1.5119	0.1482	289	0.1347	5755	6044	100
1.5119-1.5471	0.1382	295	0.1293	5719	6014	100
1.5471-1.5858	0.1435	282	0.1251	5730	6012	100
1.5858-1.6286	0.1546	263	0.1302	5766	6029	100
1.6286-1.6766	0.147	304	0.1243	5736	6040	100
1.6766-1.7307	0.1548	341	0.1295	5679	6020	100
1.7307-1.7925	0.143	310	0.1272	5764	6074	100
1.7925-1.8643	0.1471	302	0.1294	5666	5968	100
1.8643-1.9491	0.143	308	0.1302	5745	6053	100
1.9491-2.0519	0.1469	357	0.1274	5662	6019	100
2.0519-2.1804	0.1349	290	0.127	5730	6020	100
2.1804-2.3488	0.1295	326	0.1266	5694	6020	100
2.3488-2.5851	0.1583	318	0.1302	5711	6029	100
2.5851-2.959	0.1459	257	0.1411	5361	5618	93
2.959-3.7276	0.1613	295	0.1424	5156	5451	90
3.7276-37.8889	0.1745	247	0.175	4248	4495	75

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2165	-0.4154	-0.1376	2.4435	0.3075	0.8806	-0.0138	0.0812	-0.0776	-0.0898	-0.0039	-0.0419	0.1508	-0.0098	0.0103	0.0549	0.0029	0.0057	0.0438	-0.0092	0.0285	8.9858	32.5968	-1.3933
2	0.2589	0.2328	0.0138	0.4785	-0.089	0.4402	-0.0154	0.004	-0.0256	-0.0365	0.012	-0.0199	0.0306	-0.0252	-0.0007	0.0383	0.0044	0.0091	0.0403	-0.0017	0.0402	5.5592	38.027	9.578
3	2.3129	1.7575	-0.76	1.5123	-0.7405	0.4005	0.0353	-0.1034	-0.0892	0.0286	-0.0686	-0.0811	0.0101	0.0574	0.0301	0.0509	0.0053	-0.0008	0.0615	0.0036	0.052	16.9646	37.8906	17.0874
4	0.5723	0.1322	-0.2067	1.845	-0.1546	0.5249	0.0478	0.0125	0.1067	0.0023	-0.0349	-0.0237	-0.1	0.0051	-0.0097	0.0403	0.0002	-0.0021	0.0475	-0.0049	0.0275	9.501	55.5223	8.9124
5	0.5173	0.3201	0.2048	0.5177	0.6145	2.1961	-0.0246	0.0375	0.0283	-0.0233	0.0065	0.0783	-0.0537	-0.0714	0.0058	0.0416	0.0056	0.0024	0.0507	-0.012	0.0696	2.4571	57.3068	8.5245
6	0.4527	0.3449	-0.1882	1.0039	-0.2331	0.4382	-0.0157	0.0245	-0.0123	-0.0584	-0.0087	-0.0598	0.0216	-0.0025	0.0265	0.0305	0.0055	0.004	0.0509	-0.0008	0.0344	12.9247	44.7699	3.68
7	0.1581	0.1098	-0.3434	0.245	-0.7122	2.4275	0.0187	-0.0112	0.0254	0.0164	-0.0704	-0.0693	-0.1712	0.1796	0.0491	0.0921	-0.0034	0.008	0.0748	-0.0011	0.0617	16.1831	61.4001	12.3599
8	1.1347	-0.1605	-0.5229	0.3588	0.0483	1.5301	0.0752	-0.3111	0.0235	0.0723	-0.0293	-0.0694	-0.1487	0.3397	-0.0427	0.105	-0.0278	-0.0179	0.1088	0.0085	0.0834	23.6766	46.7367	20.5545

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 27 through 55 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 56 through 113 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 114 through 137 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 138 through 174 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 175 through 202 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 203 through 284 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 285 through 309 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 310 through 334 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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