PDB-4paf: CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FR...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4paf

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FROM RUEGERIA POMEROYI DSS-3 (SPO1773, TARGET EFI-510260) WITH BOUND 3,4-DIHYDROXYBENZOATE

要素

TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit, putative

キーワード

SOLUTE-BINDING PROTEIN / TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING FAMILY / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

C4-dicarboxylate transport / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Ruegeria pomeroyi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Stead, M. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hillerich, B. ...

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
著者: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. ...

履歴

登録	2014年4月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月4日	Group: Derived calculations
改定 1.2	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein
改定 1.6	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4paf.cif.gz	189.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4paf.ent.gz	153.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4paf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4paf_validation.pdf.gz	444.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4paf_full_validation.pdf.gz	445.9 KB	表示
XML形式データ	4paf_validation.xml.gz	16.5 KB	表示
CIF形式データ	4paf_validation.cif.gz	25.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/4paf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/4paf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ln5C 4mcoC 4mevC 4mhfC 4mijC 4mncC 4mniC 4mx6C 4n15C 4n17C 4n4uC 4n6dC 4n6kC 4n8gC 4n8yC 4n91C 4napC 4nf0C 4ng7C 4nguC 4nhbC 4nn3C 4nq8C 4nx1C 4o7mC 4o8mC 4o94C 4oa4C 4oanC 4ovpC 4ovqC 4ovrC 4ovsC 4ovtC 4p1eC 4p1lC 4p3lC 4p47C 4p56C 4p8bC 4p9kC 4paiC 4pakC 4pbhC 4pbqC 4pc9C 4pcdC 4pddC 4pdhC 4pe3C 4petC 4pf6C 4pf8C 4pfbC 4pfiC 4pfrC 4pgnC 4pgpC 4uabC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4pai-d 6t6d-4 4pbh-d 4nq8-1 2pfz-d 4n8y-1 4nn3-d 3tzm-d 6s4n-3 2zos-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-510260

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit, putative

ヘテロ分子

36.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.589, 62.983, 75.706
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit, putative 分子量: 36484.359 Da / 分子数: 1 / 変異: P37S, Y220C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ruegeria pomeroyi (バクテリア) / 株: DSS-3 / 遺伝子: SPO1773 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5LSJ5
#2: 化合物	ChemComp-DHB / 3,4-DIHYDROXYBENZOIC ACID 分子量: 154.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₄
#3: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION 分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.85 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein (67.94 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM 3,4-DIHYDROXYBENZOATE); Reservoir (0.1 M Bis-Tris Propane pH 7, 60 %(v/v) tacsimate); Cryoprotection (80% Reservoir + 20% Diethylene Glycol)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月4日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→62.98 Å / Num. obs: 38418 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 10.94 Å² / R_merge(I) obs: 0.137 / R_pim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 11.2 / Num. measured all: 269298 / Scaling rejects: 5

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	% possible all
1.6-1.63	7.1	0.705	3	13746	1949	0.283	99.8
8.76-62.98	4.8	0.077	22.9	1235	259	0.036	87.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.6→48.238 Å / FOM work R set: 0.9148 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1673	3620	4.99 %	RANDOM
R_work	0.1433	68972	-	-
obs	0.1445	72592	95.14 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 57.97 Å² / B_iso mean: 13.54 Å² / B_iso min: 3.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.6→48.238 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2325	0	25	339	2689
B_iso mean	-	-	18	26.57	-
残基数	-	-	-	-	308

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	2427
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.358	3302
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	371
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	434
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.106	880

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6-1.6211	0.2312	152	0.2187	2779	2931	100
1.6211-1.6433	0.2266	160	0.2134	2809	2969	100
1.6433-1.6668	0.2232	179	0.2044	2744	2923	100
1.6668-1.6917	0.1911	127	0.1951	2777	2904	100
1.6917-1.7181	0.2283	154	0.1934	2773	2927	100
1.7181-1.7463	0.2042	144	0.1873	2778	2922	100
1.7463-1.7764	0.2181	154	0.1721	2764	2918	100
1.7764-1.8087	0.2058	155	0.1731	2783	2938	100
1.8087-1.8435	0.1889	144	0.1617	2822	2966	100
1.8435-1.8811	0.2031	110	0.1664	2794	2904	100
1.8811-1.922	0.1986	179	0.1637	2758	2937	100
1.922-1.9667	0.2221	131	0.1437	2831	2962	100
1.9667-2.0159	0.1546	131	0.143	2811	2942	100
2.0159-2.0704	0.1681	101	0.1433	1901	2002	97
2.0704-2.1313	0.1929	113	0.131	2501	2614	93
2.1313-2.2001	0.1519	134	0.1206	2782	2916	100
2.2001-2.2788	0.176	109	0.1246	1959	2068	70
2.2788-2.37	0.1539	145	0.1275	2775	2920	100
2.37-2.4779	0.1225	146	0.1223	2793	2939	100
2.4779-2.6085	0.1632	144	0.1228	2809	2953	100
2.6085-2.7719	0.1516	97	0.1304	1973	2070	71
2.7719-2.9859	0.1367	161	0.1346	2801	2962	100
2.9859-3.2863	0.1763	126	0.1386	2765	2891	99
3.2863-3.7617	0.1477	141	0.1266	2561	2702	92
3.7617-4.7387	0.1353	139	0.1093	2554	2693	92
4.7387-48.2602	0.1391	144	0.149	2575	2719	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9319	-0.3052	0.0647	2.3163	0.2475	0.494	-0.0406	0.1361	-0.0557	-0.0835	-0.0094	-0.0136	0.1785	-0.0247	0.0341	0.0964	0.0024	0.0138	0.0618	-0.0169	0.0535	8.9563	32.6328	-1.3945
2	0.2109	0.1793	0.02	0.4896	-0.1451	0.4335	-0.0271	0.003	-0.0261	-0.0627	0.0101	-0.0336	0.0186	-0.0161	0.0225	0.0487	0.0021	0.0128	0.0465	-0.0032	0.0523	5.5205	37.9434	9.4221
3	1.8506	1.2623	-0.5003	1.2663	-0.5509	0.3242	-0.0015	-0.0438	-0.105	0.0199	-0.0162	-0.1026	0.0467	0.0266	0.0137	0.0569	0.0016	-0.0026	0.0787	0.0004	0.0584	16.9554	37.9252	17.0796
4	0.4761	0.2284	-0.1471	1.4688	-0.1064	0.4329	0.0567	0.0036	0.0785	0.001	-0.0632	-0.0053	-0.0894	0.0158	0.0024	0.0546	0.0049	0.0053	0.0528	-0.003	0.0481	9.3655	55.8465	8.9175
5	0.3757	0.2164	0.0691	0.4577	0.3674	1.3326	-0.0514	0.0704	0.0325	-0.0458	0.0367	0.1286	-0.0905	-0.0612	-0.0013	0.0531	-0.0021	-0.0019	0.0625	-0.0119	0.0975	2.6714	57.5046	8.7039
6	0.3517	0.187	-0.079	0.7182	0.0469	0.4257	0.0031	0.0546	0.0418	-0.0463	-0.0056	0.0578	-0.0391	-0.0169	-0.0047	0.0395	0.0107	0.002	0.0671	0.0048	0.061	9.3108	49.0152	4.6235
7	0.5273	0.618	-0.2957	2.6587	-0.857	0.5426	-0.0686	0.0147	-0.1019	-0.1828	-0.0324	-0.3133	0.1207	0.0224	0.0732	0.067	0.0124	0.0245	0.0743	0.0041	0.0839	18.3155	37.9761	2.4061
8	0.1839	0.0365	-0.1915	0.2713	-0.4836	1.7159	0.0353	-0.009	0.0549	0.0552	-0.0457	-0.0725	-0.1641	0.1432	0.0193	0.0991	-0.0026	0.0054	0.0753	-0.0063	0.0805	15.8458	61.3424	12.8694
9	0.9665	0.0495	-0.2108	0.5135	-0.0409	1.2632	0.0437	-0.1664	0.0244	0.074	-0.006	-0.078	-0.151	0.3299	-0.0426	0.1007	-0.0159	-0.0216	0.13	0.0131	0.0865	24.4047	46.7615	20.2141

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 27 through 55 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 56 through 113 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 114 through 137 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 138 through 174 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 175 through 202 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 203 through 250 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 251 through 284 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 285 through 309 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 310 through 334 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)